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- EMDB-21856: 50S ribosomal subunit without free 5S rRNA and perturbed PTC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21856
タイトル50S ribosomal subunit without free 5S rRNA and perturbed PTC
マップデータCryo-EM map of inactive 50S ribosomal subunit with 23s-cp5s
試料
  • 複合体: 50S ribosomal subunit without free 5S rRNA and perturbed PTC
    • タンパク質・ペプチド: x 30種
    • RNA: x 1種
キーワードRibosome / 23S-cp5S rRNA / engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / translational initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L25, short-form ...Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / : / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 ...Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Loveland AB / Korostelev AA
資金援助 米国, Estonia, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127134 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127094 米国
Estonian Research CouncilPUT669 Estonia
National Aeronautic Space Administration (NASA, United States)80NSSC17K0031 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Ribosome engineering reveals the importance of 5S rRNA autonomy for ribosome assembly.
著者: Shijie Huang / Nikolay A Aleksashin / Anna B Loveland / Dorota Klepacki / Kaspar Reier / Amira Kefi / Teresa Szal / Jaanus Remme / Luc Jaeger / Nora Vázquez-Laslop / Andrei A Korostelev / Alexander S Mankin /
要旨: 5S rRNA is an indispensable component of cytoplasmic ribosomes in all species. The functions of 5S rRNA and the reasons for its evolutionary preservation as an independent molecule remain unclear. ...5S rRNA is an indispensable component of cytoplasmic ribosomes in all species. The functions of 5S rRNA and the reasons for its evolutionary preservation as an independent molecule remain unclear. Here we used ribosome engineering to investigate whether 5S rRNA autonomy is critical for ribosome function and cell survival. By linking circularly permutated 5S rRNA with 23S rRNA we generated a bacterial strain devoid of free 5S rRNA. Viability of the engineered cells demonstrates that autonomous 5S rRNA is dispensable for cell growth under standard conditions and is unlikely to have essential functions outside the ribosome. The fully assembled ribosomes carrying 23S-5S rRNA are highly active in translation. However, the engineered cells accumulate aberrant 50S subunits unable to form stable 70S ribosomes. Cryo-EM analysis revealed a malformed peptidyl transferase center in the misassembled 50S subunits. Our results argue that the autonomy of 5S rRNA is preserved due to its role in ribosome biogenesis.
履歴
登録2020年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月24日-
マップ公開2020年6月24日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-6wnt
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21856.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21856.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 857.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of inactive 50S ribosomal subunit with 23s-cp5s
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-6.456271 - 19.137633999999998
平均 (標準偏差)0.0007873699 (±0.77386004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ608608608
Spacing608608608
セルA=B=C: 528.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.870.870.87
M x/y/z608608608
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z528.960528.960528.960
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS608608608
D min/max/mean-6.45619.1380.001

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添付データ

-
ハーフマップ: Cryo-EM half map of inactive 50S ribosomal subunit with 23s-cp5s

ファイルemd_21856_half_map_1.map
注釈Cryo-EM half map of inactive 50S ribosomal subunit with 23s-cp5s
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Cryo-EM half map 2 of inactive 50S ribosomal subunit with 23s-cp5s

ファイルemd_21856_half_map_2.map
注釈Cryo-EM half map 2 of inactive 50S ribosomal subunit with 23s-cp5s
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 50S ribosomal subunit without free 5S rRNA and perturbed PTC

全体名称: 50S ribosomal subunit without free 5S rRNA and perturbed PTC
要素
  • 複合体: 50S ribosomal subunit without free 5S rRNA and perturbed PTC
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L1
    • RNA: 23s-5s joint ribosomal RNA

+
超分子 #1: 50S ribosomal subunit without free 5S rRNA and perturbed PTC

超分子名称: 50S ribosomal subunit without free 5S rRNA and perturbed PTC
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 1.5 MDa

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 29.663244 KDa
配列文字列: AVVKCKPTSP GRRHVVKVVN PELHKGKPFA PLLEKNSKSG GRNNNGRITT RHIGGGHKQA YRIVDFKRNK DGIPAVVERL EYDPNRSAN IALVLYKDGE RRYILAPKGL KAGDQIQSGV DAAIKPGNTL PMRNIPVGST VHNVEMKPGK GGQLARSAGT Y VQIVARDG ...文字列:
AVVKCKPTSP GRRHVVKVVN PELHKGKPFA PLLEKNSKSG GRNNNGRITT RHIGGGHKQA YRIVDFKRNK DGIPAVVERL EYDPNRSAN IALVLYKDGE RRYILAPKGL KAGDQIQSGV DAAIKPGNTL PMRNIPVGST VHNVEMKPGK GGQLARSAGT Y VQIVARDG AYVTLRLRSG EMRKVEADCR ATLGEVGNAE HMLRVLGKAG AARWRGVRPT VRGTAMNPVD HPHGGGEGRN FG KHPVTPW GVQTKGKKTR SNKRTDKFIV RRRS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 22.277535 KDa
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MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE RVTVQSLDVV RVDAERNLLL VKGAVPGATG SDLIVKPAVK A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 22.121566 KDa
配列文字列: MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD ...文字列:
MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD VRDATGIDPV SLIAFDKVVM TADAVKQVEE MLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 20.073234 KDa
配列文字列:
AKLHDYYKDE VVKKLMTEFN YNSVMQVPRV EKITLNMGVG EAIADKKLLD NAAADLAAIS GQKPLITKAR KSVAGFKIRQ GYPIGCKVT LRGERMWEFF ERLITIAVPR IRDFRGLSAK SFDGRGNYSM GVREQIIFPE IDYDKVDRVR GLDITITTTA K SDEEGRAL LAAFDFPFR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 18.801598 KDa
配列文字列:
SRVAKAPVVV PAGVDVKING QVITIKGKNG ELTRTLNDAV EVKHADNTLT FGPRDGYADG WAQAGTARAL LNSMVIGVTE GFTKKLQLV GVGYRAAVKG NVINLSLGFS HPVDHQLPAG ITAECPTQTE IVLKGADKQV IGQVAADLRA YRRPEPYKGK G VRYADEVV RTKEAKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 15.78902 KDa
配列文字列:
MQVILLDKVA NLGSLGDQVN VKAGYARNFL VPQGKAVPAT KKNIEFFEAR RAELEAKLAE VLAAANARAE KINALETVTI ASKAGDEGK LFGSIGTRDI ADAVTAAGVE VAKSEVRLPN GVLRTTGEHE VSFQVHSEVF AKVIVNVVAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 14.112345 KDa
配列文字列:
MALNLQDKQA IVAEVSEVAK GALSAVVADS RGVTVDKMTE LRKAGREAGV YMRVVRNTLL RRAVEGTPFE CLKDAFVGPT LIAYSMEHP GAAARLFKEF AKANAKFEVK AAAFEGELIP ASQIDRLATL PT

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL10

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 14.763165 KDa
配列文字列:
AKKVQAYVKL QVAAGMANPS PPVGPALGQQ GVNIMEFCKA FNAKTDSIEK GLPIPVVITV YADRSFTFVT KTPPAAVLLK KAAGIKSGS GKPNKDKVGK ISRAQLQEIA QTKAADMTGA DIEAMTRSIE GTARSMGLVV ED

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL11

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 16.050606 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 13.45191 KDa
配列文字列:
MIQEQTMLNV ADNSGARRVM CIKVLGGSHR RYAGVGDIIK ITIKEAIPRG KVKKGDVLKA VVVRTKKGVR RPDGSVIRFD GNACVLLNN NSEQPIGTRI FGPVTRELRS EKFMKIISLA PEV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 14.877273 KDa
配列文字列:
RLNTLSPAEG SKKAGKRLGR GIGSGLGKTG GRGHKGQKSR SGGGVRRGFE GGQMPLYRRL PKFGFTSRKA AITAEIRLSD LAKVEGGVV DLNTLKAANI IGIQIEFAKV ILAGEVTTPV TVRGLRVTKG ARAAIEAAGG KIEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 13.721938 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRQL NRNSSHRQAM FRNMAGSLVR HEIIKTTLPK AKELRRVVEP LITLAKTDSV ANRRLAFART RDNEIVAKLF NELGPRFAS RAGGYTRILK CGFRAGDNAP MAYIELVDRS E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 12.663471 KDa
配列文字列:
DKKSARIRRA TRARRKLQEL GATRLVVHRT PRHIYAQVIA PNGSEVLVAA STVEKAIAEQ LKYTGNKDAA AAVGKAVAER ALEKGIKDV SFDRSGFQYH GRVQALADAA REAGLQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 13.028082 KDa
配列文字列:
SNIIKQLEQE QMKQDVPSFR PGDTVEVKVW VVEGSKKRLQ AFEGVVIAIR NRGLHSAFTV RKISNGEGVE RVFQTHSPVV DSISVKRRG AVRKAKLYYL RERTGKAARI KERLN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 13.396828 KDa
配列文字列:
ARVKRGVIAR ARHKKILKQA KGYYGARSRV YRVAFQAVIK AGQYAYRDRR QRKRQFRQLW IARINAAARQ NGISYSKFIN GLKKASVEI DRKILADIAV FDKVAFTALV EKAKAALA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 11.586374 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GISA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 12.253359 KDa
配列文字列:
METIAKHRHA RSSAQKVRLV ADLIRGKKVS QALDILTYTN KKAAVLVKKV LESAIANAEH NDGADIDDLK VTKIFVDEGP SMKRIMPRA KGRADRILKR TSHITVVVSD R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 10.546472 KDa
配列文字列:
MIREERLLKV LRAPHVSEKA STAMEKSNTI VLKVAKDATK AEIKAAVQKL FEVEVEVVNT LVVKGKVKRH GQRIGRRSDW KKAYVTLKE GQNL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 11.078874 KDa
配列文字列:
AAKIRRDDEV IVLTGKDKGK RGKVKNVLSS GKVIVEGINL VKKHQKPVPA LNQPGGIVEK EAAIQVSNVA IFNAATGKAD RVGFRFEDG KKVRFFKSNS ETI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 10.713465 KDa
配列文字列:
MFTINAEVRK EQGKGASRRL RAANKFPAII YGGKEAPLAI ELDHDKVMNM QAKAEFYSEV LTIVVDGKEI KVKAQDVQRH PYKPKLQHI DFVRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 8.174394 KDa
配列文字列:
RNGRDSEAKR LGVKRFGGES VLAGSIIVRQ RGTKFHAGAN VGCGRDHTLF AKADGKVKFE VKGPKNRKFI SIEAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 8.896354 KDa
配列文字列:
SRVCQVTGKR PVTGNNRSHA LNATKRRFLP NLHSHRFWVE SEKRFVTLRV SAKGMRVIDK KGIDTVLAEL RARGEKY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 7.286464 KDa
配列文字列:
MKAKELREKS VEELNTELLN LLREQFNLRM QAASGQLQQS HLLKQVRRDV ARVKTLLNEK AGA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 6.423625 KDa
配列文字列:
AKTIKITQTR SAIGRLPKHK ATLLGLGLRR IGHTVEREDT PAIRGMINAV SFMVKVEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 7.887117 KDa
配列文字列:
MKKDIHPKYE EITASCSCGN VMKIRSTVGH DLNLDVCSKC HPFFTGKQRD VATGGRVDRF NKRFNIPGSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 6.332249 KDa
配列文字列:
AVQQNKPTRS KRGMRRSHDA LTAVTSLSVD KTSGEKHLRH HITADGYYRG RKVIAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 5.397463 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSVL KRNRSHGFRA RMATKNGRQV LARRRAKGRA RLTVSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 7.181835 KDa
配列文字列:
PKIKTVRGAA KRFKKTGKGG FKHKHANLRH ILTKKATKRK RHLRPKAMVS KGDLGLVIAC LPYA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 4.37739 KDa
配列文字列:
MKVRASVKKL CRNCKIVKRD GVIRVICSAE PKHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36A

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L1

分子名称: 50S ribosomal protein L1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 23.735498 KDa
配列文字列: KLTKRMRVIR EKVDATKQYD INEAIALLKE LATAKFVESV DVAVNLGIDA RKSDQNVRGA TVLPHGTGRS VRVAVFTQGA NAEAAKAAG AELVGMEDLA DQIKKGEMNF DVVIASPDAM RVVGQLGQVL GPRGLMPNPK VGTVTPNVAE AVKNAKAGQV R YRNDKNGI ...文字列:
KLTKRMRVIR EKVDATKQYD INEAIALLKE LATAKFVESV DVAVNLGIDA RKSDQNVRGA TVLPHGTGRS VRVAVFTQGA NAEAAKAAG AELVGMEDLA DQIKKGEMNF DVVIASPDAM RVVGQLGQVL GPRGLMPNPK VGTVTPNVAE AVKNAKAGQV R YRNDKNGI IHTTIGKVDF DADKLKENLE ALLVALKKAK PTQAKGVYIK KVSISTTMGA GVAVD

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL1

+
分子 #31: 23s-5s joint ribosomal RNA

分子名称: 23s-5s joint ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 31
詳細: Engineered 23S rRNA with inserted circularly permuted 5S rRNA
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 982.729812 KDa
配列文字列: GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG ...文字列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG GUUAAUGAGG CGAACCGGGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CCCGAGGAAA AGAAAUCAAC CGAGAUUCCC CC AGUAGCG GCGAGCGAAC GGGGAGCAGC CCAGAGCCUG AAUCAGUGUG UGUGUUAGUG GAAGCGUCUG GAAAGGCGCG CGA UACAGG GUGACAGCCC CGUACACAAA AAUGCACAUG CUGUGAGCUC GAUGAGUAGG GCGGGACACG UGGUAUCCUG UCUG AAUAU GGGGGGACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUC CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAA GAAC CCCGGCGAGG GGAGUGAAAA AGAACCUGAA ACCGUGUACG UACAAGCAGU GGGAGCACGC UUAGGCGUGU GACUGC GUA CCUUUUGUAU AAUGGGUCAG CGACUUAUAU UCUGUAGCAA GGUUAACCGA AUAGGGGAGC CGAAGGGAAA CCGAGUC UU AACUGGGCGU UAAGUUGCAG GGUAUAGACC CGAAACCCGG UGAUCUAGCC AUGGGCAGGU UGAAGGUUGG GUAACACU A ACUGGAGGAC CGAACCGACU AAUGUCGAAA AAUUAGCGGA UGACUUGUGG CUGGGGGUGA AAGGCCAAUC AAACCGGGA GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AGCUAUUUAG GUAGCGCCUC GUGAAUUCAU CUCCGGGGGU AGAGCACUGU UUCGGCAAGG GGGUCAUCC CGACUUACCA ACCCGAUGCA AACUGCGAAU ACCGGAGAAU GUUAUCACGG GAGACACACG GCGGGUGCUA A CGUCCGUC GUGAAGAGGG AAACAACCCA GACCGCCAGC UAAGGUCCCA AAGUCAUGGU UAAGUGGGCU GCUCCCCAUG CG AGAGUAG GGAACUGCCA GGCAUUCGGU GCCUGGCGGC CGUAGCGCGG UGGUCCCACC UGACCCCAUG CCGAACUCAG AAG UGAAAC GCCGUAGCGC CGAUGGUAGU GUGGGGUAAA ACGAUGUGGG AAGGCCCAGA CAGCCAGGAU GUUGGCUUAG AAGC AGCCA UCAUUUAAAG AAAGCGUAAU AGCUCACUGG UCGAGUCGGC CUGCGCGGAA GAUGUAACGG GGCUAAACCA UGCAC CGAA GCUGCGGCAG CGACGCUUAU GCGUUGUUGG GUAGGGGAGC GUUCUGUAAG CCUGCGAAGG UGUGCUGUGA GGCAUG CUG GAGGUAUCAG AAGUGCGAAU GCUGACAUAA GUAACGAUAA AGCGGGUGAA AAGCCCGCUC GCCGGAAGAC CAAGGGU UC CUGUCCAACG UUAAUCGGGG CAGGGUGAGU CGACCCCUAA GGCGAGGCCG AAAGGCGUAG UCGAUGGGAA ACAGGUUA A UAUUCCUGUA CUUGGUGUUA CUGCGAAGGG GGGACGGAGA AGGCUAUGUU GGCCGGGCGA CGGUUGUCCC GGUUUAAGC GUGUAGGCUG GUUUUCCAGG CAAAUCCGGA AAAUCAAGGC UGAGGCGUGA UGACGAGGCA CUACGGUGCU GAAGCAACAA AUGCCCUGC UUCCAGGAAA AGCCUCUAAG CAUCAGGUAA CAUCAAAUCG UACCCCAAAC CGACACAGGU GGUCAGGUAG A GAAUACCA AGGCGCUUGA GAGAACUCGG GUGAAGGAAC UAGGCAAAAU GGUGCCGUAA CUUCGGGAGA AGGCACGCUG AU AUGUAGG UGAGGUCCCU CGCGGAUGGA GCUGAAAUCA GUCGAAGAUA CCAGCUGGCU GCAACUGUUU AUUAAAAACA CAG CACUGU GCAAACACGA AAGUGGACGU AUACGGUGUG ACGCCUGCCC GGUGCCGGAA GGUUAAUUGA UGGGGUUAGC GCAA GCGAA GCUCUUGAUC GAAGCCCCGG UAAACGGCGG CCGUAACUAU AACGGUCCUA AGGUAGCGAA AUUCCUUGUC GGGUA AGUU CCGACCUGCA CGAAUGGCGU AAUGAUGGCC AGGCUGUCUC CACCCGAGAC UCAGUGAAAU UGAACUCGCU GUGAAG AUG CAGUGUACCC GCGGCAAGAC GGAAAGACCC CGUGAACCUU UACUAUAGCU UGACACUGAA CAUUGAGCCU UGAUGUG UA GGAUAGGUGG GAGGCUUUGA AGUGUGGACG CCAGUCUGCA UGGAGCCGAC CUUGAAAUAC CACCCUUUAA UGUUUGAU G UUCUAACGUU GACCCGUAAU CCGGGUUGCG GACAGUGUCU GGUGGGUAGU UUGACUGGGG CGGUCUCCUC CUAAAGAGU AACGGAGGAG CACGAAGGUU GGCUAAUCCU GGUCGGACAU CAGGAGGUUA GUGCAAUGGC AUAAGCCAGC UUGACUGCGA GCGUGACGG CGCGAGCAGG UGCGAAAGCA GGUCAUAGUG AUCCGGUGGU UCUGAAUGGA AGGGCCAUCG CUCAACGGAU A AAAGGUAC UCCGGGGAUA ACAGGCUGAU ACCGCCCAAG AGUUCAUAUC GACGGCGGUG UUUGGCACCU CGAUGUCGGC UC AUCACAU CCUGGGGCUG AAGUAGGUCC CAAGGGUAUG GCUGUUCGCC AUUUAAAGUG GUACGCGAGC UGGGUUUAGA ACG UCGUGA GACAGUUCGG UCCCUAUCUG CCGUGGGCGC UGGAGAACUG AGGGGGGCUG CUCCUAGUAC GAGAGGACCG GAGU GGACG CAUCACUGGU GUUCGGGUUG UCAUGCCAAU GGCACUGCCC GGUAGCUAAA UGCGGAAGAG AUAAGUGCUG AAAGC AUCU AAGCACGAAA CUUGCCCCGA GAUGAGUUCU CCCUGACCCU UUAAGGGUCC UGAAGGAACG UUGAAGACGA CGACGU UGA UAGGCCGGGU GUGUAAGCGC AGCGAUGCGU UGAGCUAACC GGUACUAAUG AACCGUGAGG CUUAACCU

-
実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度.1 mg/mL
緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 489732
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 使用した粒子像数: 21705
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
ソフトウェア: (名称: cisTEM (ver. 1.0.0-beta), FREALIGN (ver. 9.11))
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
ソフトウェア: (名称: cisTEM (ver. 1.0.0-beta), FREALIGN (ver. 9.11))
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る