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- PDB-6wcj: Asymmetric vertex of the clathrin minicoat cage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wcj
タイトルAsymmetric vertex of the clathrin minicoat cage
要素
  • Clathrin heavy chain 1
  • Clathrin light chain B
キーワードENDOCYTOSIS / Clathrin coated vesicle / clathrin heavy chain / clathrin light chain / clathrin cage
機能・相同性
機能・相同性情報


Retrograde neurotrophin signalling / Recycling pathway of L1 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / clathrin vesicle coat / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOU GTPase cycle ...Retrograde neurotrophin signalling / Recycling pathway of L1 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / clathrin vesicle coat / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin coat / Lysosome Vesicle Biogenesis / clathrin light chain binding / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / clathrin complex / MHC class II antigen presentation / VLDLR internalisation and degradation / clathrin coat of coated pit / clathrin heavy chain binding / clathrin coat assembly / clathrin coat disassembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin-coated endocytic vesicle / membrane coat / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-dependent endocytosis / arrestin family protein binding / receptor-mediated endocytosis / intracellular protein transport / autophagy / spindle / synaptic vesicle membrane / disordered domain specific binding / melanosome / mitotic cell cycle / protein domain specific binding / cell division / structural molecule activity / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clathrin light chain / Clathrin light chain signature 1. / Clathrin light chain signature 2. / Clathrin light chain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS ...Clathrin light chain / Clathrin light chain signature 1. / Clathrin light chain signature 2. / Clathrin light chain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Clathrin light chain B / Clathrin heavy chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Paraan, M. / Mendez, J. / Sharum, S. / Kurtin, D. / He, H. / Stagg, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM108753 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: The structures of natively assembled clathrin-coated vesicles.
著者: Mohammadreza Paraan / Joshua Mendez / Savanna Sharum / Danielle Kurtin / Huan He / Scott M Stagg /
要旨: Clathrin-coated vesicles mediate trafficking of proteins and nutrients in the cell and between organelles. Proteins included in the clathrin-coated vesicles (CCVs) category include clathrin heavy ...Clathrin-coated vesicles mediate trafficking of proteins and nutrients in the cell and between organelles. Proteins included in the clathrin-coated vesicles (CCVs) category include clathrin heavy chain (CHC), clathrin light chain (CLC), and a variety of adaptor protein complexes. Much is known about the structures of the individual CCV components, but data are lacking about the structures of the fully assembled complexes together with membrane and in complex with cargo. Here, we determined the structures of natively assembled CCVs in a variety of geometries. We show that the adaptor β2 appendages crosslink adjacent CHC β-propellers and that the appendage densities are enriched in CCV hexagonal faces. We resolve how adaptor protein 2 and other associated factors in hexagonal faces form an assembly hub with an extensive web of interactions between neighboring β-propellers and propose a structural model that explains how adaptor binding can direct the formation of pentagonal and hexagonal faces.
履歴
登録2020年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21611
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21611
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Clathrin heavy chain 1
B: Clathrin light chain B
C: Clathrin heavy chain 1
E: Clathrin light chain B
D: Clathrin heavy chain 1
F: Clathrin light chain B
O: Clathrin light chain B
L: Clathrin heavy chain 1
M: Clathrin heavy chain 1
J: Clathrin light chain B
G: Clathrin heavy chain 1
H: Clathrin heavy chain 1
N: Clathrin light chain B
I: Clathrin heavy chain 1
K: Clathrin heavy chain 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,876,85915
ポリマ－1,876,85915
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Using mass spectrometry, the presence of adaptors necessary for the assembly of clathrin coated vesicles in vivo was confirmed.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area50200 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area264910 Å2

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要素

#1: 抗体
Clathrin heavy chain 1


分子量: 191800.312 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P49951
#2: タンパク質
Clathrin light chain B / Lcb


分子量: 25109.396 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04975

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Natively assembled clathrin coated vesicles / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: brain
緩衝液pH: 6.7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMMES1
21 mMMagnesium ChlorideMgCl21
31 mMEGTA1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: C-flat-2/2 4C
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 35000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 800

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.17_3644精密化
PHENIX1.17_3644精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリFitting-ID
1RELION3粒子像選択
2Leginon画像取得
4cisTEM1CTF補正
5CTFFIND4CTF補正
6RELION3CTF補正
9Rosettaモデルフィッティング1
11cryoSPARC2初期オイラー角割当
12cisTEM1最終オイラー角割当
13RELION3最終オイラー角割当
15cisTEM1３次元再構成
35PHENIXモデル精密化1
63Rosettaモデルフィッティング2
64PHENIXモデル精密化2
92Rosettaモデルフィッティング3
93PHENIXモデル精密化3
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 360000
詳細: These are subparticle images that were extracted from particle images. Each minicoat particle has 24 asymmetric vertices. From a total of 15000 minicoat particles, 360000 vertex subparticles ...詳細: These are subparticle images that were extracted from particle images. Each minicoat particle has 24 asymmetric vertices. From a total of 15000 minicoat particles, 360000 vertex subparticles were extracted. The position of subparticles was calculated by the localized reconstruction script in scipion, and the subparticle images were extracted with RELION extraction tools.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 305413
詳細: After the final refinement in cisTEM, half-maps were generated in cisTEM and the FSC was calculated with EMAN FSC tools.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル
1AB INITIO MODEL
2AB INITIO MODEL
3FLEXIBLE FIT
原子モデル構築

Accession code: 6SCT / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 6SCT

6sct

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID 3D fitting-IDPdb chain residue range
1A11627-1641
2C11627-1641
3D11627-1641
4B2188-228
5E2188-228
6F2188-228
7A31248-1626
8C31248-1626
9D31248-1626
10B399-166
11E399-166
12F399-166
13O3
14L3
15M3
16J3
17G3
18H3
19N3
20I3
21K3
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 78.06 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.001241997
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.339356766
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03286237
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00287359
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.818915978

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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