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- EMDB-21690: Cryo-EM structure of apo-Photosystem II from Synechocystis sp. PC... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21690
タイトルCryo-EM structure of apo-Photosystem II from Synechocystis sp. PCC 6803
マップデータapo-photosystem II
試料
  • 複合体: apo-Photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • リガンド: x 15種
キーワードPhotosystem / oxidoreductase / water-splitting / photoactivation / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / oxygen evolving activity / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane ...plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / oxygen evolving activity / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / : / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily ...Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II CP47 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II protein D1 2 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein M ...Photosystem II CP47 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II protein D1 2 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein L
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Gisriel CJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-05ER15646 米国
引用ジャーナル: Joule / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM Structure of Monomeric Photosystem II from Synechocystis sp. PCC 6803 Lacking the Water-Oxidation Complex
著者: Gisriel CJ / Zhou K / Huang H / Debus RJ / Xiong Y / Brudvig GW
履歴
登録2020年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月26日-
マップ公開2020年8月26日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0394
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0394
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wj6
  • 表面レベル: 0.0394
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21690.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21690.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈apo-photosystem II
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.18 Å/pix.
x 256 pix.
= 302.4 Å		1.18 Å/pix.
x 256 pix.
= 302.4 Å		1.18 Å/pix.
x 256 pix.
= 302.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.18125 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0394 / ムービー #1: 0.0394
最小 - 最大-0.11423279 - 0.24345654
平均 (標準偏差)-0.00007884522 (±0.0075905714)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 302.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.181251.181251.18125
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z302.400302.400302.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1140.243-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : apo-Photosystem II

全体名称: apo-Photosystem II
要素
  • 複合体: apo-Photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1 2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center X protein
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: N-FORMYLMETHIONINE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: apo-Photosystem II

超分子名称: apo-Photosystem II / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 267.067 KDa

+
分子 #1: Photosystem II protein D1 2

分子名称: Photosystem II protein D1 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 39.744117 KDa
配列文字列: MTTTLQQRES ASLWEQFCQW VTSTNNRIYV GWFGTLMIPT LLTATTCFII AFIAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVVPSSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLVVFHF LIGIFCYMGR QWELSYRLGM RPWICVAYSA PVSAATAVFL I YPIGQGSF ...文字列:
MTTTLQQRES ASLWEQFCQW VTSTNNRIYV GWFGTLMIPT LLTATTCFII AFIAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVVPSSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLVVFHF LIGIFCYMGR QWELSYRLGM RPWICVAYSA PVSAATAVFL I YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH MLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLVRETT EVESQNYGYK FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLGA WPVIGIWFTA MGVSTMAFNL NGFNFNQSIL DSQGRVIGTW ADV LNRANI GFEVMHERNA HNFPLDLASG EQAPVALTAP AVNG

UniProtKB: Photosystem II protein D1 2

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 55.954355 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI SVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAIFDSSDA VLNPMWRQGM FVLPFMARLG VTSSWNGWSV TGETGLDPG FWSFEGVAAA HIVLSGLLFL AAVWHWVFWD LELFVDPRTG ESALDLPKMF GIHLFLSGLL CFGFGAFHLT G VWGPGMWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI SVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAIFDSSDA VLNPMWRQGM FVLPFMARLG VTSSWNGWSV TGETGLDPG FWSFEGVAAA HIVLSGLLFL AAVWHWVFWD LELFVDPRTG ESALDLPKMF GIHLFLSGLL CFGFGAFHLT G VWGPGMWV SDPYGLTGHV QPVAPEWGPA GFNPFNPGGV VAHHIAAGIV GIIAGLFHLT VRPPERLYKA LRMGNIETVL SS SIAAVFF AAFVVAGTMW YGNATTPIEL FGPTRYQWDK GYFQEEIQRR VDSQLAEGAS LSEAWSTIPE KLAFYDYVGN SPA KGGLFR TGAMNSGDGI AQEWIGHPIF KDKEGRELEV RRMPNFFETF PVIMTDADGV VRADIPFRRS ESKFSVEQTG VTVS FYGGA LDGQTFSNPS DVKKFARKAQ LGEGFDFDTE TFNSDGVFRT SPRGWFTFGH AVFALLFFFG HIWHGSRTLF RDVFA GVDP GLEEQVEFGV FAKVGDLSTR KEA

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 50.330695 KDa
配列文字列: MVTLSNTSMV GGRDLPSSGF AWWSGNARLI NLSGKLLGAH VAHAGLIVFW AGAMTLFEVA HFIPEKPMYE QGLILLPHIA TLGWGVGPA GEVTDIFPFF VVGVLHLISS AVLGLGGIYH ALRGPEVLEE YSSFFGYDWK DKNQMTNIIG YHLILLGCGA L LLVFKAMF ...文字列:
MVTLSNTSMV GGRDLPSSGF AWWSGNARLI NLSGKLLGAH VAHAGLIVFW AGAMTLFEVA HFIPEKPMYE QGLILLPHIA TLGWGVGPA GEVTDIFPFF VVGVLHLISS AVLGLGGIYH ALRGPEVLEE YSSFFGYDWK DKNQMTNIIG YHLILLGCGA L LLVFKAMF FGGVYDTWAP GGGDVRVITN PTLNPAIIFG YLLKAPFGGE GWIISVNNME DIIGGHIWIG LICISGGIWH IL TKPFGWA RRALIWSGEA YLSYSLGALS LMGFIASVFV WFNNTAYPSE FYGPTGMEAS QSQAFTFLVR DQRLGANIAS AQG PTGLGK YLMRSPSGEI IFGGETMRFW DFRGPWLEPL RGPNGLDLDK LRNDIQPWQV RRAAEYMTHA PLGSLNSVGG VITD VNSFN YVSPRAWLAT SHFVLGFFFL VGHLWHAGRA RAAAAGFEKG IDRETEPTLF MPDLD

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 39.519238 KDa
配列文字列: MTIAVGRAPV ERGWFDVLDD WLKRDRFVFI GWSGLLLFPC AFMALGGWLT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG ANFLTVAVSS PADAFGHSL LFLWGPEAQG NLTRWFQIGG LWPFVALHGA FGLIGFMLRQ FEISRLVGIR PYNAIAFSGP IAVFVSVFLM Y PLGQSSWF ...文字列:
MTIAVGRAPV ERGWFDVLDD WLKRDRFVFI GWSGLLLFPC AFMALGGWLT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG ANFLTVAVSS PADAFGHSL LFLWGPEAQG NLTRWFQIGG LWPFVALHGA FGLIGFMLRQ FEISRLVGIR PYNAIAFSGP IAVFVSVFLM Y PLGQSSWF FAPSFGVAGI FRFILFLQGF HNWTLNPFHM MGVAGILGGA LLCAIHGATV ENTLFEDGED SNTFRAFEPT QA EETYSMV TANRFWSQIF GIAFSNKRWL HFFMLFVPVT GLWMSSVGIV GLALNLRAYD FVSQELRAAE DPEFETFYTK NIL LNEGMR AWMAPQDQPH ENFIFPEEVL PRGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 9.454577 KDa
配列文字列:
MSGTTGERPF SDIVTSIRYW VIHSITIPML FIAGWLFVST GLAYDAFGTP RPDEYFTQTR QELPILQERY DINQEIQEFN Q

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 4.935784 KDa
配列文字列:
MATQNPNQPV TYPIFTVRWL AVHTLAVPSV FFVGAIAAMQ FIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #7: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 7.120404 KDa
配列文字列:
MAQRTRLGDI LRPLNSEYGK VVPGWGTTPV MGVFMALFLV FLLIILQIYN SSLILEGFSV DWAG

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 4.310109 KDa
配列文字列:
MLTLKIAVYI VVGLFISLFI FGFLSSDPTR NPGRKDFE

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 5.114127 KDa
配列文字列:
METIYLLAKL PEAYQIFDPL VDVLPVIPLF FLALAFVWQA AVGFK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 4.476145 KDa
配列文字列:
MDRNSNPNRQ PVELNRTSLY LGLLLVAVLG ILFSSYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 3.88263 KDa
配列文字列:
MQVNNLGFIA SILFVLVPTV FLLILFIQTG KQSES

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 3.543308 KDa
配列文字列:
MESVAYILVL TMALAVLFFA IAFREPPRIE K

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #13: Photosystem II reaction center X protein

分子名称: Photosystem II reaction center X protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 4.189036 KDa
配列文字列:
MTPSLANFLW SLVLGAAIVL IPATVGLIFI SQKDKITRS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein X

+
分子 #14: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #15: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 35 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #16: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A

+
分子 #17: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 9 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #18: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 7 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #19: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #20: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #21: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 2 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #22: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #23: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #24: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION

+
分子 #25: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 4 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #26: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #27: N-FORMYLMETHIONINE

分子名称: N-FORMYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 3 / 式: FME
分子量理論値: 177.221 Da
Chemical component information

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE

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分子 #28: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 198 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.025 mg/mL
緩衝液pH: 7
詳細: 10 mM HEPES pH 7.0 100 mM NaCl 0.03% beta-dodecylmaltoside
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Monodisperse single particles

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 48.07 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Homology
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 212640
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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