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万見
- EMDB-2147: Electron microscopy of Influenza hemagglutinin (South Carolina/1/... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2147
タイトルElectron microscopy of Influenza hemagglutinin (South Carolina/1/1918 (H1N1)) in complex with neutralizing antibody (Fab CR9114)
マップデータInfluenza hemagglutinin (South Carolina/1/1918 (H1N1)), neutralizing antibody (Fab CR9114), negative stained, single particle analysis
試料
  • 試料: Influenza hemagglutinin (South Carolina/1/1918 (H1N1)), neutralizing antibody (Fab CR9114), negative stained, single particle analysis
  • タンパク質・ペプチド: Influenza hemagglutinin (South Carolina/1/1918 (H1N1))
  • タンパク質・ペプチド: IgG Fab fragment (CR9114)
キーワードInfluenza hemagglutinin (South Carolina/1/1918 (H1N1)) / neutralizing antibody (Fab CR9114) / negative stained / single particle analysis
生物種Influenza A virus (A/South Carolina/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Khayat R / Meltagen Z / Ekiert DC / Dreyfus C / Wilson IA / Ward AB
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Highly conserved protective epitopes on influenza B viruses.
著者: Cyrille Dreyfus / Nick S Laursen / Ted Kwaks / David Zuijdgeest / Reza Khayat / Damian C Ekiert / Jeong Hyun Lee / Zoltan Metlagel / Miriam V Bujny / Mandy Jongeneelen / Remko van der Vlugt / ...著者: Cyrille Dreyfus / Nick S Laursen / Ted Kwaks / David Zuijdgeest / Reza Khayat / Damian C Ekiert / Jeong Hyun Lee / Zoltan Metlagel / Miriam V Bujny / Mandy Jongeneelen / Remko van der Vlugt / Mohammed Lamrani / Hans J W M Korse / Eric Geelen / Özcan Sahin / Martijn Sieuwerts / Just P J Brakenhoff / Ronald Vogels / Olive T W Li / Leo L M Poon / Malik Peiris / Wouter Koudstaal / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Jaap Goudsmit / Robert H E Friesen /
要旨: Identification of broadly neutralizing antibodies against influenza A viruses has raised hopes for the development of monoclonal antibody-based immunotherapy and "universal" vaccines for influenza. ...Identification of broadly neutralizing antibodies against influenza A viruses has raised hopes for the development of monoclonal antibody-based immunotherapy and "universal" vaccines for influenza. However, a substantial part of the annual flu burden is caused by two cocirculating, antigenically distinct lineages of influenza B viruses. Here, we report human monoclonal antibodies, CR8033, CR8071, and CR9114, that protect mice against lethal challenge from both lineages. Antibodies CR8033 and CR8071 recognize distinct conserved epitopes in the head region of the influenza B hemagglutinin (HA), whereas CR9114 binds a conserved epitope in the HA stem and protects against lethal challenge with influenza A and B viruses. These antibodies may inform on development of monoclonal antibody-based treatments and a universal flu vaccine for all influenza A and B viruses.
履歴
登録2012年6月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年7月9日-
マップ公開2012年8月22日-
更新2012年9月26日-
現状2012年9月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2147.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2147.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Influenza hemagglutinin (South Carolina/1/1918 (H1N1)), neutralizing antibody (Fab CR9114), negative stained, single particle analysis
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å		2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å		2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.6 / ムービー #1: 3.6
最小 - 最大-11.16024017 - 17.98804092
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 348.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.182.182.18
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.800348.800348.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-32-32-32
NX/NY/NZ646464
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-11.16017.9880.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Influenza hemagglutinin (South Carolina/1/1918 (H1N1)), neutraliz...

全体名称: Influenza hemagglutinin (South Carolina/1/1918 (H1N1)), neutralizing antibody (Fab CR9114), negative stained, single particle analysis
要素
  • 試料: Influenza hemagglutinin (South Carolina/1/1918 (H1N1)), neutralizing antibody (Fab CR9114), negative stained, single particle analysis
  • タンパク質・ペプチド: Influenza hemagglutinin (South Carolina/1/1918 (H1N1))
  • タンパク質・ペプチド: IgG Fab fragment (CR9114)

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超分子 #1000: Influenza hemagglutinin (South Carolina/1/1918 (H1N1)), neutraliz...

超分子名称: Influenza hemagglutinin (South Carolina/1/1918 (H1N1)), neutralizing antibody (Fab CR9114), negative stained, single particle analysis
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: Trimer of hemagglutinin binds 3 Fabs / Number unique components: 2
分子量実験値: 282 KDa / 理論値: 282 KDa / 手法: Amino acid sequence

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分子 #1: Influenza hemagglutinin (South Carolina/1/1918 (H1N1))

分子名称: Influenza hemagglutinin (South Carolina/1/1918 (H1N1))
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/South Carolina/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
別称: Influenza
分子量実験値: 49 KDa / 理論値: 49 KDa
組換発現生物種: Sf9 / 組換プラスミド: pDCE198

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分子 #2: IgG Fab fragment (CR9114)

分子名称: IgG Fab fragment (CR9114) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 集合状態: 3 monomers / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 45 KDa / 理論値: 45 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES 8.0, 50mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl formate for 30 seconds.
グリッド詳細: 400 mesh gold grid with thin carbon support, glow discharged in amylamine atmosphere
凍結凍結剤: NONE / チャンバー内湿度: 18 % / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
詳細Weak beam illumination
日付2011年2月16日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 10.9 µm / 実像数: 195 / 平均電子線量: 16 e/Å2 / Od range: 1.4 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 55
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected using DoG Picker and processed using a combination of EMAN2 and Sparx.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2, and, Sparx / 使用した粒子像数: 9402

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4fqh

ソフトウェア名称: Molrep, Chimera
詳細Protocol: Rigid body. The hemagglutinin trimer was fit, then the Fabs were fit while imposing 3-fold non-cyrstallographic symmetry using Molrep.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3gbn

ソフトウェア名称: Molrep, Chimera
詳細Protocol: Rigid body. The hemagluttinin trimer was fit, then the Fabs were fit while imposing 3-fold non-cyrstallographic symmetry using Molrep.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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