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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2059 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of HBV T=4 pgRNA-filled Cp183 capsid | |||||||||
![]() | Cryo-EM structure of HBV T=4 pgRNA-filled Cp183 capsid (Cp183RNA-SSS) | |||||||||
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![]() | HBV / Cp183 / pgRNA | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
![]() | Wang JC-Y / Dhasan RS / Zlotnick A | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural organization of pregenomic RNA and the carboxy-terminal domain of the capsid protein of hepatitis B virus. 著者: Joseph C-Y Wang / Mary S Dhason / Adam Zlotnick / ![]() 要旨: The Hepatitis B Virus (HBV) double-stranded DNA genome is reverse transcribed from its RNA pregenome (pgRNA) within the virus core (or capsid). Phosphorylation of the arginine-rich carboxy-terminal ...The Hepatitis B Virus (HBV) double-stranded DNA genome is reverse transcribed from its RNA pregenome (pgRNA) within the virus core (or capsid). Phosphorylation of the arginine-rich carboxy-terminal domain (CTD) of the HBV capsid protein (Cp183) is essential for pgRNA encapsidation and reverse transcription. However, the structure of the CTD remains poorly defined. Here we report sub-nanometer resolution cryo-EM structures of in vitro assembled empty and pgRNA-filled Cp183 capsids in unphosphorylated and phosphorylation-mimic states. In empty capsids, we found unexpected evidence of surface accessible CTD density partially occluding pores in the capsid surface. We also observed that CTD organization changed substantively as a function of phosphorylation. In RNA-filled capsids, unphosphorylated CTDs favored thick ropes of RNA, while the phosphorylation-mimic favored a mesh of thin, high-density strands suggestive of single stranded RNA. These results demonstrate that the CTD can regulate nucleic acid structure, supporting the hypothesis that the HBV capsid has a functional role as a nucleic acid chaperone. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 41.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 266.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 225.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 224.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Cryo-EM structure of HBV T=4 pgRNA-filled Cp183 capsid (Cp183RNA-SSS) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4836 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : HBV T=4 pgRNA-filled Cp183 capsid
全体 | 名称: HBV T=4 pgRNA-filled Cp183 capsid |
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要素 |
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-超分子 #1000: HBV T=4 pgRNA-filled Cp183 capsid
超分子 | 名称: HBV T=4 pgRNA-filled Cp183 capsid / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Hepatitis B virus
超分子 | 名称: Hepatitis B virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HBV Cp183 詳細: Reassembled the purified Cp183 dimers with in vitro transcribed HBV pgRNA at a molar ratio of protein dimer to RNA polymer = 120:1 NCBI-ID: 10407 / 生物種: Hepatitis B virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: HBV Cp183 |
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宿主 | 生物種: ![]() |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Cp183 / T番号(三角分割数): 4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM DTT |
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グリッド | 詳細: Quantifoil R 2/2 holey carbon 200 mesh copper grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 4 seconds before plunging |
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電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | JEOL 3200FS |
温度 | 平均: 97 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Omega filter |
日付 | 2010年4月27日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 193 / 平均電子線量: 14 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.27 µm / 倍率(公称値): 40000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
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電子顕微鏡法 #2
Microscopy ID | 2 |
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顕微鏡 | JEOL 3200FS |
温度 | 平均: 97 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Omega filter |
日付 | 2010年5月4日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 193 / 平均電子線量: 14 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.27 µm / 倍率(公称値): 40000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle phase-flipping |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3dem / 使用した粒子像数: 7201 |