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万見
- EMDB-20625: AAV3B genome containing -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20625
タイトルAAV3B genome containing
マップデータGenome containing AAV3B
試料Parvoviridae != Adeno-associated virus 3B

Parvoviridae

  • ウイルス: Adeno-associated virus 3B (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: AAV3B VP1
生物種Homo sapiens (ヒト) / Adeno-associated virus 3B (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Subramanian S / Hafenstein S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute1S10OD011986-01A1 米国
引用ジャーナル: Hum Gene Ther / 年: 2019
タイトル: Filling Adeno-Associated Virus Capsids: Estimating Success by Cryo-Electron Microscopy.
著者: Suriyasri Subramanian / Anna C Maurer / Carol M Bator / Alexander M Makhov / James F Conway / Kevin B Turner / James H Marden / Luk H Vandenberghe / Susan L Hafenstein /
要旨: Adeno-associated viruses (AAVs) have been employed successfully as gene therapy vectors in treating various genetic diseases for almost two decades. However, transgene packaging is usually imperfect, ...Adeno-associated viruses (AAVs) have been employed successfully as gene therapy vectors in treating various genetic diseases for almost two decades. However, transgene packaging is usually imperfect, and developing a rapid and accurate method for measuring the proportion of DNA encapsidation is an important step for improving the downstream process of large scale vector production. In this study, we used two-dimensional class averages and three-dimensional classes, intermediate outputs in the single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) image reconstruction pipeline, to determine the proportion of DNA-packaged and empty capsid populations. Two different preparations of AAV3 were analyzed to estimate the minimum number of particles required to be sampled by cryo-EM in order for robust calculation of the proportion of the full versus empty capsids in any given sample. Cost analysis applied to the minimum amount of data required for a valid ratio suggests that cryo-EM is an effective approach to analyze vector preparations.
履歴
登録2019年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月4日-
マップ公開2019年10月2日-
更新2020年1月1日-
現状2020年1月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20625.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20625.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 193.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Genome containing AAV3B
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 370 pix.
= 420.32 Å		1.14 Å/pix.
x 370 pix.
= 420.32 Å		1.14 Å/pix.
x 370 pix.
= 420.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.136 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.23371518 - 0.40958893
平均 (標準偏差)0.001722293 (±0.021821838)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ370370370
Spacing370370370
セルA=B=C: 420.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1361.1361.136
M x/y/z370370370
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z420.320420.320420.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ720720720
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS370370370
D min/max/mean-0.2340.4100.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Parvoviridae

全体名称: Parvoviridae (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus 3B (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: AAV3B VP1

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超分子 #1: Adeno-associated virus 3B

超分子名称: Adeno-associated virus 3B / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 68742 / 生物種: Adeno-associated virus 3B / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Mus spretus (アルジェリアハツカネズミ)
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 250.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: AAV3B VP1

分子名称: AAV3B VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAADGYLPDW LEDNLSEGIR EWWALKPGVP QPKANQQHQD NRRGLVLPGY KYLGPGNGLD KGEPVNEAD AAALEHDKAY DQQLKAGDNP YLKYNHADAE FQERLQEDTS FGGNLGRAVF Q AKKRILEP LGLVEEAAKT APGKKRPVDQ SPQEPDSSSG VGKSGKQPAR ...文字列:
MAADGYLPDW LEDNLSEGIR EWWALKPGVP QPKANQQHQD NRRGLVLPGY KYLGPGNGLD KGEPVNEAD AAALEHDKAY DQQLKAGDNP YLKYNHADAE FQERLQEDTS FGGNLGRAVF Q AKKRILEP LGLVEEAAKT APGKKRPVDQ SPQEPDSSSG VGKSGKQPAR KRLNFGQTGD SE SVPDPQP LGEPPAAPTS LGSNTMASGG GAPMADNNEG ADGVGNSSGN WHCDSQWLGD RVI TTSTRT WALPTYNNHL YKQISSQSGA SNDNHYFGYS TPWGYFDFNR FHCHFSPRDW QRLI NNNWG FRPKKLSFKL FNIQVKEVTQ NDGTTTIANN LTSTVQVFTD SEYQLPYVLG SAHQG CLPP FPADVFMVPQ YGYLTLNNGS QAVGRSSFYC LEYFPSQMLR TGNNFQFSYT FEDVPF HSS YAHSQSLDRL MNPLIDQYLY YLNRTQGTTS GTTNQSRLLF SQAGPQSMSL QARNWLP GP CYRQQRLSKT ANDNNNSNFP WTAASKYHLN GRDSLVNPGP AMASHKDDEE KFFPMHGN L IFGKEGTTAS NAELDNVMIT DEEEIRTTNP VATEQYGTVA NNLQSSNTAP TTRTVNDQG ALPGMVWQDR DVYLQGPIWA KIPHTDGHFH PSPLMGGFGL KHPPPQIMIK NTPVPANPPT TFSPAKFAS FITQYSTGQV SVEIEWELQK ENSKRWNPEI QYTSNYNKSV NVDFTVDTNG V YSEPRPIG TRYLTRNL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
137.0 mMNaClsodium chloride
1.7 mMKClpotassium chloride
10.0 mMNa2HPO4sodium phosphate dibasic
1.8 mMKH2PO4potassium phosphate monobasic

詳細: Phosphate buffered saline pH 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 2082 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 132631
詳細: Manual picking was used to handpick 1000 particles which were used as template to then autopick
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 31488
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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