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万見
- EMDB-21701: Structure of the Saccharomyces cerevisiae polymerase epsilon holo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21701
タイトルStructure of the Saccharomyces cerevisiae polymerase epsilon holoenzyme
マップデータSaccharomyces cerevisiae polymerase epsilon holoenzyme
試料
  • 複合体: DNA polymerase epsilon
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon subunit B
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon subunit C
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon subunit D
  • リガンド: ZINC ION
キーワードDNA replication / DNA polymerase / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA double-strand break processing / CHRAC / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication proofreading ...regulation of DNA double-strand break processing / CHRAC / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication proofreading / Termination of translesion DNA synthesis / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleosomal DNA binding / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / nuclear replication fork / Dual incision in TC-NER / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / replication fork / chromatin DNA binding / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / heterochromatin formation / double-strand break repair / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / DNA polymerase epsilon, subunit B / : / : / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) ...: / : / DNA polymerase epsilon, subunit B / : / : / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Histone-fold / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / DNA polymerase epsilon subunit B / DNA polymerase epsilon subunit C / DNA polymerase epsilon subunit D
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yuan Z / Georgescu R
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM131754 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM115809 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of the polymerase epsilon holoenzyme and atomic model of the leading strand replisome.
著者: Yuan Z / Georgescu R / Schauer GD / O'Donnell ME / Li H
履歴
登録2020年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月8日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.048
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.048
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wjv
  • 表面レベル: 0.048
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21701.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Saccharomyces cerevisiae polymerase epsilon holoenzyme
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.029 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.048
最小 - 最大-0.11214168 - 0.22285458
平均 (標準偏差)0.0008572345 (±0.0064039514)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 263.424 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0291.0291.029
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z263.424263.424263.424
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1120.2230.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DNA polymerase epsilon

全体名称: DNA polymerase epsilon
要素
  • 複合体: DNA polymerase epsilon
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon subunit B
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon subunit C
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon subunit D
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: DNA polymerase epsilon

超分子名称: DNA polymerase epsilon / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c

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分子 #1: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

分子名称: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 255.992484 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MMFGKKKNNG GSSTARYSAG NKYNTLSNNY ALSAQQLLNA SKIDDIDSMM GFERYVPPQY NGRFDAKDID QIPGRVGWLT NMHATLVSQ ETLSSGSNGG GNSNDGERVT TNQGISGVDF YFLDEEGGSF KSTVVYDPYF FIACNDESRV NDVEELVKKY L ESCLKSLQ ...文字列:
MMFGKKKNNG GSSTARYSAG NKYNTLSNNY ALSAQQLLNA SKIDDIDSMM GFERYVPPQY NGRFDAKDID QIPGRVGWLT NMHATLVSQ ETLSSGSNGG GNSNDGERVT TNQGISGVDF YFLDEEGGSF KSTVVYDPYF FIACNDESRV NDVEELVKKY L ESCLKSLQ IIRKEDLTMD NHLLGLQKTL IKLSFVNSNQ LFEARKLLRP ILQDNANNNV QRNIYNVAAN GSEKVDAKHL IE DIREYDV PYHVRVSIDK DIRVGKWYKV TQQGFIEDTR KIAFADPVVM AFDIETTKPP LKFPDSAVDQ IMMISYMIDG EGF LITNRE IISEDIEDFE YTPKPEYPGF FTIFNENDEV ALLQRFFEHI RDVRPTVIST FNGDFFDWPF IHNRSKIHGL DMFD EIGFA PDAEGEYKSS YCSHMDCFRW VKRDSYLPQG SQGLKAVTQS KLGYNPIELD PELMTPYAFE KPQHLSEYSV SDAVA TYYL YMKYVHPFIF SLCTIIPLNP DETLRKGTGT LCEMLLMVQA YQHNILLPNK HTDPIERFYD GHLLESETYV GGHVES LEA GVFRSDLKNE FKIDPSAIDE LLQELPEALK FSVEVENKSS VDKVTNFEEI KNQITQKLLE LKENNIRNEL PLIYHVD VA SMYPNIMTTN RLQPDSIKAE RDCASCDFNR PGKTCARKLK WAWRGEFFPS KMDEYNMIKR ALQNETFPNK NKFSKKKV L TFDELSYADQ VIHIKKRLTE YSRKVYHRVK VSEIVEREAI VCQRENPFYV DTVKSFRDRR YEFKGLAKTW KGNLSKIDP SDKHARDEAK KMIVLYDSLQ LAHKVILNSF YGYVMRKGSR WYSMEMAGIT CLTGATIIQM ARALVERVGR PLELDTDGIW CILPKSFPE TYFFTLENGK KLYLSYPCSM LNYRVHQKFT NHQYQELKDP LNYIYETHSE NTIFFEVDGP YKAMILPSSK E EGKGIKKR YAVFNEDGSL AELKGFELKR RGELQLIKNF QSDIFKVFLE GDTLEGCYSA VASVCNRWLD VLDSHGLMLE DE DLVSLIC ENRSMSKTLK EYEGQKSTSI TTARRLGDFL GEDMVKDKGL QCKYIISSKP FNAPVTERAI PVAIFSADIP IKR SFLRRW TLDPSLEDLD IRTIIDWGYY RERLGSAIQK IITIPAALQG VSNPVPRVEH PDWLKRKIAT KEDKFKQTSL TKFF SKTKN VPTMGKIKDI EDLFEPTVEE DNAKIKIART TKKKAVSKRK RNQLTNEEDP LVLPSEIPSM DEDYVGWLNY QKIKW KIQA RDRKRRDQLF GNTNSSRERS ALGSMIRKQA ESYANSTWEV LQYKDSGEPG VLEVFVTING KVQNITFHIP KTIYMK FKS QTMPLQKIKN CLIEKSSASL PNNPKTSNPA GGQLFKITLP ESVFLEEKEN CTSIFNDENV LGVFEGTITP HQRAIMD LG ASVTFRSKAM GALGKGIQQG FEMKDLSMAE NERYLSGFSM DIGYLLHFPT SIGYEFFSLF KSWGDTITIL VLKPSNQA Q EINASSLGQI YKQMFEKKKG KIETYSYLVD IKEDINFEFV YFTDISKLYR RLSQETTKLK EERGLQFLLL LQSPFITKL LGTIRLLNQM PIVKLSLNEV LLPQLNWQPT LLKKLVNHVL SSGSWISHLI KLSQYSNIPI CNLRLDSMDY IIDVLYARKL KKENIVLWW NEKAPLPDHG GIQNDFDLNT SWIMNDSEFP KINNSGVYDN VVLDVGVDNL TVNTILTSAL INDAEGSDLV N NNMGIDDK DAVINSPSEF VHDAFSNDAL NVLRGMLKEW WDEALKENST ADLLVNSLAS WVQNPNAKLF DGLLRYHVHN LT KKALLQL VNEFSALGST IVYADRNQIL IKTNKYSPEN CYAYSQYMMK AVRTNPMFSY LDLNIKRYWD LLIWMDKFNF SGL ACIEIE EKENQDYTAV SQWQLKKFLS PIYQPEFEDW MMIILDSMLK TKQSYLKLNS GTQRPTQIVN VKKQDKEDSV ENSL NGFSH LFSKPLMKRV KKLFKNQQEF ILDPQYEADY VIPVLPGSHL NVKNPLLELV KSLCHVMLLS KSTILEIRTL RKELL KIFE LREFAKVAEF KDPSLSLVVP DFLCEYCFFI SDIDFCKAAP ESIFSCVRCH KAFNQVLLQE HLIQKLRSDI ESYLIQ DLR CSRCHKVKRD YMSAHCPCAG AWEGTLPRES IVQKLNVFKQ VAKYYGFDIL LSCIADLTI

UniProtKB: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

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分子 #2: DNA polymerase epsilon subunit B

分子名称: DNA polymerase epsilon subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 78.425852 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFGSGNVLPV KIQPPLLRPL AYRVLSRKYG LSIKSDGLSA LAEFVGTNIG ANWRQGPATI KFLEQFAAVW KQQERGLFID QSGVKEVIQ EMKEREKVEW SHEHPIQHEE NILGRTDDDE NNSDDEMPIA ADSSLQNVSL SSPMRQPTER DEYKQPFKPE S SKALDWRD ...文字列:
MFGSGNVLPV KIQPPLLRPL AYRVLSRKYG LSIKSDGLSA LAEFVGTNIG ANWRQGPATI KFLEQFAAVW KQQERGLFID QSGVKEVIQ EMKEREKVEW SHEHPIQHEE NILGRTDDDE NNSDDEMPIA ADSSLQNVSL SSPMRQPTER DEYKQPFKPE S SKALDWRD YFKVINASQQ QRFSYNPHKM QFIFVPNKKQ NGLGGIAGFL PDIEDKVQMF LTRYYLTNDR VMRNENFQNS DM FNPLSSM VSLQNELSNT NRQQQSSSMS ITPIKNLLGR DAQNFLLLGL LNKNFKGNWS LEDPSGSVEI DISQTIPTQG HYY VPGCMV LVEGIYYSVG NKFHVTSMTL PPGERREITL ETIGNLDLLG IHGISNNNFI ARLDKDLKIR LHLLEKELTD HKFV ILGAN LFLDDLKIMT ALSKILQKLN DDPPTLLIWQ GSFTSVPVFA SMSSRNISSS TQFKNNFDAL ATLLSRFDNL TENTT MIFI PGPNDLWGSM VSLGASGTLP QDPIPSAFTK KINKVCKNVV WSSNPTRIAY LSQEIVIFRD DLSGRFKRHR LEFPFN ESE DVYTENDNMM SKDTDIVPID ELVKEPDQLP QKVQETRKLV KTILDQGHLS PFLDSLRPIS WDLDHTLTLC PIPSTMV LC DTTSAQFDLT YNGCKVINPG SFIHNRRARY MEYVPSSKKT IQEEIYI

UniProtKB: DNA polymerase epsilon subunit B

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分子 #3: DNA polymerase epsilon subunit C

分子名称: DNA polymerase epsilon subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.694014 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSNLVKEKAP VFPISKVKKI AKCDPEYVIT SNVAISATAF AAELFVQNLV EESLVLAQLN SKGKTSLRLS LNSIEECVEK RDNFRFLED AIKQLKKNSA LDKKRELNMQ PGRSDQEVVI EEPELHEDDG VEEEEEEDEV SEEEEPVHNE ELLDDSKDQQ N DKSTRSVA ...文字列:
MSNLVKEKAP VFPISKVKKI AKCDPEYVIT SNVAISATAF AAELFVQNLV EESLVLAQLN SKGKTSLRLS LNSIEECVEK RDNFRFLED AIKQLKKNSA LDKKRELNMQ PGRSDQEVVI EEPELHEDDG VEEEEEEDEV SEEEEPVHNE ELLDDSKDQQ N DKSTRSVA SLLSRFQYKS ALDVGEHSDS SDIEVDHTKS TDP

UniProtKB: DNA polymerase epsilon subunit C

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分子 #4: DNA polymerase epsilon subunit D

分子名称: DNA polymerase epsilon subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.029484 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MPPKGWRKDA QGNYPTTSYI KEQENITIQD LLFPKSTIVN LAREVPQQSG KKLLINKDAS LALQRGATVF VNHLLLFARE IAKSQDKKS CSVDDVLSAL DHIGHSALKG PVRDKLDEYQ AAVEQRKKEK LDSGEVDADG DIDMGEDKEN VPVEKVKEHD E IEEQGDAL ...文字列:
MPPKGWRKDA QGNYPTTSYI KEQENITIQD LLFPKSTIVN LAREVPQQSG KKLLINKDAS LALQRGATVF VNHLLLFARE IAKSQDKKS CSVDDVLSAL DHIGHSALKG PVRDKLDEYQ AAVEQRKKEK LDSGEVDADG DIDMGEDKEN VPVEKVKEHD E IEEQGDAL QDVEESSEKK QKTESQDVET RVQNLEQT

UniProtKB: DNA polymerase epsilon subunit D

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 187298
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6wjv:
Structure of the Saccharomyces cerevisiae polymerase epsilon holoenzyme

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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