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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20962 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of nucleotide-free MsbA reconstituted into peptidiscs, conformation 2 | |||||||||
![]() | nucleotide-free MsbA reconstituted into peptidiscs, conformation 2 | |||||||||
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![]() | membrane protein / ABC transporter / membrane mimetic / peptidisc / TRANSLOCASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() MsbA transporter complex / lipopolysaccharide floppase activity / lipid translocation / ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type xenobiotic transporter activity / lipid transport / ABC-type transporter activity ...MsbA transporter complex / lipopolysaccharide floppase activity / lipid translocation / ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type xenobiotic transporter activity / lipid transport / ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
![]() | Angiulli G / Walz T | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: New approach for membrane protein reconstitution into peptidiscs and basis for their adaptability to different proteins. 著者: Gabriella Angiulli / Harveer Singh Dhupar / Hiroshi Suzuki / Irvinder Singh Wason / Franck Duong Van Hoa / Thomas Walz / ![]() ![]() 要旨: Previously we introduced peptidiscs as an alternative to detergents to stabilize membrane proteins in solution (Carlson et al., 2018). Here, we present 'on-gradient' reconstitution, a new gentle ...Previously we introduced peptidiscs as an alternative to detergents to stabilize membrane proteins in solution (Carlson et al., 2018). Here, we present 'on-gradient' reconstitution, a new gentle approach for the reconstitution of labile membrane-protein complexes, and used it to reconstitute reaction center complexes, demonstrating that peptidiscs can adapt to transmembrane domains of very different sizes and shapes. Using the conventional 'on-bead' approach, we reconstituted proteins MsbA and MscS and find that peptidiscs stabilize them in their native conformation and allow for high-resolution structure determination by cryo-electron microscopy. The structures reveal that peptidisc peptides can arrange around transmembrane proteins differently, thus revealing the structural basis for why peptidiscs can stabilize such a large variety of membrane proteins. Together, our results establish the gentle and easy-to-use peptidiscs as a potentially universal alternative to detergents as a means to stabilize membrane proteins in solution for structural and functional studies. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 67.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | nucleotide-free MsbA reconstituted into peptidiscs, conformation 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
全体 | 名称: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA |
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要素 |
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-超分子 #1: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
超分子 | 名称: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
分子 | 名称: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 66.833109 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMHNDKDLST WQTFRRLWPT IAPFKAGLIV AGVALILNAA SDTFMLSLLK PLLDDGFGKT DRSVLVWMP LVVIGLMILR GITSYVSSYC ISWVSGKVVM TMRRRLFGHM MGMPVSFFDK QSTGTLLSRI TYDSEQVASS S SGALITVV ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMHNDKDLST WQTFRRLWPT IAPFKAGLIV AGVALILNAA SDTFMLSLLK PLLDDGFGKT DRSVLVWMP LVVIGLMILR GITSYVSSYC ISWVSGKVVM TMRRRLFGHM MGMPVSFFDK QSTGTLLSRI TYDSEQVASS S SGALITVV REGASIIGLF IMMFYYSWQL SIILIVLAPI VSIAIRVVSK RFRNISKNMQ NTMGQVTTSA EQMLKGHKEV LI FGGQEVE TKRFDKVSNR MRLQGMKMVS ASSISDPIIQ LIASLALAFV LYAASFPSVM DSLTAGTITV VFSSMIALMR PLK SLTNVN AQFQRGMAAC QTLFTILDSE QEKDEGKRVI ERATGDVEFR NVTFTYPGRD VPALRNINLK IPAGKTVALV GRSG SGKST IASLITRFYD IDEGEILMDG HDLREYTLAS LRNQVALVSQ NVHLFNDTVA NNIAYARTEQ YSREQIEEAA RMAYA MDFI NKMDNGLDTV IGENGVLLSG GQRQRIAIAR ALLRDSPILI LDEATSALDT ESERAIQAAL DELQKNRTSL VIAHRL STI EKADEIVVVE DGVIVERGTH NDLLEHRGVY AQLHKMQFGQ UniProtKB: ATP-binding transport protein MsbA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.3 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
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糖包埋 | 材質: vitreous ice | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |