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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21602 | |||||||||
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タイトル | Acyl carrier protein (ACP) domain bound to dehydratase (DH) domain in fungal fatty acid synthase (FAS) | |||||||||
マップデータ | Map file | |||||||||
試料 |
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キーワード | Fatty acid synthase / acyl carrier protein / dehydratase / BIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fatty-acyl-CoA synthase system / fatty-acyl-CoA synthase activity / fatty acid synthase complex / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / : ...fatty-acyl-CoA synthase system / fatty-acyl-CoA synthase activity / fatty acid synthase complex / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / : / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid synthase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / lipid droplet / magnesium ion binding / mitochondrion / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Lou JW / Mazhab-Jafari MT | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Steric occlusion regulates proximal interactions of acyl carrier protein domain in fungal fatty acid synthase. 著者: Jennifer W Lou / Mohammad T Mazhab-Jafari / 要旨: The acyl carrier protein (ACP) domain shuttles substrates and reaction intermediates in type I fungal fatty acid synthases via transient protein-protein interactions. Here, using electron cryo- ...The acyl carrier protein (ACP) domain shuttles substrates and reaction intermediates in type I fungal fatty acid synthases via transient protein-protein interactions. Here, using electron cryo-microscopy (cryoEM), we report the structure of a fungal FAS stalled at the dehydration reaction, which precedes the final enoyl reduction in the fatty acid biosynthesis cycle. This conformation revealed multiple contact sites between ACP and the dehydratase (DH) and enoyl reductase (ER) domains that occluded the ACP binding to the adjacent ER domain. Our data suggests a minimal path from the DH to the ER reaction site that requires minute changes in the coordinates of the structured N- and C- termini of the ACP domain. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21602.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21602-v30.xml emd-21602.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21602.png | 99.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21602.cif.gz | 8.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21602 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21602 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21602.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map file | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Fatty acid synthase
全体 | 名称: Fatty acid synthase |
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要素 |
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-超分子 #1: Fatty acid synthase
超分子 | 名称: Fatty acid synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 2.6 MDa |
-分子 #1: Fatty acid synthase subunit beta
分子 | 名称: Fatty acid synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fatty-acyl-CoA synthase system |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 229.769219 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDAYSTRPLT LSHGSLEHVL LVPTASFFIA SQLQEQFNKI LPEPTEGFAA DDEPTTPAEL VGKFLGYVSS LVEPSKVGQF DQVLNLCLT EFENCYLEGN DIHALAAKLL QENDTTLVKT KELIKNYITA RIMAKRPFDK KSNSALFRAV GEGNAQLVAI F GGQGNTDD ...文字列: MDAYSTRPLT LSHGSLEHVL LVPTASFFIA SQLQEQFNKI LPEPTEGFAA DDEPTTPAEL VGKFLGYVSS LVEPSKVGQF DQVLNLCLT EFENCYLEGN DIHALAAKLL QENDTTLVKT KELIKNYITA RIMAKRPFDK KSNSALFRAV GEGNAQLVAI F GGQGNTDD YFEELRDLYQ TYHVLVGDLI KFSAETLSEL IRTTLDAEKV FTQGLNILEW LENPSNTPDK DYLLSIPISC PL IGVIQLA HYVVTAKLLG FTPGELRSYL KGATGHSQGL VTAVAIAETD SWESFFVSVR KAITVLFFIG VRCYEAYPNT SLP PSILED SLENNEGVPS PMLSISNLTQ EQVQDYVNKT NSHLPAGKQV EISLVNGAKN LVVSGPPQSL YGLNLTLRKA KAPS GLDQS RIPFSERKLK FSNRFLPVAS PFHSHLLVPA SDLINKDLVK NNVSFNAKDI QIPVYDTFDG SDLRVLSGSI SERIV DCII RLPVKWETTT QFKATHILDF GPGGASGLGV LTHRNKDGTG VRVIVAGTLD INPDDDYGFK QEIFDVTSNG LKKNPN WLE EYHPKLIKNK SGKIFVETKF SKLIGRPPLL VPGMTPCTVS PDFVAATTNA GYTIELAGGG YFSAAGMTAA IDSVVSQ IE KGSTFGINLI YVNPFMLQWG IPLIKELRSK GYPIQFLTIG AGVPSLEVAS EYIETLGLKY LGLKPGSIDA ISQVINIA K AHPNFPIALQ WTGGRGGGHH SFEDAHTPML QMYSKIRRHP NIMLIFGSGF GSADDTYPYL TGEWSTKFDY PPMPFDGFL FGSRVMIAKE VKTSPDAKKC IAACTGVPDD KWEQTYKKPT GGIVTVRSEM GEPIHKIATR GVMLWKEFDE TIFNLPKNKL VPTLEAKRD YIISRLNADF QKPWFATVNG QARDLATMTY EEVAKRLVEL MFIRSTNSWF DVTWRTFTGD FLRRVEERFT K SKTLSLIQ SYSLLDKPDE AIEKVFNAYP AAREQFLNAQ DIDHFLSMCQ NPMQKPVPFV PVLDRRFEIF FKKDSLWQSE HL EAVVDQD VQRTCILHGP VAAQFTKVID EPIKSIMDGI HDGHIKKLLH QYYGDDESKI PAVEYFGGES PVDVQSQVDS SSV SEDSAV FKATSSTDEE SWFKALAGSE INWRHASFLC SFITQDKMFV SNPIRKVFKP SQGMVVEISN GNTSSKTVVT LSEP VQGEL KPTVILKLLK ENIIQMEMIE NRTMDGKPVS LPLLYNFNPD NGFAPISEVM EDRNQRIKEM YWKLWIDEPF NLDFD PRDV IKGKDFEITA KEVYDFTHAV GNNCEDFVSR PDRTMLAPMD FAIVVGWRAI IKAIFPNTVD GDLLKLVHLS NGYKMI PGA KPLQVGDVVS TTAVIESVVN QPTGKIVDVV GTLSRNGKPV MEVTSSFFYR GNYTDFENTF QKTVEPVYQM HIKTSKD IA VLRSKEWFQL DDEDFDLLNK TLTFETETEV TFKNANIFSS VKCFGPIKVE LPTKETVEIG IVDYEAGASH GNPVVDFL K RNGSTLEQKV NLENPIPIAV LDSYTPSTNE PYARVSGDLN PIHVSRHFAS YANLPGTITH GMFSSASVRA LIENWAADS VSSRVRGYTC QFVDMVLPNT ALKTSIQHVG MINGRKLIKF ETRNEDDVVV LTGEAEIEQP VTTFVFTGQG SQEQGMGMDL YKTSKAAQD VWNRADNHFK DTYGFSILDI VINNPVNLTI HFGGEKGKRI RENYSAMIFE TIVDGKLKTE KIFKEINEHS T SYTFRSEK GLLSATQFTQ PALTLMEKAA FEDLKSKGLI PADATFAGHS LGEYAALASL ADVMSIESLV EVVFYRGMTM QV AVPRDEL GRSNYGMIAI NPGRVAASFS QEALQYVVER VGKRTGWLVE IVNYNVENQQ YVAAGDLRAL DTVTNVLNFI KLQ KIDIIE LQKSLSLEEV EGHLFEIIDE ASKKSAVKPR PLKLERGFAC IPLVGISVPF HSTYLMNGVK PFKSFLKKNI IKEN VKVAR LAGKYIPNLT AKPFQVTKEY FQDVYDLTGS EPIKEIIDNW EKYEQSHHHH HH UniProtKB: Fatty acid synthase subunit beta |
-分子 #2: Fatty acid synthase subunit alpha
分子 | 名称: Fatty acid synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fatty-acyl-CoA synthase system |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 207.184422 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKPEVEQELA HILLTELLAY QFASPVRWIE TQDVFLKDFN TERVVEIGPS PTLAGMAQRT LKNKYESYDA ALSLHREILC YSKDAKEIY YTPDPSELAA KEEPAKEEAP APTPAASAPA PAAAAPAPVA AAAPAAAAAE IADEPVKASL LLHVLVAHKL K KSLDSIPM ...文字列: MKPEVEQELA HILLTELLAY QFASPVRWIE TQDVFLKDFN TERVVEIGPS PTLAGMAQRT LKNKYESYDA ALSLHREILC YSKDAKEIY YTPDPSELAA KEEPAKEEAP APTPAASAPA PAAAAPAPVA AAAPAAAAAE IADEPVKASL LLHVLVAHKL K KSLDSIPM SKTIKDLVGG KSTVQNEILG DLGKEFGTTP EKPEETPLEE LAETFQDTFS GALGKQSSSL LSRLISSKMP GG FTITVAR KYLQTRWGLP SGRQDGVLLV ALSNEPAARL GSEADAKAFL DSMAQKYASI VGVDLSSAAS ASGAAGAGAA AGA AMIDAG ALEEITKDHK VLARQQLQVL ARYLKMDLDN GERKFLKEKD TVAELQAQLD YLNAELGEFF VNGVATSFSR KKAR TFDSS WNWAKQSLLS LYFEIIHGVL KNVDREVVSE AINIMNRSND ALIKFMEYHI SNTDETKGEN YQLVKTLGEQ LIENC KQVL DVDPVYKDVA KPTGPKTAID KNGNITYSEE PREKVRKLSQ YVQEMALGGP ITKESQPTIE EDLTRVYKAI SAQADK QDI SSSTRVEFEK LYSDLMKFLE SSKEIDPSQT TQLAGMDVED ALDKDSTKEV ASLPNKSTIS KTVSSTIPRE TIPFLHL RK KTPAGDWKYD RQLSSLFLDG LEKAAFNGVT FKDKYVLITG AGKGSIGAEV LQGLLQGGAK VVVTTSRFSK QVTDYYQS I YAKYGAKGST LIVVPFNQGS KQDVEALIEF IYDTEKNGGL GWDLDAIIPF AAIPEQGIEL EHIDSKSEFA HRIMLTNIL RMMGCVKKQK SARGIETRPA QVILPMSPNH GTFGGDGMYS ESKLSLETLF NRWHSESWAN QLTVCGAIIG WTRGTGLMSA NNIIAEGIE KMGVRTFSQK EMAFNLLGLL TPEVVELCQK SPVMADLNGG LQFVPELKEF TAKLRKELVE TSEVRKAVSI E TALEHKVV NGNSADAAYA QVEIQPRANI QLDFPELKPY KQVKQIAPAE LEGLLDLERV IVVTGFAEVG PWGSARTRWE ME AFGEFSL EGCVEMAWIM GFISYHNGNL KGRPYTGWVD SKTKEPVDDK DVKAKYETSI LEHSGIRLIE PELFNGYNPE KKE MIQEVI VEEDLEPFEA SKETAEQFKH QHGDKVDIFE IPETGEYSVK LLKGATLYIP KALRFDRLVA GQIPTGWNAK TYGI SDDII SQVDPITLFV LVSVVEAFIA SGITDPYEMY KYVHVSEVGN CSGSGMGGVS ALRGMFKDRF KDEPVQNDIL QESFI NTMS AWVNMLLISS SGPIKTPVGA CATSVESVDI GVETILSGKA RICIVGGYDD FQEEGSFEFG NMKATSNTLE EFEHGR TPA EMSRPATTTR NGFMEAQGAG IQIIMQADLA LKMGVPIYGI VAMAATATDK IGRSVPAPGK GILTTAREHH SSVKYAS PN LNMKYRKRQL VTREAQIKDW VENELEALKL EAEEIPSEDQ NEFLLERTRE IHNEAESQLR AAQQQWGNDF YKRDPRIA P LRGALATYGL TIDDLGVASF HGTSTKANDK NESATINEMM KHLGRSEGNP VIGVFQKFLT GHPKGAAGAW MMNGALQIL NSGIIPGNRN ADNVDKILEQ FEYVLYPSKT LKTDGVRAVS ITSFGFGQKG GQAIVVHPDY LYGAITEDRY NEYVAKVSAR EKSAYKFFH NGMIYNKLFV SKEHAPYTDE LEEDVYLDPL ARVSKDKKSG SLTFNSKNIQ SKDSYINANT IETAKMIENM T KEKVSNGG VGVDVELITS INVENDTFIE RNFTPQEIEY CSAQPSVQSS FAGTWSAKEA VFKSLGVKSL GGGAALKDIE IV RVNKNAP AVELHGNAKK AAEEAGVTDV KVSISHDDLQ AVAVAVSTKK UniProtKB: Fatty acid synthase subunit alpha |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 30 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.3 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 3 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 36.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 15767 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |