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- EMDB-20607: Structure of the S. cerevisiae replicative helicase CMG in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20607
タイトルStructure of the S. cerevisiae replicative helicase CMG in complex with a forked DNA
マップデータeukaryotic replicative CMG helicase
試料
  • 複合体: CMG-forkDNA
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 1種
キーワードDNA replication / CMG-Mcm10 / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Unwinding of DNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / MCM complex binding / GINS complex / nuclear DNA replication / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / premeiotic DNA replication ...Unwinding of DNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / MCM complex binding / GINS complex / nuclear DNA replication / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / replication fork protection complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / single-stranded DNA helicase activity / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / silent mating-type cassette heterochromatin formation / DNA unwinding involved in DNA replication / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / DNA helicase activity / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / heterochromatin formation / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA helicase / chromosome, telomeric region / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / MCM3 winged helix domain / GINS/PriA/YqbF domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45-like protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal ...: / MCM3 winged helix domain / GINS/PriA/YqbF domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45-like protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / MCM4, winged helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM OB domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM6 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Cell division control protein 45 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Yuan Z / Georgescu R
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM111472 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)OD12272 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM45436 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: DNA unwinding mechanism of a eukaryotic replicative CMG helicase.
著者: Zuanning Yuan / Roxana Georgescu / Lin Bai / Dan Zhang / Huilin Li / Michael E O'Donnell /
要旨: High-resolution structures have not been reported for replicative helicases at a replication fork at atomic resolution, a prerequisite to understanding the unwinding mechanism. The eukaryotic ...High-resolution structures have not been reported for replicative helicases at a replication fork at atomic resolution, a prerequisite to understanding the unwinding mechanism. The eukaryotic replicative CMG (Cdc45, Mcm2-7, GINS) helicase contains a Mcm2-7 motor ring, with the N-tier ring in front and the C-tier motor ring behind. The N-tier ring is structurally divided into a zinc finger (ZF) sub-ring followed by the oligosaccharide/oligonucleotide-binding (OB) fold ring. Here we report the cryo-EM structure of CMG on forked DNA at 3.9 Å, revealing that parental DNA enters the ZF sub-ring and strand separation occurs at the bottom of the ZF sub-ring, where the lagging strand is blocked and diverted sideways by OB hairpin-loops of Mcm3, Mcm4, Mcm6, and Mcm7. Thus, instead of employing a specific steric exclusion process, or even a separation pin, unwinding is achieved via a "dam-and-diversion tunnel" mechanism that does not require specific protein-DNA interaction. The C-tier motor ring contains spirally configured PS1 and H2I loops of Mcms 2, 3, 5, 6 that translocate on the spirally-configured leading strand, and thereby pull the preceding DNA segment through the diversion tunnel for strand separation.
履歴
登録2019年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月2日-
マップ公開2020年3月25日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6u0m
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20607.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20607.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈eukaryotic replicative CMG helicase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.944 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.944 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.944 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.074 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.052924566 - 0.14437133
平均 (標準偏差)0.0017881448 (±0.0078117005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0741.0741.074
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z274.944274.944274.944
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0530.1440.002

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : CMG-forkDNA

全体名称: CMG-forkDNA
要素
  • 複合体: CMG-forkDNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF1
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein SLD5
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 45
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
    • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 5
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
    • DNA: DNA (26-MER)
    • DNA: DNA (15-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
超分子 #1: CMG-forkDNA

超分子名称: CMG-forkDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: DNA replication complex GINS protein PSF1

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.230576 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MYGDLGNKLV LEAKRTKQLY ARSNQDVNLP MYHEDIIRNI LKEVSNLRKN TEYLKEQQQL GMLDDKVAKC QYFVTLLCME RNKRCLLAY QRLRTDILDS MAWNNNGLDL MSSITFSQQD TNNLSHQEQE YLKEYCDLIT DLKSGDLVDI DLSGSLVPPS D VFIDVRVL ...文字列:
MYGDLGNKLV LEAKRTKQLY ARSNQDVNLP MYHEDIIRNI LKEVSNLRKN TEYLKEQQQL GMLDDKVAKC QYFVTLLCME RNKRCLLAY QRLRTDILDS MAWNNNGLDL MSSITFSQQD TNNLSHQEQE YLKEYCDLIT DLKSGDLVDI DLSGSLVPPS D VFIDVRVL KDAGEIQTEY GVFNLIKDSQ FFVRQSDVER LIQQGYLQKI

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF1

+
分子 #2: DNA replication complex GINS protein PSF2

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 23.428115 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: LPAHLQQTFS PEEIQFIVEN EPIKIFPRIT TRQKIRGDDR GTGNHTRWQL ITTDDKALNN MVAMRSTEVV LWIALLLKQQ SKCSIVAPQ WLTTKELDRK IQYEKTHPDR FSELPWNWLV LARILFNKAK DDFHDPIHEL RGKIQDLREI RQIKVLKGLK Y LNESHLQL ...文字列:
LPAHLQQTFS PEEIQFIVEN EPIKIFPRIT TRQKIRGDDR GTGNHTRWQL ITTDDKALNN MVAMRSTEVV LWIALLLKQQ SKCSIVAPQ WLTTKELDRK IQYEKTHPDR FSELPWNWLV LARILFNKAK DDFHDPIHEL RGKIQDLREI RQIKVLKGLK Y LNESHLQL DNLSLLEINE LRPFITEIMD KLREIHTASL

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF2

+
分子 #3: DNA replication complex GINS protein PSF3

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 21.659705 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: YYDIDDVLAD GTEFPCKFQY DIPGLGYLEN NPGRPITKNT KLSLPLWLAR ILAIVGGDEA LVDEEPVPFV ELLPPDMFST KVMNAIKTD PVALDLHSIN SHFFSLAIKW IMLFSEKELA NVVSELLLQR AQELNHHASS LSIDLNADST GKNSANTNIA T STFLLKLE ...文字列:
YYDIDDVLAD GTEFPCKFQY DIPGLGYLEN NPGRPITKNT KLSLPLWLAR ILAIVGGDEA LVDEEPVPFV ELLPPDMFST KVMNAIKTD PVALDLHSIN SHFFSLAIKW IMLFSEKELA NVVSELLLQR AQELNHHASS LSIDLNADST GKNSANTNIA T STFLLKLE EMEKEIYKKS HESYKDTKRW MFK

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF3

+
分子 #4: DNA replication complex GINS protein SLD5

分子名称: DNA replication complex GINS protein SLD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 33.62418 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: INIDDILAEL DKETTAVDST KITQGSSSTT HRDANTIVGS SLDLNDKTQI YVSPQQDFSD LMKSWKNERC SPELLPYPHQ LMKRLLNRI SMQSQLIENI SMGFLDMQNA SNANPPMPNE SKLPLLCMET ELERLKFVIR SYIRCRLSKI DKFSLYLRQL N EDENSLIS ...文字列:
INIDDILAEL DKETTAVDST KITQGSSSTT HRDANTIVGS SLDLNDKTQI YVSPQQDFSD LMKSWKNERC SPELLPYPHQ LMKRLLNRI SMQSQLIENI SMGFLDMQNA SNANPPMPNE SKLPLLCMET ELERLKFVIR SYIRCRLSKI DKFSLYLRQL N EDENSLIS LTDLLSKDEI KYHDTHSLIW LKLVNDSILK YMPEELQAIN DTEGSVNMID EPDWNKFVFI HVNGPPDGKW NE DPLLQEN EFGKPCYTVT IPDLKEEVEL TIGSIYVMRY EVIRDLLRDD KVAL

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein SLD5

+
分子 #5: Cell division control protein 45

分子名称: Cell division control protein 45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 73.81025 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: ISQFSEAYNK ILRNSSSHSS CQLVIFVSCL NIDALCATKM LSLLFKKQLV QSQIVPIFGY SELRRHYSQL DDNINSLLLV GFGGVIDLE AFLEIDPQEY VIDTDEKSGE QSFRRDIYVL DAHRPWNLDN IFGSQIIQCF DDGTVDDTLG EQKEAYYKLL E LDEESGDD ...文字列:
ISQFSEAYNK ILRNSSSHSS CQLVIFVSCL NIDALCATKM LSLLFKKQLV QSQIVPIFGY SELRRHYSQL DDNINSLLLV GFGGVIDLE AFLEIDPQEY VIDTDEKSGE QSFRRDIYVL DAHRPWNLDN IFGSQIIQCF DDGTVDDTLG EQKEAYYKLL E LDEESGDD ELSGDENDNN GGDDEATDAD EVTDEDEEDE DETISNKRGN SSIGPNDLSK RKQRKKQIHE YEGVLEEYYS QG TTVVNSI SAQIYSLLSA IGETNLSNLW LNILGTTSLD IAYAQVYNRL YPLLQDEVKR LTPSSRNSVK TPDTLTLNIQ PDY YLFLLR HSSLYDSFYY SNYVNAKLSL WNENGKKRLH KMFARMGIPL STAQETWLYM DHSIKRELGI IFDKNLDRYG LQDI IRDGF VRTLGYRGSI SASEFVEALT ALLEVGNSTD KDSVKINNDN NDDTDGEEEE DNSAQKLTNL RKRWVSNFWL SWDAL DDRK VELLNRGIQL AQDLQRAIFN TGVAILEKKL IKHLRIYRLC VLQDGPDLDL YRNPLTLLRL GNWLIECCAE SEDKQL LPM VLASIDENTD TYLVAGLTPR YPRGLDTIHT KKPILNNFSM AFQQITAETD AKVRIDNFES SIIEIRREDL SPFLEKL TL SGLL

UniProtKB: Cell division control protein 45

+
分子 #6: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 74.98707 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: PNVSRTIARE LKSFLLEYTD ETGRSVYGAR IRTLGEMNSE SLEVNYRHLA ESKAILALFL AKCPEEMLKI FDLVAMEATE LHYPDYARI HSEIHVRISD FPTIYSLREL RESNLSSLVR VTGVVTRRTG VFPQLKYVKF NCLKCGSILG PFFQDSNEEI R ISFCTNCK ...文字列:
PNVSRTIARE LKSFLLEYTD ETGRSVYGAR IRTLGEMNSE SLEVNYRHLA ESKAILALFL AKCPEEMLKI FDLVAMEATE LHYPDYARI HSEIHVRISD FPTIYSLREL RESNLSSLVR VTGVVTRRTG VFPQLKYVKF NCLKCGSILG PFFQDSNEEI R ISFCTNCK SKGPFRVNGE KTVYRNYQRV TLQEAPGTVP PGRLPRHREV ILLADLVDVS KPGEEVEVTG IYKNNYDGNL NA KNGFPVF ATIIEANSIK RREGNTANEG EEGLDVFSWT EEEEREFRKI SRDRGIIDKI ISSMAPSIYG HRDIKTAVAC SLF GGVPKN VNGKHSIRGD INVLLLGDPG TAKSQILKYV EKTAHRAVFA TGQGASAVGL TASVRKDPIT KEWTLEGGAL VLAD KGVCL IDEFDKMNDQ DRTSIHEAME QQSISISKAG IVTTLQARCS IIAAANPNGG RYNSTLPLAQ NVSLTEPILS RFDIL CVVR DLVDEEADER LATFVVDSHV RSHPENDEDR EGEELKNNGE SAIEQGEDEI NEQLNARQRR LQRQRKKEEE ISPIPQ ELL MKYIHYARTK IYPKLHQMDM DKVSRVYADL RRESISTGSF PITVRHLESI LRIAESFAKM RLSEFVSSYD LDRAIKV VV DSFVDAQKVS VRRQLRRSFA IY

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM2

+
分子 #7: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 79.986094 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: PDAVFGDRVR RFQEFLDTFT SYRDSVRSIQ VYNSNNAANY NDDQDDADER DLLGDDDGDD LEKEKKAASS TSLNILPHRI IISLDDLRE FDRSFWSGIL VEPAYFIPPA EKALTDLADS MDDVPHPNAS AVSSRHPWKL SFKGSFGAHA LSPRTLTAQH L NKLVSVEG ...文字列:
PDAVFGDRVR RFQEFLDTFT SYRDSVRSIQ VYNSNNAANY NDDQDDADER DLLGDDDGDD LEKEKKAASS TSLNILPHRI IISLDDLRE FDRSFWSGIL VEPAYFIPPA EKALTDLADS MDDVPHPNAS AVSSRHPWKL SFKGSFGAHA LSPRTLTAQH L NKLVSVEG IVTKTSLVRP KLIRSVHYAA KTGRFHYRDY TDATTTLTTR IPTPAIYPTE DTEGNKLTTE YGYSTFIDHQ RI TVQEMPE MAPAGQLPRS IDVILDDDLV DKTKPGDRVN VVGVFKSLGA GGMNQSNSNT LIGFKTLILG NTVYPLHARS TGV AARQML TDFDIRNINK LSKKKDIFDI LSQSLAPSIY GHDHIKKAIL LMLMGGVEKN LENGSHLRGD INILMVGDPS TAKS QLLRF VLNTASLAIA TTGRGSSGVG LTAAVTTDRE TGERRLEAGA MVLADRGVVC IDEFDKMTDV DRVAIHEVME QQTVT IAKA GIHTTLNARC SVIAAANPVF GQYDVNRDPH QNIALPDSLL SRFDLLFVVT DDINEIRDRS ISEHVLRTHR YLPPGY LEG EPVRERLNLS LAVGEDADIN PEEHSNSGAG VENEGEDDED HVFEKFNPLL QAGAKLAKNK GNYNGTEIPK LVTIPFL RK YVQYAKERVI PQLTQEAINV IVKNYTDLRN DDNTKKSPIT ARTLETLIRL ATAHAKVRLS KTVNKVDAKV AANLLRFA L L

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM3

+
分子 #8: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 85.821812 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: LRIIWGTNVS IQECTTNFRN FLMSFKYKFR KILDEREEFI NNTTDEELYY IKQLNEMREL GTSNLNLDAR NLLAYKQTED LYHQLLNYP QEVISIMDQT IKDCMVSLIV DNNLDYDLDE IETKFYKVRP YNVGSCKGMR ELNPNDIDKL INLKGLVLRS T PVIPDMKV ...文字列:
LRIIWGTNVS IQECTTNFRN FLMSFKYKFR KILDEREEFI NNTTDEELYY IKQLNEMREL GTSNLNLDAR NLLAYKQTED LYHQLLNYP QEVISIMDQT IKDCMVSLIV DNNLDYDLDE IETKFYKVRP YNVGSCKGMR ELNPNDIDKL INLKGLVLRS T PVIPDMKV AFFKCNVCDH TMAVEIDRGV IQEPARCERI DCNEPNSMSL IHNRCSFADK QVIKLQETPD FVPDGQTPHS IS LCVYDEL VDSCRAGDRI EVTGTFRSIP IRANSRQRVL KSLYKTYVDV VHVKKVSDKR LDVDTSTIEQ ELMQNKVDHN EVE EVRQIT DQDLAKIREV AAREDLYSLL ARSIAPSIYE LEDVKKGILL QLFGGTNKTF TKGGRYRGDI NILLCGDPST SKSQ ILQYV HKITPRGVYT SGKGSSAVGL TAYITRDVDT KQLVLESGAL VLSDGGVCCI DEFDKMSDST RSVLHEVMEQ QTISI AKAG IITTLNARSS ILASANPIGS RYNPNLPVTE NIDLPPPLLS RFDLVYLVLD KVDEKNDREL AKHLTNLYLE DKPEHI SQD DVLPVEFLTM YISYAKEHIH PIITEAAKTE LVRAYVGMRK MGDDSRSDEK RITATTRQLE SMIRLAEAHA KMKLKNV VE LEDVQEAVRL IRSAIKDYAT DPKTGKIDMN LVQTGKSVIQ RKLQEDLSRE IMNVLKDQAS DSMSFNELIK QINEHSQD R VESSDIQEAL SRLQQEDKVI VLGEGVRRSV RL

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM4

+
分子 #9: Minichromosome maintenance protein 5

分子名称: Minichromosome maintenance protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 74.401297 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: NTEIIKSFKN FILEFRLDSQ FIYRDQLRNN ILVKNYSLTV NMEHLIGYNE DIYKKLSDEP SDIIPLFETA ITQVAKRISI LSRAQSANN NDKDPENTSM DTDSLLLNSL PTFQLILNSN ANQIPLRDLD SEHVSKIVRL SGIIISTSVL SSRATYLSIM C RNCRHTTS ...文字列:
NTEIIKSFKN FILEFRLDSQ FIYRDQLRNN ILVKNYSLTV NMEHLIGYNE DIYKKLSDEP SDIIPLFETA ITQVAKRISI LSRAQSANN NDKDPENTSM DTDSLLLNSL PTFQLILNSN ANQIPLRDLD SEHVSKIVRL SGIIISTSVL SSRATYLSIM C RNCRHTTS ITINNFNSIT GNTVSLPRSC LSTIESESSM ANESNIGDES TKKNCGPDPY IIIHESSKFI DQQFLKLQEI PE LVPVGEM PRNLTMTCDR YLTNKVIPGT RVTIVGIYSI YNSKNGAGSG RSGGGNGGSG VAIRTPYIKI LGIQSDVETS SIW NSVTMF TEEEEEEFLQ LSRNPKLYEI LTNSIAPSIF GNEDIKKAIV CLLMGGSKKI LPDGMRLRGD INVLLLGDPG TAKS QLLKF VEKVSPIAVY TSGKGSSAAG LTASVQRDPM TREFYLEGGA MVLADGGVVC IDEFDKMRDE DRVAIHEAME QQTIS IAKA GITTVLNSRT SVLAAANPIY GRYDDLKSPG DNIDFQTTIL SRFDMIFIVK DDHNEERDIS IANHVINIHT GNANAM QNQ QEENGSEISI EKMKRYITYC RLKCAPRLSP QAAEKLSSNF VTIRKQLLIN ELESTERSSI PITIRQLEAI IRITESL AK LELSPIAQER HVDEAIRLFQ ASTMDAAS

UniProtKB: Minichromosome maintenance protein 5

+
分子 #10: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 73.927719 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: VDDVTGEKVR EAFEQFLEDF SVQSTDTGEV EKVYRAQIEF MKIYDLNTIY IDYQHLSMRE NGALAMAISE QYYRFLPFLQ KGLRRVVRK YAP(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)ER VFQISFFNLP ...文字列:
VDDVTGEKVR EAFEQFLEDF SVQSTDTGEV EKVYRAQIEF MKIYDLNTIY IDYQHLSMRE NGALAMAISE QYYRFLPFLQ KGLRRVVRK YAP(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)ER VFQISFFNLP TVHRIRDIRS EKIGSLLSIS GTVTRTSEVR PELYKASFTC DMCRAIVDNV EQSFKYTEPT FCP NPSCEN RAFWTLNVTR SRFLDWQKVR IQENANEIPT GSMPRTLDVI LRGDSVERAK PGDRCKFTGV EIVVPDVTQL GLPG VKPSS TLDTRGISKT TEGLNSGVTG LRSLGVRDLT YKISFLACHV ISIG(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)SDEINELK EMVKDEHIYD KLVRSIAPAV FGHEAVKKGI LLQMLGGVHK STVEGIKLRG DI NICVVGD PSTSKSQFLK YVVGFAPRSV YTSGKASSAA GLTAAVVRDE EGGDYTIEAG ALMLADNGIC CIDEFDKMDI SDQ VAIHEA MEQQTISIAK AGIHATLNAR TSILAAANPV GGRYNRKLSL RGNLNMTAPI MSRFDLFFVI LDDCNEKIDT ELAS HIVDL HMKRDEAIEP PFSAEQLRRY IKYARTFKPI LTKEARSYLV EKYKELRKDD AQGFSRSSYR ITVRQLESMI RLSEA IARA NCVDEITPSF IAEAYDLLRQ SIIRVDV

+
分子 #11: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 82.034445 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD ...文字列:
MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD TTMDPPSSMN DALREVVEDE TELFPPNLTR RYFLYFKPLS QNCARRYRKK AISSKPLSVR QIKGDFLGQL IT VRGIITR VSDVKPAVEV IAYTCDQCGY EVFQEVNSRT FTPLSECTSE ECSQNQTKGQ LFMSTRASKF SAFQECKIQE LSQ QVPVGH IPRSLNIHVN GTLVRSLSPG DIVDVTGIFL PAPYTGFKAL KAGLLTETYL EAQFVRQHKK KFASFSLTSD VEER VMELI TSGDVYNRLA KSIAPEIYGN LDVKKALLLL LVGGVDKRVG DGMKIRGDIN VCLMGDPGVA KSQLLKAICK ISPRG VYTT GKGSSGVGLT AAVMKDPVTD EMILEGGALV LADNGICCID EFDKMDESDR TAIHEVMEQQ TISISKAGIN TTLNAR TSI LAAANPLYGR YNPRLSPLDN INLPAALLSR FDILFLMLDI PSRDDDEKLA EHVTYVHMHN KQPDLDFTPV EPSKMRE YI AYAKTKRPVM SEAVNDYVVQ AYIRLRQDSK REMDSKFSFG QATPRTLLGI IRLSQALAKL RLADMVDIDD VEEALRLV R VSKESLYQ

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM7

+
分子 #12: DNA (26-MER)

分子名称: DNA (26-MER) / タイプ: dna / ID: 12 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 7.075591 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)

+
分子 #13: DNA (15-MER)

分子名称: DNA (15-MER) / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 4.593011 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #14: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 3 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 162550
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6u0m:
Structure of the S. cerevisiae replicative helicase CMG in complex with a forked DNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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