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- EMDB-20924: Single particle cryo-EM structure of KvAP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20924
タイトルSingle particle cryo-EM structure of KvAP
マップデータKvAP-6E1 Fab complex
試料
  • 複合体: KvAP-6E1 Fab complex
    • 複合体: KvAP
      • タンパク質・ペプチド: Voltage-gated potassium channel
    • 複合体: 6E1 Fab
キーワードvoltage-gated potassium channel / non-domain-swapped / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性monoatomic ion channel complex / voltage-gated potassium channel activity / Ion transport domain / Ion transport protein / identical protein binding / plasma membrane / Voltage-gated potassium channel
機能・相同性情報
生物種Aeropyrum pernix (古細菌) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Tao X / MacKinnon R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM43949 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of the KvAP channel reveals a non-domain-swapped voltage sensor topology.
著者: Xiao Tao / Roderick MacKinnon /
要旨: Conductance in voltage-gated ion channels is regulated by membrane voltage through structural domains known as voltage sensors. A single structural class of voltage sensor domain exists, but two ...Conductance in voltage-gated ion channels is regulated by membrane voltage through structural domains known as voltage sensors. A single structural class of voltage sensor domain exists, but two different modes of voltage sensor attachment to the pore occur in nature: domain-swapped and non-domain-swapped. Since the more thoroughly studied Kv1-7, Nav and Cav channels have domain-swapped voltage sensors, much less is known about non-domain-swapped voltage-gated ion channels. In this paper, using cryo-EM, we show that KvAP from has non-domain-swapped voltage sensors as well as other unusual features. The new structure, together with previous functional data, suggests that KvAP and the Shaker channel, to which KvAP is most often compared, probably undergo rather different voltage-dependent conformational changes when they open.
履歴
登録2019年11月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月4日-
マップ公開2019年12月4日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6uwm
  • 表面レベル: 6.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6uwm
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20924.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20924.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈KvAP-6E1 Fab complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 308.4 Å		1.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 308.4 Å		1.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 308.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.028 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.07 / ムービー #1: 6.07
最小 - 最大-16.511019999999998 - 26.106128999999999
平均 (標準偏差)-0.22258796 (±0.9665328)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 308.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0281.0281.028
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z308.400308.400308.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-16.51126.106-0.223

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : KvAP-6E1 Fab complex

全体名称: KvAP-6E1 Fab complex
要素
  • 複合体: KvAP-6E1 Fab complex
    • 複合体: KvAP
      • タンパク質・ペプチド: Voltage-gated potassium channel
    • 複合体: 6E1 Fab

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超分子 #1: KvAP-6E1 Fab complex

超分子名称: KvAP-6E1 Fab complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 200 KDa

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超分子 #2: KvAP

超分子名称: KvAP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all / 詳細: KvAP tetramer
由来(天然)生物種: Aeropyrum pernix (古細菌)
分子量理論値: 130 KDa

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超分子 #3: 6E1 Fab

超分子名称: 6E1 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

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分子 #1: Voltage-gated potassium channel

分子名称: Voltage-gated potassium channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aeropyrum pernix (古細菌)
分子量理論値: 31.649207 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAGGRVRNIG DVMEHPLVEL GVSYAALLSV IVVVVEYTMQ LSGEYLVRLY LVDLILVIIL WADYAYRAYK SGDPAGYVKK TLYEIPALV PAGLLALIEG HLAGLGLFRL VRLLRFLRIL LIISRGSKFL SAIADAADKI RFYHLFGAVM LTVLYGAFAI Y IVEYPDPN ...文字列:
MAGGRVRNIG DVMEHPLVEL GVSYAALLSV IVVVVEYTMQ LSGEYLVRLY LVDLILVIIL WADYAYRAYK SGDPAGYVKK TLYEIPALV PAGLLALIEG HLAGLGLFRL VRLLRFLRIL LIISRGSKFL SAIADAADKI RFYHLFGAVM LTVLYGAFAI Y IVEYPDPN SSIKSVFDAL WWAVVTATTV GYGDVVPATP IGKVIGIAVM LTGISALTLL IGTVSNMFQK ILVGEPEPSS SP AKLAEMV SSMSEEEFEE FVRTLKNLRR LENSMKLVPR GSRSHHHHHH

UniProtKB: Voltage-gated potassium channel

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMKClpotassium chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris
0.5 mMC56H92O29Digitonin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 4 seconds before plunging..
詳細KvAP in complex with 6E1 Fab

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 8000 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 75.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1800000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 使用した粒子像数: 67000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 32000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1ors

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1orq

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6uwm:
Single particle cryo-EM structure of KvAP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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