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- EMDB-2158: Bacterial chemoreceptor arrays are hexagonally packed trimers of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2158
タイトルBacterial chemoreceptor arrays are hexagonally packed trimers of receptor dimers networked by rings of kinase and coupling proteins
マップデータ3-fold average of wild-type E.coli (strain RP437) Chemoreceptor array sub-volumes (composed of 6 trimers-of receptor dimers)
試料
  • 試料: Bacterial chemoreceptor arrays
  • タンパク質・ペプチド: cheA
  • タンパク質・ペプチド: cheW
  • タンパク質・ペプチド: Chemoreceptors
キーワードchemotaxis / signal transduction / two-component systems
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Briegel A / Li X / Bilwes AM / Hughes KT / Jensen GJ / Crane BR
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Bacterial chemoreceptor arrays are hexagonally packed trimers of receptor dimers networked by rings of kinase and coupling proteins.
著者: Ariane Briegel / Xiaoxiao Li / Alexandrine M Bilwes / Kelly T Hughes / Grant J Jensen / Brian R Crane /
要旨: Chemoreceptor arrays are supramolecular transmembrane machines of unknown structure that allow bacteria to sense their surroundings and respond by chemotaxis. We have combined X-ray crystallography ...Chemoreceptor arrays are supramolecular transmembrane machines of unknown structure that allow bacteria to sense their surroundings and respond by chemotaxis. We have combined X-ray crystallography of purified proteins with electron cryotomography of native arrays inside cells to reveal the arrangement of the component transmembrane receptors, histidine kinases (CheA) and CheW coupling proteins. Trimers of receptor dimers lie at the vertices of a hexagonal lattice in a "two-facing-two" configuration surrounding a ring of alternating CheA regulatory domains (P5) and CheW couplers. Whereas the CheA kinase domains (P4) project downward below the ring, the CheA dimerization domains (P3) link neighboring rings to form an extended, stable array. This highly interconnected protein architecture underlies the remarkable sensitivity and cooperative nature of transmembrane signaling in bacterial chemotaxis.
履歴
登録2012年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年7月25日-
マップ公開2012年7月25日-
更新2012年8月1日-
現状2012年8月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 164
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 164
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2158.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2158.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 297.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3-fold average of wild-type E.coli (strain RP437) Chemoreceptor array sub-volumes (composed of 6 trimers-of receptor dimers)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.48 Å/pix.
x 60 pix.
= 388.8 Å		6.48 Å/pix.
x 36 pix.
= 233.28 Å		6.48 Å/pix.
x 36 pix.
= 233.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.48 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 164.0 / ムービー #1: 164
最小 - 最大155.039993290000012 - 168.389999390000014
平均 (標準偏差)161.905410770000003 (±1.43633509)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ363660
Spacing363660
セルA: 233.28 Å / B: 233.28 Å / C: 388.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.486.486.48
M x/y/z363660
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z233.280233.280388.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-32-32-32
NX/NY/NZ646464
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS363660
D min/max/mean155.040168.390161.905

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacterial chemoreceptor arrays

全体名称: Bacterial chemoreceptor arrays
要素
  • 試料: Bacterial chemoreceptor arrays
  • タンパク質・ペプチド: cheA
  • タンパク質・ペプチド: cheW
  • タンパク質・ペプチド: Chemoreceptors

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超分子 #1000: Bacterial chemoreceptor arrays

超分子名称: Bacterial chemoreceptor arrays / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Trimers of receptor dimers lie at the vertices of a hexagonal lattice in a two-facing-two configuration surrounding a ring of alternating CheA regulatory domains (P5) and CheW couplers
Number unique components: 3

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分子 #1: cheA

分子名称: cheA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655 / 細胞中の位置: Inner membrane

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分子 #2: cheW

分子名称: cheW / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655 / 細胞中の位置: Inner membrane

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分子 #3: Chemoreceptors

分子名称: Chemoreceptors / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655 / 細胞中の位置: Inner membrane

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

緩衝液詳細: Tryptone Broth (10 g Tryptone, 5 g NaCl per liter). Cells were grown to exponential phase and incubated with penicillin for 1 hour prior to freezing
グリッド詳細: R 2/2 copper/Rhodium grids, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度平均: 77 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gif 2002 hybrid (Gatan)
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2008年1月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 150 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 倍率（公称値）: 34000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -70 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 58 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細CTF correction in imod. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 130. Average tomographic tilt angle increment: 1.
最終 再構成ソフトウェア - 名称: imod
CTF補正詳細: imod

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3ur1


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D
詳細Protocol: rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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