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万見
- EMDB-21611: Asymmetric vertex of the clathrin minicoat cage, subparticle refi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21611
タイトルAsymmetric vertex of the clathrin minicoat cage, subparticle refinement of the clathrin layer
マップデータSharpened asymmetric vertex
試料
  • 複合体: Natively assembled clathrin coated vesicles
    • タンパク質・ペプチド: Clathrin heavy chain 1
    • タンパク質・ペプチド: Clathrin light chain B
キーワードClathrin coated vesicle / clathrin heavy chain / clathrin light chain / clathrin cage / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Retrograde neurotrophin signalling / Recycling pathway of L1 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / clathrin vesicle coat / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOU GTPase cycle ...Retrograde neurotrophin signalling / Recycling pathway of L1 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / clathrin vesicle coat / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin coat / Lysosome Vesicle Biogenesis / clathrin light chain binding / clathrin complex / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / MHC class II antigen presentation / VLDLR internalisation and degradation / clathrin coat of coated pit / clathrin heavy chain binding / clathrin coat disassembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin-coated endocytic vesicle / membrane coat / clathrin coat assembly / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-dependent endocytosis / arrestin family protein binding / receptor-mediated endocytosis / intracellular protein transport / autophagy / spindle / disordered domain specific binding / synaptic vesicle membrane / melanosome / mitotic cell cycle / protein domain specific binding / cell division / structural molecule activity / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clathrin light chain / Clathrin light chain signature 1. / Clathrin light chain signature 2. / Clathrin light chain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS ...Clathrin light chain / Clathrin light chain signature 1. / Clathrin light chain signature 2. / Clathrin light chain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Clathrin light chain B / Clathrin heavy chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Paraan M / Mendez J / Sharum S / Kurtin D / He H / Stagg S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM108753 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: The structures of natively assembled clathrin-coated vesicles.
著者: Mohammadreza Paraan / Joshua Mendez / Savanna Sharum / Danielle Kurtin / Huan He / Scott M Stagg /
要旨: Clathrin-coated vesicles mediate trafficking of proteins and nutrients in the cell and between organelles. Proteins included in the clathrin-coated vesicles (CCVs) category include clathrin heavy ...Clathrin-coated vesicles mediate trafficking of proteins and nutrients in the cell and between organelles. Proteins included in the clathrin-coated vesicles (CCVs) category include clathrin heavy chain (CHC), clathrin light chain (CLC), and a variety of adaptor protein complexes. Much is known about the structures of the individual CCV components, but data are lacking about the structures of the fully assembled complexes together with membrane and in complex with cargo. Here, we determined the structures of natively assembled CCVs in a variety of geometries. We show that the adaptor β2 appendages crosslink adjacent CHC β-propellers and that the appendage densities are enriched in CCV hexagonal faces. We resolve how adaptor protein 2 and other associated factors in hexagonal faces form an assembly hub with an extensive web of interactions between neighboring β-propellers and propose a structural model that explains how adaptor binding can direct the formation of pentagonal and hexagonal faces.
履歴
登録2020年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月8日-
マップ公開2020年8月19日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wcj
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6wcj
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21611.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21611.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened asymmetric vertex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 600 pix.
= 793.8 Å		1.32 Å/pix.
x 600 pix.
= 793.8 Å		1.32 Å/pix.
x 600 pix.
= 793.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.323 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-9.133832999999999 - 19.386827
平均 (標準偏差)0.008423435 (±0.23832925)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-300-300-300
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 793.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3231.3231.323
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z793.800793.800793.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-205-205-205
NX/NY/NZ411411411
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-300-300-300
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-9.13419.3870.008

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21611_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Nonsharpened asymmetric vertex

ファイルemd_21611_additional.map
注釈Nonsharpened asymmetric vertex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Unmasked half map

ファイルemd_21611_half_map_1.map
注釈Unmasked half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Unmasked half map

ファイルemd_21611_half_map_2.map
注釈Unmasked half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Natively assembled clathrin coated vesicles

全体名称: Natively assembled clathrin coated vesicles
要素
  • 複合体: Natively assembled clathrin coated vesicles
    • タンパク質・ペプチド: Clathrin heavy chain 1
    • タンパク質・ペプチド: Clathrin light chain B

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超分子 #1: Natively assembled clathrin coated vesicles

超分子名称: Natively assembled clathrin coated vesicles / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: brain

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分子 #1: Clathrin heavy chain 1

分子名称: Clathrin heavy chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 191.800312 KDa
配列文字列: MAQILPIRFQ EHLQLQNLGI NPANIGFSTL TMESDKFICI REKVGEQAQV VIIDMNDPSN PIRRPISADS AIMNPASKVI ALKAGKTLQ IFNIEMKSKM KAHTMTDDVT FWKWISLNTV ALVTDNAVYH WSMEGESQPV KMFDRHSSLA GCQIINYRTD A KQKWLLLT ...文字列:
MAQILPIRFQ EHLQLQNLGI NPANIGFSTL TMESDKFICI REKVGEQAQV VIIDMNDPSN PIRRPISADS AIMNPASKVI ALKAGKTLQ IFNIEMKSKM KAHTMTDDVT FWKWISLNTV ALVTDNAVYH WSMEGESQPV KMFDRHSSLA GCQIINYRTD A KQKWLLLT GISAQQNRVV GAMQLYSVDR KVSQPIEGHA ASFAQFKMEG NAEESTLFCF AVRGQAGGKL HIIEVGTPPT GN QPFPKKA VDVFFPPEAQ NDFPVAMQIS EKHDVVFLIT KYGYIHLYDL ETGTCIYMNR ISGETIFVTA PHEATAGIIG VNR KGQVLS VCVEEENIIP YITNVLQNPD LALRMAVRNN LAGAEELFAR KFNALFAQGN YSEAAKVAAN APKGILRTPD TIRR FQSVP AQPGQTSPLL QYFGILLDQG QLNKYESLEL CRPVLQQGRK QLLEKWLKED KLECSEELGD LVKSVDPTLA LSVYL RANV PNKVIQCFAE TGQVQKIVLY AKKVGYTPDW IFLLRNVMRI SPDQGQQFAQ MLVQDEEPLA DITQIVDVFM EYNLIQ QCT AFLLDALKNN RPSEGPLQTR LLEMNLMHAP QVADAILGNQ MFTHYDRAHI AQLCEKAGLL QRALEHFTDL YDIKRAV VH THLLNPEWLV NYFGSLSVED SLECLRAMLS ANIRQNLQIC VQVASKYHEQ LSTQSLIELF ESFKSFEGLF YFLGSIVN F SQDPDVHFKY IQAACKTGQI KEVERICRES NCYDPERVKN FLKEAKLTDQ LPLIIVCDRF DFVHDLVLYL YRNNLQKYI EIYVQKVNPS RLPVVIGGLL DVDCSEDVIK NLILVVRGQF STDELVAEVE KRNRLKLLLP WLEARIHEGC EEPATHNALA KIYIDSNNN PERFLRENPY YDSRVVGKYC EKRDPHLACV AYERGQCDLE LINVCNENSL FKSLSRYLVR RKDPELWGSV L LESNPYRR PLIDQVVQTA LSETQDPEEV SVTVKAFMTA DLPNELIELL EKIVLDNSVF SEHRNLQNLL ILTAIKADRT RV MEYINRL DNYDAPDIAN IAISNELFEE AFAIFRKFDV NTSAVQVLIE HIGNLDRAYE FAERCNEPAV WSQLAKAQLQ KGM VKEAID SYIKADDPSS YMEVVQAANT SGNWEELVKY LQMARKKARE SYVETELIFA LAKTNRLAEL EEFINGPNNA HIQQ VGDRC YDEKMYDAAK LLYNNVSNFG RLASTLVHLG EYQAAVDGAR KANSTRTWKE VCFACVDGKE FRLAQMCGLH IVVHA DELE ELINYYQDRG YFEELITMLE AALGLERAHM GMFTELAILY SKFKPQKMRE HLELFWSRVN IPKVLRAAEQ AHLWAE LVF LYDKYEEYDN AIITMMNHPT DAWKEGQFKD IITKVANVEL YYRAIQFYLE FKPLLLNDLL MVLSPRLDHT RAVNYFS KV KQLPLVKPYL RSVQNHNNKS VNESLNNLFI TEEDYQALRT SIDAYDNFDN ISLAQRLEKH ELIEFRRIAA YLFKGNNR W KQSVELCKKD SLYKDAMQYA SESKDTELAE ELLQWFLQEE KRECFGACLF TCYDLLRPDV VLETAWRHNI MDFAMPYFI QVMKEYLTKV DKLDASESLR KEEEQATETQ PIVYGQPQLM LTAGPSVAVP PQAPFGYGYT APAYGQPQPG FGYSM

UniProtKB: Clathrin heavy chain 1

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分子 #2: Clathrin light chain B

分子名称: Clathrin light chain B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 25.109396 KDa
配列文字列: MADDFGFFSS SESGAPEAAE EDPAAAFLAQ QESEIAGIEN DEGFGAPAGS QGGLAQPGPA SGASEDMGAT VNGDVFQEAN GPADGYAAI AQADRLTQEP ESIRKWREEQ RKRLQELDAA SKVMEQEWRE KAKKDLEEWN QRQSEQVEKN KINNRIADKA F YQQPDADI ...文字列:
MADDFGFFSS SESGAPEAAE EDPAAAFLAQ QESEIAGIEN DEGFGAPAGS QGGLAQPGPA SGASEDMGAT VNGDVFQEAN GPADGYAAI AQADRLTQEP ESIRKWREEQ RKRLQELDAA SKVMEQEWRE KAKKDLEEWN QRQSEQVEKN KINNRIADKA F YQQPDADI IGYVASEEAF VKESKEETPG TEWEKVAQLC DFNPKSSKQC KDVSRLRSVL MSLKQTPLSR

UniProtKB: Clathrin light chain B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 6.7
構成要素:
濃度名称式
100.0 mMMES
1.0 mMMagnesium ChlorideMgCl2
1.0 mMEGTA
グリッドモデル: C-flat-2/2 4C
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 800 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 35000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 360000
詳細: These are subparticle images that were extracted from particle images. Each minicoat particle has 24 asymmetric vertices. From a total of 15000 minicoat particles, 360000 vertex subparticles ...詳細: These are subparticle images that were extracted from particle images. Each minicoat particle has 24 asymmetric vertices. From a total of 15000 minicoat particles, 360000 vertex subparticles were extracted. The position of subparticles was calculated by the localized reconstruction script in scipion, and the subparticle images were extracted with RELION extraction tools.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An asymmetric vertex was cut out of the minicoat cage map from the same dataset.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1)
詳細: After the final refinement in cisTEM, half-maps were generated in cisTEM and the FSC was calculated with EMAN FSC tools.
使用した粒子像数: 305413
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
詳細: Using the Euler angles of the mini-coat cage particles and the position of the pentagonal faces in the map, initial hexagonal face Eulers were calculated. Using 2D classification and ...詳細: Using the Euler angles of the mini-coat cage particles and the position of the pentagonal faces in the map, initial hexagonal face Eulers were calculated. Using 2D classification and homogenous refinement tools of cryoSPARC shifts, Euler angles were refined for binned-by-2 subparticle images.
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
ソフトウェア: (名称: cisTEM (ver. 1), RELION (ver. 3))
詳細: The output of cryoSPARC was imported into cisTEM for unbinned refinement. Then, the initial output of cisTEM was used for RELION's per particle defocus estimation and beam tilt estimation. ...詳細: The output of cryoSPARC was imported into cisTEM for unbinned refinement. Then, the initial output of cisTEM was used for RELION's per particle defocus estimation and beam tilt estimation. This was done step-by-step and after each estimation the map was refined in RELION. After defocus and beam tilt estimation with RELION converged, the vertex map was refined in cisTEM one last time.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6sct

chain_id: A, residue_range: 1627-1641, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: C, residue_range: 1627-1641, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: D, residue_range: 1627-1641, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6wcj:
Asymmetric vertex of the clathrin minicoat cage

-
原子モデル構築 2

初期モデル
PDB IDChain

6sct

chain_id: B, residue_range: 188-228, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: E, residue_range: 188-228, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: F, residue_range: 188-228, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6wcj:
Asymmetric vertex of the clathrin minicoat cage

-
原子モデル構築 3

初期モデル
PDB IDChain

6sct

chain_id: A, residue_range: 1248-1626, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: C, residue_range: 1248-1626, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: D, residue_range: 1248-1626, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: B, residue_range: 99-166, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: E, residue_range: 99-166, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: F, residue_range: 99-166, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: O, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: L, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: M, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: J, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: G, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: H, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: N, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: I, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6sct

chain_id: K, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6wcj:
Asymmetric vertex of the clathrin minicoat cage

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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