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- EMDB-2043: Subtomogram averaging reconstruction of the Ebola virus nucleocapsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2043
タイトルSubtomogram averaging reconstruction of the Ebola virus nucleocapsid
マップデータReconstruction of the Ebola virus nucleocapsid
試料
  • 試料: Ebola virus nucleocapsid
  • ウイルス: Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
キーワードebola virus / nucleocapsid / subtomogram averaging
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 36.0 Å
データ登録者Bharat TAM / Noda T / Riches JD / Kraehling V / Kolesnikova L / Becker S / Kawaoka Y / Briggs JAG
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Structural dissection of Ebola virus and its assembly determinants using cryo-electron tomography.
著者: Tanmay A M Bharat / Takeshi Noda / James D Riches / Verena Kraehling / Larissa Kolesnikova / Stephan Becker / Yoshihiro Kawaoka / John A G Briggs /
要旨: Ebola virus is a highly pathogenic filovirus causing severe hemorrhagic fever with high mortality rates. It assembles heterogenous, filamentous, enveloped virus particles containing a negative-sense, ...Ebola virus is a highly pathogenic filovirus causing severe hemorrhagic fever with high mortality rates. It assembles heterogenous, filamentous, enveloped virus particles containing a negative-sense, single-stranded RNA genome packaged within a helical nucleocapsid (NC). We have used cryo-electron microscopy and tomography to visualize Ebola virus particles, as well as Ebola virus-like particles, in three dimensions in a near-native state. The NC within the virion forms a left-handed helix with an inner nucleoprotein layer decorated with protruding arms composed of VP24 and VP35. A comparison with the closely related Marburg virus shows that the N-terminal region of nucleoprotein defines the inner diameter of the Ebola virus NC, whereas the RNA genome defines its length. Binding of the nucleoprotein to RNA can assemble a loosely coiled NC-like structure; the loose coil can be condensed by binding of the viral matrix protein VP40 to the C terminus of the nucleoprotein, and rigidified by binding of VP24 and VP35 to alternate copies of the nucleoprotein. Four proteins (NP, VP24, VP35, and VP40) are necessary and sufficient to mediate assembly of an NC with structure, symmetry, variability, and flexibility indistinguishable from that in Ebola virus particles released from infected cells. Together these data provide a structural and architectural description of Ebola virus and define the roles of viral proteins in its structure and assembly.
履歴
登録2012年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年2月15日-
マップ公開2012年3月8日-
更新2012年3月8日-
現状2012年3月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

2043_emd_204...

emd_2043.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2043.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 646.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the Ebola virus nucleocapsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
9.8 Å/pix.
x 40 pix.
= 392. Å		9.8 Å/pix.
x 65 pix.
= 637. Å		9.8 Å/pix.
x 65 pix.
= 637. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13 / ムービー #1: 0.13
最小 - 最大-0.51170313 - 0.45584902
平均 (標準偏差)-0.00006877 (±0.1078746)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ656540
Spacing656540
セルA: 637.0 Å / B: 637.0 Å / C: 392.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z9.89.89.8
M x/y/z656540
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z637.000637.000392.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS656540
D min/max/mean-0.5120.456-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ebola virus nucleocapsid

全体名称: Ebola virus nucleocapsid
要素
  • 試料: Ebola virus nucleocapsid
  • ウイルス: Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

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超分子 #1000: Ebola virus nucleocapsid

超分子名称: Ebola virus nucleocapsid / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Zaire ebolavirus

超分子名称: Zaire ebolavirus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 186538 / 生物種: Zaire ebolavirus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: PBS buffer with 4% paraformaldehyde
グリッド詳細: 300 mesh holey carbon C-Flat grid with 2micron holes.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at high magnification.
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan (GIF 2002)
日付2011年6月30日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / 平均電子線量: 80 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -4.0 µm / 倍率（公称値）: 27500
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Subtomogram averaging reconstruction was carried out without imposition of any symmetry.
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 6.3 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 30.5 °
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 36.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD,AV3,Matlab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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