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万見
- EMDB-2044: Electron microscopy of Aa MacA-MexA alpha;-hybrid and Aa MacA-Opr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2044
タイトルElectron microscopy of Aa MacA-MexA alpha;-hybrid and Aa MacA-OprM alpha;-hybrid- dimer
マップデータAa MacA-MexAα-hybrid and Aa MacA-OprMα-hybrid- dimer
試料
  • 試料: Aa MacA-MexAα-hybrid and Aa MacA-OprMα-hybrid- dimer
  • タンパク質・ペプチド: Aa MacA-MexAα-hybrid and Aa MacA-OprMα-hybrid- dimer
キーワードBacterial pathogenesis / Multidrug resistance / MexA / OprM / TolC
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Xu Y / Moeller A / So-Young J / Minho L / Bo-Young Y / Jin-Sik K / Lee K / Ha NC
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2012
タイトル: Assembly and channel opening of outer membrane protein in tripartite drug efflux pumps of Gram-negative bacteria.
著者: Yongbin Xu / Arne Moeller / So-Young Jun / Minho Le / Bo-Young Yoon / Jin-Sik Kim / Kangseok Lee / Nam-Chul Ha /
要旨: Gram-negative bacteria are capable of expelling diverse xenobiotic substances from within the cell by use of three-component efflux pumps in which the energy-activated inner membrane transporter is ...Gram-negative bacteria are capable of expelling diverse xenobiotic substances from within the cell by use of three-component efflux pumps in which the energy-activated inner membrane transporter is connected to the outer membrane channel protein via the membrane fusion protein. In this work, we describe the crystal structure of the membrane fusion protein MexA from the Pseudomonas aeruginosa MexAB-OprM pump in the hexameric ring arrangement. Electron microscopy study on the chimeric complex of MexA and the outer membrane protein OprM reveals that MexA makes a tip-to-tip interaction with OprM, which suggests a docking model for MexA and OprM. This docking model agrees well with genetic results and depicts detailed interactions. Opening of the OprM channel is accompanied by the simultaneous exposure of a protein structure resembling a six-bladed cogwheel, which intermeshes with the complementary cogwheel structure in the MexA hexamer. Taken together, we suggest an assembly and channel opening model for the MexAB-OprM pump. This study provides a better understanding of multidrug resistance in Gram-negative bacteria.
履歴
登録2012年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月26日-
マップ公開2012年9月26日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2044.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Aa MacA-MexAα-hybrid and Aa MacA-OprMα-hybrid- dimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.17 Å/pix.
x 200 pix.
= 434. Å		2.17 Å/pix.
x 200 pix.
= 434. Å		2.17 Å/pix.
x 200 pix.
= 434. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.17 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.02051534 - 0.03351603
平均 (標準偏差)0.00132435 (±0.00292133)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 434.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.172.172.17
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z434.000434.000434.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0210.0340.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Aa MacA-MexAα-hybrid and Aa MacA-OprMα-hybrid- dimer

全体名称: Aa MacA-MexAα-hybrid and Aa MacA-OprMα-hybrid- dimer
要素
  • 試料: Aa MacA-MexAα-hybrid and Aa MacA-OprMα-hybrid- dimer
  • タンパク質・ペプチド: Aa MacA-MexAα-hybrid and Aa MacA-OprMα-hybrid- dimer

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超分子 #1000: Aa MacA-MexAα-hybrid and Aa MacA-OprMα-hybrid- dimer

超分子名称: Aa MacA-MexAα-hybrid and Aa MacA-OprMα-hybrid- dimer
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: hexamer / Number unique components: 1

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分子 #1: Aa MacA-MexAα-hybrid and Aa MacA-OprMα-hybrid- dimer

分子名称: Aa MacA-MexAα-hybrid and Aa MacA-OprMα-hybrid- dimer
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2011年8月4日
撮影実像数: 1441 / 平均電子線量: 45 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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