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- EMDB-21051: Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21051
タイトルHuman Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state
マップデータHuman Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state
試料
  • 複合体: Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease 3
    • タンパク質・ペプチド: Microprocessor complex subunit DGCR8
    • RNA: Pri-miR-16-2 (78-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードMicroprocessor / Drosha / DGCR8 / Primary MicroRNA / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of pre-miRNA processing / microprocessor complex / regulation of miRNA metabolic process / protein-RNA adaptor activity / DEAD/H-box RNA helicase binding / regulation of regulatory T cell differentiation / primary miRNA binding / Transcriptional Regulation by MECP2 / ribonuclease III / primary miRNA processing ...positive regulation of pre-miRNA processing / microprocessor complex / regulation of miRNA metabolic process / protein-RNA adaptor activity / DEAD/H-box RNA helicase binding / regulation of regulatory T cell differentiation / primary miRNA binding / Transcriptional Regulation by MECP2 / ribonuclease III / primary miRNA processing / miRNA metabolic process / regulation of stem cell proliferation / ribonuclease III activity / pre-miRNA processing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / SMAD binding / R-SMAD binding / lipopolysaccharide binding / rRNA processing / double-stranded RNA binding / site of double-strand break / regulation of inflammatory response / protein-macromolecule adaptor activity / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / postsynaptic density / nuclear body / heme binding / DNA damage response / positive regulation of gene expression / nucleolus / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNase III, double-stranded RNA binding domain, animal / Microprocessor complex subunit DGCR8 / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif ...RNase III, double-stranded RNA binding domain, animal / Microprocessor complex subunit DGCR8 / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Microprocessor complex subunit DGCR8 / Ribonuclease 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Partin A / Zhang K
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079429 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD021600 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM122960 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM Structures of Human Drosha and DGCR8 in Complex with Primary MicroRNA.
著者: Alexander C Partin / Kaiming Zhang / Byung-Cheon Jeong / Emily Herrell / Shanshan Li / Wah Chiu / Yunsun Nam /
要旨: Metazoan microRNAs require specific maturation steps initiated by Microprocessor, comprising Drosha and DGCR8. Lack of structural information for the assembled complex has hindered an understanding ...Metazoan microRNAs require specific maturation steps initiated by Microprocessor, comprising Drosha and DGCR8. Lack of structural information for the assembled complex has hindered an understanding of how Microprocessor recognizes primary microRNA transcripts (pri-miRNAs). Here we present a cryoelectron microscopy structure of human Microprocessor with a pri-miRNA docked in the active site, poised for cleavage. The basal junction is recognized by a four-way intramolecular junction in Drosha, triggered by the Belt and Wedge regions that clamp over the ssRNA. The belt is important for efficiency and accuracy of pri-miRNA processing. Two dsRBDs form a molecular ruler to measure the stem length between the two dsRNA-ssRNA junctions. The specific organization of the dsRBDs near the apical junction is independent of Drosha core domains, as observed in a second structure in the partially docked state. Collectively, we derive a molecular model to explain how Microprocessor recognizes a pri-miRNA and accurately identifies the cleavage site.
履歴
登録2019年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月8日-
マップ公開2020年4月8日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6v5b
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21051.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21051.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-2.24726 - 3.386735
平均 (標準偏差)0.012192698 (±0.10081145)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z271.360271.360271.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.2473.3870.012

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA c...

全体名称: Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state
要素
  • 複合体: Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease 3
    • タンパク質・ペプチド: Microprocessor complex subunit DGCR8
    • RNA: Pri-miR-16-2 (78-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA c...

超分子名称: Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40 KDa

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分子 #1: Ribonuclease 3

分子名称: Ribonuclease 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease III
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 118.379727 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: GSGHRSPSRE KKRARWEEEK DRWSDNQSSG KDKNYTSIKE KEPEETMPDK NEEEEEELLK PVWIRCTHSE NYYSSDPMDQ VGDSTVVGT SRLRDLYDKF EEELGSRQEK AKAARPPWEP PKTKLDEDLE SSSESECESD EDSTCSSSSD SEVFDVIAEI K RKKAHPDR ...文字列:
GSGHRSPSRE KKRARWEEEK DRWSDNQSSG KDKNYTSIKE KEPEETMPDK NEEEEEELLK PVWIRCTHSE NYYSSDPMDQ VGDSTVVGT SRLRDLYDKF EEELGSRQEK AKAARPPWEP PKTKLDEDLE SSSESECESD EDSTCSSSSD SEVFDVIAEI K RKKAHPDR LHDELWYNDP GQMNDGPLCK CSAKARRTGI RHSIYPGEEA IKPCRPMTNN AGRLFHYRIT VSPPTNFLTD RP TVIEYDD HEYIFEGFSM FAHAPLTNIP LCKVIRFNID YTIHFIEEMM PENFCVKGLE LFSLFLFRDI LELYDWNLKG PLF EDSPPC CPRFHFMPRF VRFLPDGGKE VLSMHQILLY LLRCSKALVP EEEIANMLQW EELEWQKYAE ECKGMIVTNP GTKP SSVRI DQLDREQFNP DVITFPIIVH FGIRPAQLSY AGDPQYQKLW KSYVKLRHLL ANSPKVKQTD KQKLAQREEA LQKIR QKNT MRREVTVELS SQGFWKTGIR SDVCQHAMML PVLTHHIRYH QCLMHLDKLI GYTFQDRCLL QLAMTHPSHH LNFGMN PDH ARNSLSNCGI RQPKYGDRKV HHMHMRKKGI NTLINIMSRL GQDDPTPSRI NHNERLEFLG DAVVEFLTSV HLYYLFP SL EEGGLATYRT AIVQNQHLAM LAKKLELDRF MLYAHGPDLC RESDLRHAMA NCFEALIGAV YLEGSLEEAK QLFGRLLF N DPDLREVWLN YPLHPLQLQE PNTDRQLIET SPVLQKLTEF EEAIGVIFTH VRLLARAFTL RTVGFNHLTL GHNQRMEFL GDSIMQLVAT EYLFIHFPDH HEGHLTLLRS SLVNNRTQAK VAEELGMQEY AITNDKTKRP VALRTKTLAD LLESFIAALY IDKDLEYVH TFMNVCFFPR LKEFILNQDW NDPKSQLQQC CLTLRTEGKE PDIPLYKTLQ TVGPSHARTY TVAVYFKGER I GCGKGPSI QQAEMGAAMD ALEKYNFPQM AHQKRFIERK YRQELKEMRW EREHQERE

UniProtKB: Ribonuclease 3

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分子 #2: Microprocessor complex subunit DGCR8

分子名称: Microprocessor complex subunit DGCR8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.550602 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: GSGAIVQRDR VDEEALNFPY EDDFDNDVDA LLEEGLCAPK KRRTEEKYGG DSDHPSDGET SVQPMMTKIK TVLKSRGRPP TEPLPDGWI MTFHNSGVPV YLHRESRVVT WSRPYFLGTG SIRKHDPPLS SIPCLHYKKM KDNEEREQSS DLTPSGDVSP V KPLSRSAE ...文字列:
GSGAIVQRDR VDEEALNFPY EDDFDNDVDA LLEEGLCAPK KRRTEEKYGG DSDHPSDGET SVQPMMTKIK TVLKSRGRPP TEPLPDGWI MTFHNSGVPV YLHRESRVVT WSRPYFLGTG SIRKHDPPLS SIPCLHYKKM KDNEEREQSS DLTPSGDVSP V KPLSRSAE LEFPLDEPDS MGADPGPPDE KDPLGAEAAP GALGQVKAKV EVCKDESVDL EEFRSYLEKR FDFEQVTVKK FR TWAERRQ FNREMKRKQA ESERPILPAN QKLITLSVQD APTKKEFVIN PNGKSEVCIL HEYMQRVLKV RPVYNFFECE NPS EPFGAS VTIDGVTYGS GTASSKKLAK NKAARATLEI LIPDFVKQTS EEKPKDSEEL EYFNHISIED SRVYELTSKA GLLS PYQIL HECLKRNHGM GDTSIKFEVV PGKNQKSEYV MACGKHTVRG WCKNKRVGKQ LASQKILQLL HPHVKNWGSL LRMYG RESS KMVKQETSDK SVIELQQYAK KNKPNLHILS KLQEEMKRLA EEREETRK

UniProtKB: Microprocessor complex subunit DGCR8

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分子 #3: Pri-miR-16-2 (78-MER)

分子名称: Pri-miR-16-2 (78-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.646934 KDa
配列文字列:
CUGACAUACU UGUUCCACUC UAGCAGCACG UAAAUAUUGG CGUAGUGAAA UAUAUAUUAA ACACCAAUAU UACUGUGCUG CUUUAGUGU GACAGGGAUA CAGCAA

GENBANK: GENBANK: AC024221.23

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.1
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 35 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 8 / 実像数: 12681 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 46.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1385678
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0.5) / 使用した粒子像数: 505640
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.2)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-6v5b:
Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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