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- EMDB-20812: Cryo-EM structure of mammalian Ric-8A:Galpha(i):nanobody complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20812
タイトルCryo-EM structure of mammalian Ric-8A:Galpha(i):nanobody complex
マップデータmammalian Ric-8A:Galpha(i):nanobody complex
試料
  • 複合体: RIC-8A:Galpha(1):NB8109:NB8117:NB8119:NB9156 complex
    • 複合体: RIC-8A:Galpha(1)
      • タンパク質・ペプチド: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans)
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • 複合体: NB8109:NB8117:NB8119:NB9156
      • タンパク質・ペプチド: NB8109
      • タンパク質・ペプチド: NB8117
      • タンパク質・ペプチド: NB8119
      • タンパク質・ペプチド: NB9156
キーワードRic-8A / G protein / GEF / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell adhesion involved in gastrulation / cell migration involved in gastrulation / Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / basement membrane organization / vasculature development / GTPase activating protein binding / negative regulation of synaptic transmission / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 ...cell-cell adhesion involved in gastrulation / cell migration involved in gastrulation / Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / basement membrane organization / vasculature development / GTPase activating protein binding / negative regulation of synaptic transmission / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (i) signalling events / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / response to light stimulus / G-protein alpha-subunit binding / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / adenylate cyclase regulator activity / G protein-coupled serotonin receptor binding / gastrulation / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / protein folding chaperone / cellular response to forskolin / GTPase activator activity / regulation of mitotic spindle organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / visual learning / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / G protein activity / midbody / cell cortex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / in utero embryonic development / postsynapse / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / GTPase activity / centrosome / GTP binding / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / protein-containing complex / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Synembryn / Guanine nucleotide exchange factor, Ric8 / Guanine nucleotide exchange factor synembryn / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / Armadillo-like helical ...Synembryn / Guanine nucleotide exchange factor, Ric8 / Guanine nucleotide exchange factor synembryn / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone Ric-8A / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Mou TC / Zhang K
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103546 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM105993 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1738547 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of the G protein chaperone and guanine nucleotide exchange factor Ric-8A bound to Gαi1.
著者: Levi J McClelland / Kaiming Zhang / Tung-Chung Mou / Jake Johnston / Cindee Yates-Hansen / Shanshan Li / Celestine J Thomas / Tzanko I Doukov / Sarah Triest / Alexandre Wohlkonig / Gregory G ...著者: Levi J McClelland / Kaiming Zhang / Tung-Chung Mou / Jake Johnston / Cindee Yates-Hansen / Shanshan Li / Celestine J Thomas / Tzanko I Doukov / Sarah Triest / Alexandre Wohlkonig / Gregory G Tall / Jan Steyaert / Wah Chiu / Stephen R Sprang /
要旨: Ric-8A is a cytosolic Guanine Nucleotide exchange Factor (GEF) that activates heterotrimeric G protein alpha subunits (Gα) and serves as an essential Gα chaperone. Mechanisms by which Ric-8A ...Ric-8A is a cytosolic Guanine Nucleotide exchange Factor (GEF) that activates heterotrimeric G protein alpha subunits (Gα) and serves as an essential Gα chaperone. Mechanisms by which Ric-8A catalyzes these activities, which are stimulated by Casein Kinase II phosphorylation, are unknown. We report the structure of the nanobody-stabilized complex of nucleotide-free Gα bound to phosphorylated Ric-8A at near atomic resolution by cryo-electron microscopy and X-ray crystallography. The mechanism of Ric-8A GEF activity differs considerably from that employed by G protein-coupled receptors at the plasma membrane. Ric-8A engages a specific conformation of Gα at multiple interfaces to form a complex that is stabilized by phosphorylation within a Ric-8A segment that connects two Gα binding sites. The C-terminus of Gα is ejected from its beta sheet core, thereby dismantling the GDP binding site. Ric-8A binds to the exposed Gα beta sheet and switch II to stabilize the nucleotide-free state of Gα.
履歴
登録2019年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2020年3月11日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ukt
  • 表面レベル: 4.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20812.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20812.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈mammalian Ric-8A:Galpha(i):nanobody complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 224 pix.
= 237.44 Å		1.06 Å/pix.
x 224 pix.
= 237.44 Å		1.06 Å/pix.
x 224 pix.
= 237.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.07 / ムービー #1: 4.07
最小 - 最大-3.7670937 - 14.800323499999999
平均 (標準偏差)-0.000000000288466 (±0.6152012)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 237.43999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z237.440237.440237.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-3.76714.800-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RIC-8A:Galpha(1):NB8109:NB8117:NB8119:NB9156 complex

全体名称: RIC-8A:Galpha(1):NB8109:NB8117:NB8119:NB9156 complex
要素
  • 複合体: RIC-8A:Galpha(1):NB8109:NB8117:NB8119:NB9156 complex
    • 複合体: RIC-8A:Galpha(1)
      • タンパク質・ペプチド: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans)
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • 複合体: NB8109:NB8117:NB8119:NB9156
      • タンパク質・ペプチド: NB8109
      • タンパク質・ペプチド: NB8117
      • タンパク質・ペプチド: NB8119
      • タンパク質・ペプチド: NB9156

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超分子 #1: RIC-8A:Galpha(1):NB8109:NB8117:NB8119:NB9156 complex

超分子名称: RIC-8A:Galpha(1):NB8109:NB8117:NB8119:NB9156 complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: RIC-8A:Galpha(1)

超分子名称: RIC-8A:Galpha(1) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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超分子 #3: NB8109:NB8117:NB8119:NB9156

超分子名称: NB8109:NB8117:NB8119:NB9156 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#6
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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分子 #1: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans)

分子名称: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 55.836926 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GMEPRAVADA LETGEEDAVT EALRSFNREH SQSFTFDDAQ QEDRKRLAKL LVSVLEQGLS PKHRVTWLQT IRILSRDRSC LDSFASRQS LHALACYADI AISEEPIPQP PDMDVLLESL KCLCNLVLSS PTAQMLAAEA RLVVRLAERV GLYRKRSYPH E VQFFDLRL ...文字列:
GMEPRAVADA LETGEEDAVT EALRSFNREH SQSFTFDDAQ QEDRKRLAKL LVSVLEQGLS PKHRVTWLQT IRILSRDRSC LDSFASRQS LHALACYADI AISEEPIPQP PDMDVLLESL KCLCNLVLSS PTAQMLAAEA RLVVRLAERV GLYRKRSYPH E VQFFDLRL LFLLTALRTD VRQQLFQELH GVRLLTDALE LTLGVAPKEN PLVILPAQET ERAMEILKVL FNITFDSVKR EV DEEDAAL YRYLGTLLRH CVMADAAGDR TEEFHGHTVN LLGNLPLKCL DVLLALELHE GSLEFMGVNM DVINALLAFL EKR LHQTHR LKECVAPVLS VLTECARMHR PARKFLKAQV LPPLRDVRTR PEVGDLLRNK LVRLMTHLDT DVKRVAAEFL FVLC SESVP RFIKYTGYGN AAGLLAARGL MAGGRPEGQY (SEP)EDED(TPO)DTEE YREAKASINP VTGRVEEKPP NPMEGMT EE QKEHEAMKLV NMFDKLSR

UniProtKB: Chaperone Ric-8A

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 37.015219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: REVKLLLLGA GESGKSTIVK QMKIIHEAGY SEEECKQYKA VVYSNTIQSI IAIIRAMGRL KIDFGDAARA DDARQLFVLA GAAEEGFMT AELAGVIKRL WKDSGVQACF NRSREYQLND SAAYYLNDLD RIAQPNYIPT QQDVLRTRVK TTGIVETHFT F KDLHFKMF ...文字列:
REVKLLLLGA GESGKSTIVK QMKIIHEAGY SEEECKQYKA VVYSNTIQSI IAIIRAMGRL KIDFGDAARA DDARQLFVLA GAAEEGFMT AELAGVIKRL WKDSGVQACF NRSREYQLND SAAYYLNDLD RIAQPNYIPT QQDVLRTRVK TTGIVETHFT F KDLHFKMF DVGGQRSERK KWIHCFEGVT AIIFCVALSD YDLVLAEDEE MNRMHESMKL FDSICNNKWF TDTSIILFLN KK DLFEEKI KKSPLTICYP EYAGSNTYEE AAAYIQCQFE DLNKRKDTKE IYTHFTCATD TKNVQFVFDA VTDVIIKNNL KDC GLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

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分子 #3: NB8109

分子名称: NB8109 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.609938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGIIFR SNGMAWYRQA PGKEREWVAS ITSFGDAIYR DSVKGRFTIS RDNARNAVSL QTNSLKTED TAVYYCNTYP VNSAWGQGTQ VTVSSHHHHH HEPEA

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分子 #4: NB8117

分子名称: NB8117 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.8944 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LEQAGDSLRL SCAASGLIVS NYAMGWFRQA PGKEREFVAY INWNGGVTYY TNSVKGRFTI SRDNAKNTVY LQMNSLKPE DTAVYYCART SRASVTTRVA DFGYWGQGTQ VTVSSHHHHH HEPEA

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分子 #5: NB8119

分子名称: NB8119 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.247603 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCAASGGIVH ISSMGWFRQA PGKQRELVAT SPSNGDIRYA DSVKGRFTLS RDNAKNTVSL QMNSLEPED TAVYYCHSFL RHTASASYNN YYGQGTQVTV SSHHHHHHEP EA

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分子 #6: NB9156

分子名称: NB9156 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.993406 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCAASVRTSD TDGMAWFRQA PGKEREFVGG IRWNSATWYA DFVKGRFTIS RDNAKNTLYL QMNSLKPED TALYYCARRA YGFDTDSRES AYSNWGQGTQ VTVSSHHHHH HEPEA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 11.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY / 詳細: 6TYL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 338118
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6nmg


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6ukt:
Cryo-EM structure of mammalian Ric-8A:Galpha(i):nanobody complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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