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- EMDB-20581: In situ structure of BmCPV RNA dependent RNA polymerase at quiesc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20581
タイトルIn situ structure of BmCPV RNA dependent RNA polymerase at quiescent state
マップデータSub-particle reconstruction of BmCPV in the quiescent state
試料
  • ウイルス: Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA Polymerase
    • タンパク質・ペプチド: Viral structural protein 4
  • リガンド: P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE
キーワードRdRp / VIRAL PROTEIN / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / CPV, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / CPV, RNA-directed RNA polymerase, central polymerase domain / CPV, RNA-directed RNA polymerase, C-terminal / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA dependent RNA Polymerase / Viral structural protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Cui YX / Zhang YN
資金援助 中国, 米国, 8件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31672489 中国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1S10RR23057 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Conservative transcription in three steps visualized in a double-stranded RNA virus.
著者: Yanxiang Cui / Yinong Zhang / Kang Zhou / Jingchen Sun / Z Hong Zhou /
要旨: Endogenous RNA transcription characterizes double-stranded RNA (dsRNA) viruses in the Reoviridae, a family that is exemplified by its simple, single-shelled member cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV) ...Endogenous RNA transcription characterizes double-stranded RNA (dsRNA) viruses in the Reoviridae, a family that is exemplified by its simple, single-shelled member cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV). Because of the lack of in situ structures of the intermediate stages of RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) during transcription, it is poorly understood how RdRp detects environmental cues and internal transcriptional states to initiate and coordinate repeated cycles of transcript production inside the capsid. Here, we captured five high-resolution (2.8-3.5 Å) RdRp-RNA in situ structures-representing quiescent, initiation, early elongation, elongation and abortive states-under seven experimental conditions of CPV. We observed the 'Y'-form initial RNA fork in the initiation state and the complete transcription bubble in the elongation state. These structures reveal that de novo RNA transcription involves three major conformational changes during state transitions. Our results support an ouroboros model for endogenous conservative transcription in dsRNA viruses.
履歴
登録2019年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月18日-
マップ公開2019年11月20日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ty8
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ty8
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20581.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20581.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-particle reconstruction of BmCPV in the quiescent state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.872 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.872 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.872 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.062 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.057999387 - 0.10192888
平均 (標準偏差)0.0019910082 (±0.008718651)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.872 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0621.0621.062
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z271.872271.872271.872
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ929262
NX/NY/NZ290290360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0580.1020.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus

全体名称: Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA Polymerase
    • タンパク質・ペプチド: Viral structural protein 4
  • リガンド: P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus

超分子名称: Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 110829 / 生物種: Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Bombyx mori (カイコ)

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分子 #1: RNA-dependent RNA Polymerase

分子名称: RNA-dependent RNA Polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
分子量理論値: 139.007125 KDa
配列文字列: MLPNTELYNT IFSETRKFTR ESFKEIEHLT AKLANDRVAR HDFLFNNSIA LISDYSGEDS NGNQLQATVT IPNEITNPKE YDPSDYPLA EDESFFKQGH KYDYLVTFRA GSLTNTYEPK TKMYKLHAAL DKLMHVKQRK SRFADLWREL CAVIASLDVW Y QTTNYPLR ...文字列:
MLPNTELYNT IFSETRKFTR ESFKEIEHLT AKLANDRVAR HDFLFNNSIA LISDYSGEDS NGNQLQATVT IPNEITNPKE YDPSDYPLA EDESFFKQGH KYDYLVTFRA GSLTNTYEPK TKMYKLHAAL DKLMHVKQRK SRFADLWREL CAVIASLDVW Y QTTNYPLR TYVKLLFHKG DEFPFYESPS QDKIIFNDKS VASILPTFVY TCCQVGTAIM SGILTHVESI VAMNHFLHCA KD SYIDEKL KIKGIGRSWY QEALHNVGRA TVPVWSQFNE VIGHRTKTTS EPHFVSSTFI SLRAKRAELL YPEFNEYINR ALR LSKTQN DVANYYAACR AMTNDGTFLA TLTELSLDAA VFPRIEQRLV TRPAVLMSNT RHESLKQKYA NGVGSIAQSY LSSF TDEIA KRVNGIHHDE AWLNFLTTSS PGRKLTEIEK LEVGGDVAAW SNSRIVMQAV FAREYRTPER IFKSLKAPIK LVERQ QSDR RQRAISGLDN DRLFLSFMPY TIGKQIYDLN DNAAQGKQAG NAFDIGEMLY WTSQRNVLLS SIDVAGMDAS VTTNTK DIY NTFVLDVASK CTVPRFGPYY AKNMEVFEVG KRQSQVKYVN AAWQACALEA ANSQTSTSYE SEIFGQVKNA EGTYPSG RA DTSTHHTVLL QGLVRGNELK RASDGKNSCL TTIKILGDDI MEIFQGNEND THDHAVSNAS ILNESGFATT AELSQNSI V LLQQLVVNGT FWGFADRISL WTREDTKDIG RLNLAMMELN ALIDDLLFRV RRPEGLKMLG FFCGAICLRR FTLSVDNKL YDSTYNNLSK YMTLVKYDKN PDFDSTLMSL ILPLAWLFMP RGGEYPAYPF ERRDGTFTED ESMFTARGAY KRRLLYDVSN IREMIQQNS MVLDDDLLHE YGFTGALLLI DLNILDLIDE VKKEDISPVK VNELATSLEQ LGKLGEREKS RRAASDLKIR G HALSNDIV YGYGLQEKIQ KSAMATKETT VQSKRVSSRL HEVIVAKTRD YKIPTMPADA LHLYEFEVED VTVDLLPHAK HT SYSNLAY NMSFGSDGWF AFALLGGLDR SANLLRLDVA SIRGNYHKFS YDDPVFKQGY KIYKSDATLL NDFFVAISAG PKE QGILLR AFAYYSLYGN VEYHYVLSPR QLFFLSDNPV SAERLVRIPP SYYVSTQCRA LYNIFSYLHI LRSITSNQGK RLGM VLHPG LIAYVRGTSQ GAILPEADNV

UniProtKB: RNA dependent RNA Polymerase

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分子 #2: Viral structural protein 4

分子名称: Viral structural protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
分子量理論値: 63.683738 KDa
配列文字列: MFAIDPLKHS KLYEEYGLYL RPHQINQEIK PTTIKKKELA PTIRSIKYAS LIHSMLAKHA ARHNGTLINP RMYADMITLG NTKVTVTKG TPKAQIDTLK MNGLTVVSKS RRNNKKKPVS DTTATIDENT DDIVTYKALT EMSTLIESFR LPSGLALIIF D DEKYQSLI ...文字列:
MFAIDPLKHS KLYEEYGLYL RPHQINQEIK PTTIKKKELA PTIRSIKYAS LIHSMLAKHA ARHNGTLINP RMYADMITLG NTKVTVTKG TPKAQIDTLK MNGLTVVSKS RRNNKKKPVS DTTATIDENT DDIVTYKALT EMSTLIESFR LPSGLALIIF D DEKYQSLI PNYINQLIAY TQPHIIPTWQ GIADFSDTYL RSYFKRPFEL TASNLAAPQK YNLSPMTRSI FNNTGREDAV IR KLYGYGE YVFIRYEGCL ITWTGIYGEV TMMVNLSKRD LGLDVGDDYL KEYKKLLFYG VITDAIPSGI SARSTIMKIS PHK MMNPSG GALAVLSKFL EAVVSTNVIN ATLVVYAEKG AGKTSFLSTY AEQLSLASGQ VVGHLSSDAY GRWLAKNKDV EEPS FAYDY VLSLDTDDNE SYYEQKASEL LISHGISEVA QYELLSVRKK IKMMDEMNEV LIAQLENADT HSERNFYYMV STGKT TPRT LIVEGHFNAQ DATIARTDTT VLLRTINDTT QAMRDRQRGG VVQLFLRDTY YRLLPALHTT VYPFEMLESI RRWKWV H

UniProtKB: Viral structural protein 4

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分子 #3: P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: GTA
分子量理論値: 787.441 Da
Chemical component information

ChemComp-GTA:
P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE / 7-メチルグアノシン-7-イウム5′-三りん酸Oγ-(5′-アデノシル)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 323500
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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