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万見
- EMDB-20614: Structure of the Vesicular Stomatitis Virus L Protein in Complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20614
タイトルStructure of the Vesicular Stomatitis Virus L Protein in Complex with Its Phosphoprotein Cofactor (3.0 A resolution)
マップデータfiltered, sharpened
試料
  • 複合体: VSV L:P
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
  • リガンド: ZINC ION
キーワードVesicular stomatitis virus / RNA-dependent RNA polymerase / L protein / P protein / phosphoprotein / single particle analysis / transcription / replication / virus / viral / RdRp / PRNTase / nonsegmented negative-sense RNA viruses / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / RNA folding chaperone / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / phosphorylation / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / viral genome replication / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...NNS virus cap methyltransferase / RNA folding chaperone / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / phosphorylation / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / viral genome replication / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein, central domain / : / : / Vesiculovirus phosphoprotein / Virus-capping methyltransferase, C-terminal / Phosphoprotein, C-terminal domain, viral / RNA-directed RNA polymerase, rhabdovirus / : / Virus-capping methyltransferase, connector domain / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus ...Phosphoprotein, central domain / : / : / Vesiculovirus phosphoprotein / Virus-capping methyltransferase, C-terminal / Phosphoprotein, C-terminal domain, viral / RNA-directed RNA polymerase, rhabdovirus / : / Virus-capping methyltransferase, connector domain / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Vesicular stomatitis virus (ウイルス) / Vesicular stomatitis Indiana virus (strain San Juan) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Jenni S / Bloyet LM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R37 AI059371 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structure of the Vesicular Stomatitis Virus L Protein in Complex with Its Phosphoprotein Cofactor.
著者: Simon Jenni / Louis-Marie Bloyet / Ruben Diaz-Avalos / Bo Liang / Sean P J Whelan / Nikolaus Grigorieff / Stephen C Harrison /
要旨: The large (L) proteins of non-segmented, negative-strand RNA viruses are multifunctional enzymes that produce capped, methylated, and polyadenylated mRNA and replicate the viral genome. A ...The large (L) proteins of non-segmented, negative-strand RNA viruses are multifunctional enzymes that produce capped, methylated, and polyadenylated mRNA and replicate the viral genome. A phosphoprotein (P), required for efficient RNA-dependent RNA polymerization from the viral ribonucleoprotein (RNP) template, regulates the function and conformation of the L protein. We report the structure of vesicular stomatitis virus L in complex with its P cofactor determined by electron cryomicroscopy at 3.0 Å resolution, enabling us to visualize bound segments of P. The contacts of three P segments with multiple L domains show how P induces a closed, compact, initiation-competent conformation. Binding of P to L positions its N-terminal domain adjacent to a putative RNA exit channel for efficient encapsidation of newly synthesized genomes with the nucleoprotein and orients its C-terminal domain to interact with an RNP template. The model shows that a conserved tryptophan in the priming loop can support the initiating 5' nucleotide.
履歴
登録2019年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月18日-
マップ公開2020年1月22日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
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  • 表面レベル: 0.2
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  • 原子モデル: PDB-6u1x
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20614.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20614.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈filtered, sharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 400 pix.
= 388. Å		0.97 Å/pix.
x 400 pix.
= 388. Å		0.97 Å/pix.
x 400 pix.
= 388. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.45932153 - 0.81560034
平均 (標準偏差)-0.0043358 (±0.03316188)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 388.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.970.970.97
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z388.000388.000388.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.4590.816-0.004

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20614_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: filtered

ファイルemd_20614_additional_1.map
注釈filtered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: filtered, sharpened, calculated on fine grid

ファイルemd_20614_additional_2.map
注釈filtered, sharpened, calculated on fine grid
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: filtered, sharpened, calculated on fine grid, boxed

ファイルemd_20614_additional_3.map
注釈filtered, sharpened, calculated on fine grid, boxed
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ハーフマップ: half map1, unmodified

ファイルemd_20614_half_map_1.map
注釈half map1, unmodified
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: half map2, unmodified

ファイルemd_20614_half_map_2.map
注釈half map2, unmodified
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : VSV L:P

全体名称: VSV L:P
要素
  • 複合体: VSV L:P
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: VSV L:P

超分子名称: VSV L:P / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: L protein (full-length) in complex with P protein (35-106)
由来(天然)生物種: Vesicular stomatitis virus (ウイルス)
分子量理論値: 240 KDa

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Vesicular stomatitis Indiana virus (strain San Juan) (ウイルス)
株: San Juan
分子量理論値: 241.313859 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEVHDFETDE FNDFNEDDYA TREFLNPDER MTYLNHADYN LNSPLISDDI DNLIRKFNSL PIPSMWDSKN WDGVLEMLTS CQANPISTS QMHKWMGSWL MSDNHDASQG YSFLHEVDKE AEITFDVVET FIRGWGNKPI EYIKKERWTD SFKILAYLCQ K FLDLHKLT ...文字列:
MEVHDFETDE FNDFNEDDYA TREFLNPDER MTYLNHADYN LNSPLISDDI DNLIRKFNSL PIPSMWDSKN WDGVLEMLTS CQANPISTS QMHKWMGSWL MSDNHDASQG YSFLHEVDKE AEITFDVVET FIRGWGNKPI EYIKKERWTD SFKILAYLCQ K FLDLHKLT LILNAVSEVE LLNLARTFKG KVRRSSHGTN ICRIRVPSLG PTFISEGWAY FKKLDILMDR NFLLMVKDVI IG RMQTVLS MVCRIDNLFS EQDIFSLLNI YRIGDKIVER QGNFSYDLIK MVEPICNLKL MKLARESRPL VPQFPHFENH IKT SVDEGA KIDRGIRFLH DQIMSVKTVD LTLVIYGSFR HWGHPFIDYY TGLEKLHSQV TMKKDIDVSY AKALASDLAR IVLF QQFND HKKWFVNGDL LPHDHPFKSH VKENTWPTAA QVQDFGDKWH ELPLIKCFEI PDLLDPSIIY SDKSHSMNRS EVLKH VRMN PNTPIPSKKV LQTMLDTKAT NWKEFLKEID EKGLDDDDLI IGLKGKEREL KLAGRFFSLM SWKLREYFVI TEYLIK THF VPMFKGLTMA DDLTAVIKKM LDSSSGQGLK SYEAICIANH IDYEKWNNHQ RKLSNGPVFR VMGQFLGYPS LIERTHE FF EKSLIYYNGR PDLMRVHNNT LINSTSQRVC WQGQEGGLEG LRQKGWTILN LLVIQREAKI RNTAVKVLAQ GDNQVICT Q YKTKKSRNVV ELQGALNQMV SNNEKIMTAI KIGTGKLGLL INDDETMQSA DYLNYGKIPI FRGVIRGLET KRWSRVTCV TNDQIPTCAN IMSSVSTNAL TVAHFAENPI NAMIQYNYFG TFARLLLMMH DPALRQSLYE VQDKIPGLHS STFKYAMLYL DPSIGGVSG MSLSRFLIRA FPDPVTESLS FWRFIHVHAR SEHLKEMSAV FGNPEIAKFR ITHIDKLVED PTSLNIAMGM S PANLLKTE VKKCLIESRQ TIRNQVIKDA TIYLYHEEDR LRSFLWSINP LFPRFLSEFK SGTFLGVADG LISLFQNSRT IR NSFKKKY HRELDDLIVR SEVSSLTHLG KLHLRRGSCK MWTCSATHAD TLRYKSWGRT VIGTTVPHPL EMLGPQHRKE TPC APCNTS GFNYVSVHCP DGIHDVFSSR GPLPAYLGSK TSESTSILQP WERESKVPLI KRATRLRDAI SWFVEPDSKL AMTI LSNIH SLTGEEWTKR QHGFKRTGSA LHRFSTSRMS HGGFASQSTA ALTRLMATTD TMRDLGDQNF DFLFQATLLY AQITT TVAR DGWITSCTDH YHIACKSCLR PIEEITLDSS MDYTPPDVSH VLKTWRNGEG SWGQEIKQIY PLEGNWKNLA PAEQSY QVG RCIGFLYGDL AYRKSTHAED SSLFPLSIQG RIRGRGFLKG LLDGLMRASC CQVIHRRSLA HLKRPANAVY GGLIYLI DK LSVSPPFLSL TRSGPIRDEL ETIPHKIPTS YPTSNRDMGV IVRNYFKYQC RLIEKGKYRS HYSQLWLFSD VLSIDFIG P FSISTTLLQI LYKPFLSGKD KNELRELANL SSLLRSGEGW EDIHVKFFTK DILLCPEEIR HACKFGIAKD NNKDMSYPP WGRESRGTIT TIPVYYTTTP YPKMLEMPPR IQNPLLSGIR LGQLPTGAHY KIRSILHGMG IHYRDFLSCG DGSGGMTAAL LRENVHSRG IFNSLLELSG SVMRGASPEP PSALETLGGD KSRCVNGETC WEYPSDLCDP RTWDYFLRLK AGLGLQIDLI V MDMEVRDS STSLKIETNV RNYVHRILDE QGVLIYKTYG TYICESEKNA VTILGPMFKT VDLVQTEFSS SQTSEVYMVC KG LKKLIDE PNPDWSSINE SWKNLYAFQS SEQEFARAKK VSTYFTLTGI PSQFIPDPFV NIETMLQIFG VPTGVSHAAA LKS SDRPAD LLTISLFYMA IISYYNINHI RVGPIPPNPP SDGIAQNVGI AITGISFWLS LMEKDIPLYQ QCLAVIQQSF PIRW EAVSV KGGYKQKWST RGDGLPKDTR ISDSLAPIGN WIRSLELVRN QVRLNPFNEI LFNQLCRTVD NHLKWSNLRR NTGMI EWIN RRISKEDRSI LMLKSDLHEE NSWRD

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Phosphoprotein

分子名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vesicular stomatitis Indiana virus (strain San Juan) (ウイルス)
株: San Juan
分子量理論値: 29.941982 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDNLTKVREY LKSYSRLDQA VGEIDEIEAQ RAEKSNYELF QEDGVEEHTK PSYFQAADDS DTESEPEIED NQGLYAQDPE AEQVEGFIQ GPLDDYADEE VDVVFTSDWK PPELESDEHG KTLRLTSPEG LSGEQKSQWL STIKAVVQSA KYWNLAECTF E ASGEGVIM ...文字列:
MDNLTKVREY LKSYSRLDQA VGEIDEIEAQ RAEKSNYELF QEDGVEEHTK PSYFQAADDS DTESEPEIED NQGLYAQDPE AEQVEGFIQ GPLDDYADEE VDVVFTSDWK PPELESDEHG KTLRLTSPEG LSGEQKSQWL STIKAVVQSA KYWNLAECTF E ASGEGVIM KERQITPDVY KVTPVMNTHP SQSEAVSDVW SLSKTSMTFQ PKKASLQPLT ISLDELFSSR GEFISVGGDG RM SHKEAIL LGLRYKKLYN QARVKYSL

UniProtKB: Phosphoprotein

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 3307 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Movies were gain-corrected and aligned using cisTEM.
粒子像選択選択した数: 246825 / 詳細: Resolution limit for picking: 2 nm
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6337

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. X) / ソフトウェア - 詳細: Part of cisTEM
詳細: Refinement and classification were limited to a resolution of 0.4 nm to produce unbiased resolution estimate at final estimate resolution.
使用した粒子像数: 83979
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. X) / ソフトウェア - 詳細: Part of cisTEM / 詳細: A global search was performed at 0.8 nm resolution.
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. X) / ソフトウェア - 詳細: Part of cisTEM
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 42304 / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. X) / ソフトウェア - 詳細: Part of cisTEM
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5a22


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 35-2109 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 70.6 / 当てはまり具合の基準: CC + restraints
得られたモデル

PDB-6u1x:
Structure of the Vesicular Stomatitis Virus L Protein in Complex with Its Phosphoprotein Cofactor (3.0 A resolution)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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