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万見
- EMDB-21013: Cryo-EM reconstruction of the thermophilic bacteriophage P74-26 s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21013
タイトルCryo-EM reconstruction of the thermophilic bacteriophage P74-26 small terminase, asymmetric I
マップデータAn asymmetric cryoEM reconstruction of the small terminase protein from the thermophilic bacteriophage P74-26, asymmetric I
試料
  • 複合体: Gene product 83 of the Thermus thermophilus bacteriophage P74-26
    • タンパク質・ペプチド: Small terminase protein of Thermus thermophilus bacteriophage P74-26, asymmetric I
生物種Thermus virus P74-26 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Hayes JA / Hilbert BJ / Gaubitz C / Stone NP / Kelch BA
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (United States)1817338 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences1F31GM121019-01A1 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2020
タイトル: A thermophilic phage uses a small terminase protein with a fixed helix-turn-helix geometry.
著者: Janelle A Hayes / Brendan J Hilbert / Christl Gaubitz / Nicholas P Stone / Brian A Kelch /
要旨: Tailed bacteriophages use a DNA-packaging motor to encapsulate their genome during viral particle assembly. The small terminase (TerS) component of this DNA-packaging machinery acts as a molecular ...Tailed bacteriophages use a DNA-packaging motor to encapsulate their genome during viral particle assembly. The small terminase (TerS) component of this DNA-packaging machinery acts as a molecular matchmaker that recognizes both the viral genome and the main motor component, the large terminase (TerL). However, how TerS binds DNA and the TerL protein remains unclear. Here we identified gp83 of the thermophilic bacteriophage P74-26 as the TerS protein. We found that TerS oligomerizes into a nonamer that binds DNA, stimulates TerL ATPase activity, and inhibits TerL nuclease activity. A cryo-EM structure of TerS revealed that it forms a ring with a wide central pore and radially arrayed helix-turn-helix domains. The structure further showed that these helix-turn-helix domains, which are thought to bind DNA by wrapping the double helix around the ring, are rigidly held in an orientation distinct from that seen in other TerS proteins. This rigid arrangement of the putative DNA-binding domain imposed strong constraints on how TerS can bind DNA. Finally, the TerS structure lacked the conserved C-terminal β-barrel domain used by other TerS proteins for binding TerL. This suggests that a well-ordered C-terminal β-barrel domain is not required for TerS to carry out its matchmaking function. Our work highlights a thermophilic system for studying the role of small terminase proteins in viral maturation and presents the structure of TerS, revealing key differences between this thermophilic phage and its mesophilic counterparts.
履歴
登録2019年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月15日-
マップ公開2020年1月15日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21013.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21013.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈An asymmetric cryoEM reconstruction of the small terminase protein from the thermophilic bacteriophage P74-26, asymmetric I
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.019578625 - 0.11653246
平均 (標準偏差)0.0005335998 (±0.0046826)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.104 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z271.104271.104271.104
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ79740
NX/NY/NZ93103213
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0200.1170.001

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1 of an asymmetric cryoEM reconstruction...

ファイルemd_21013_half_map_1.map
注釈Half map 1 of an asymmetric cryoEM reconstruction of the small terminase protein from the thermophilic bacteriophage P74-26, asymmetric I
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of an asymmetric cryoEM reconstruction...

ファイルemd_21013_half_map_2.map
注釈Half map 2 of an asymmetric cryoEM reconstruction of the small terminase protein from the thermophilic bacteriophage P74-26, asymmetric I
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Gene product 83 of the Thermus thermophilus bacteriophage P74-26

全体名称: Gene product 83 of the Thermus thermophilus bacteriophage P74-26
要素
  • 複合体: Gene product 83 of the Thermus thermophilus bacteriophage P74-26
    • タンパク質・ペプチド: Small terminase protein of Thermus thermophilus bacteriophage P74-26, asymmetric I

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超分子 #1: Gene product 83 of the Thermus thermophilus bacteriophage P74-26

超分子名称: Gene product 83 of the Thermus thermophilus bacteriophage P74-26
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thermus virus P74-26 (ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
分子量実験値: 171 KDa

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分子 #1: Small terminase protein of Thermus thermophilus bacteriophage P74...

分子名称: Small terminase protein of Thermus thermophilus bacteriophage P74-26, asymmetric I
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus virus P74-26 (ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
GPHMSVSFRD RVLKLYLLGF DPSEIAQTLS LDAKRKVTEE EVLHVLAEAR ELLSALPSLE DIRAEVGQAL ERARIFQKDL LAIYQNMLRN YNAMMEGLTE HPDGTPVIGV RPADIAAMAD RIMKIDQERI TALLNSLKVL GHVGSTTAGA LPSATELVSV EELVAEVADE TPKT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium chloride
20.0 mMTris-HClTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
0.015 %A8-35A8-35
グリッド前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: 20 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse (PDI= 1.000)

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2822 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.4 µm / 倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio, cisTEM
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: Beta / 使用した粒子像数: 152315
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: Beta
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: Beta
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 85000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: Beta
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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