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万見
- EMDB-2054: Electron cryo-microscopy of Mud Crab Reovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2054
タイトルElectron cryo-microscopy of Mud Crab Reovirus
マップデータReconstruction of native Mud Crab Reovirus (MCRV)
試料
  • 試料: Mud Crab Reovirus (MCRV)
  • ウイルス: Mud Crab Reovirus
キーワードMud Crab Reovirus
生物種Mud Crab Reovirus
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.8 Å
データ登録者Zengwei H / Xiexiong D / Yinyin L / Hongjun S / Kunpeng L / Zhixun G / Peirui Z / Haidong X / Jianguo H / Qinfen Z / Shaoping W
引用ジャーナル: Virus Res / 年: 2012
タイトル: Structural insights into the classification of Mud Crab Reovirus.
著者: Zengwei Huang / Xiexiong Deng / Yinyin Li / Hongjun Su / Kunpeng Li / Zhixun Guo / Peirui Zheng / Haidong Xu / Jianguo He / Qinfen Zhang / Shaoping Weng /
要旨: Cryo-electron microscopy was applied to analyze mud crab reovirus (MCRV), which causes 'sleeping disease' in mud crab, Scylla serrata, a marine species cultured in China. We present here the three ...Cryo-electron microscopy was applied to analyze mud crab reovirus (MCRV), which causes 'sleeping disease' in mud crab, Scylla serrata, a marine species cultured in China. We present here the three dimensional structure of MCRV at 13.8Å resolution. The outer capsid shell is composed of 260 trimers with complete T=13 icosahedral symmetry. A major difference between MCRV and previously reported aquareoviruses is that it lacks a pentameric turret structure. These results together with recently published molecular biological evidence (Deng et al., 2012) indicate that, from a structural perspective, MCRV should be classified as a new member of the family Reoviridae.
履歴
登録2012年3月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年3月23日-
マップ公開2012年9月26日-
更新2012年9月26日-
現状2012年9月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2054.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2054.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 36.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of native Mud Crab Reovirus (MCRV)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.7 Å/pix.
x 135 pix.
= 364.5 Å		2.7 Å/pix.
x 270 pix.
= 729. Å		2.7 Å/pix.
x 270 pix.
= 729. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 2.0 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-2.03657198 - 4.01148891
平均 (標準偏差)0.49377689 (±1.37695026)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ270270135
Spacing270270135
セルA: 729.0 Å / B: 729.0 Å / C: 364.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.72.72.7
M x/y/z270270135
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z729.000729.000364.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS270270135
D min/max/mean-2.0374.0110.494

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mud Crab Reovirus (MCRV)

全体名称: Mud Crab Reovirus (MCRV)
要素
  • 試料: Mud Crab Reovirus (MCRV)
  • ウイルス: Mud Crab Reovirus

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超分子 #1000: Mud Crab Reovirus (MCRV)

超分子名称: Mud Crab Reovirus (MCRV) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1

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超分子 #1: Mud Crab Reovirus

超分子名称: Mud Crab Reovirus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Mud Crab Reovirus / 生物種: Mud Crab Reovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Mud Crab Reovirus
宿主生物種: Scylla serrata (ノコギリガザミ) / 別称: INVERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 724 Å / T番号(三角分割数): 13

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 0.1M PBS
グリッド詳細: R1.2/1.3 Quantifoil grids(200mesh) with thin carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: freezed by manual / 手法: blot about 5 seconds by manual before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010
温度最低: 100 K / 最高: 103 K / 平均: 102 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 400,000 times magnification
詳細Miminum dose illumination (MDS model)
日付2009年1月12日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: NIKON COOLSCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.5 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 46900 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected by EMAN boxer programms.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 4020

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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