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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20392 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of wild type mouse mediator with MED19-FLAG | |||||||||
マップデータ | em-volume_P1 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.88 Å | |||||||||
データ登録者 | Asturias F / Zhao H | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: A Pliable Mediator Acts as a Functional Rather Than an Architectural Bridge between Promoters and Enhancers. 著者: Laila El Khattabi / Haiyan Zhao / Jens Kalchschmidt / Natalie Young / Seolkyoung Jung / Peter Van Blerkom / Philippe Kieffer-Kwon / Kyong-Rim Kieffer-Kwon / Solji Park / Xiang Wang / Jordan ...著者: Laila El Khattabi / Haiyan Zhao / Jens Kalchschmidt / Natalie Young / Seolkyoung Jung / Peter Van Blerkom / Philippe Kieffer-Kwon / Kyong-Rim Kieffer-Kwon / Solji Park / Xiang Wang / Jordan Krebs / Subhash Tripathi / Noboru Sakabe / Débora R Sobreira / Su-Chen Huang / Suhas S P Rao / Nathanael Pruett / Daniel Chauss / Erica Sadler / Andrea Lopez / Marcelo A Nóbrega / Erez Lieberman Aiden / Francisco J Asturias / Rafael Casellas / 要旨: While Mediator plays a key role in eukaryotic transcription, little is known about its mechanism of action. This study combines CRISPR-Cas9 genetic screens, degron assays, Hi-C, and cryoelectron ...While Mediator plays a key role in eukaryotic transcription, little is known about its mechanism of action. This study combines CRISPR-Cas9 genetic screens, degron assays, Hi-C, and cryoelectron microscopy (cryo-EM) to dissect the function and structure of mammalian Mediator (mMED). Deletion analyses in B, T, and embryonic stem cells (ESC) identified a core of essential subunits required for Pol II recruitment genome-wide. Conversely, loss of non-essential subunits mostly affects promoters linked to multiple enhancers. Contrary to current models, however, mMED and Pol II are dispensable to physically tether regulatory DNA, a topological activity requiring architectural proteins. Cryo-EM analysis revealed a conserved core, with non-essential subunits increasing structural complexity of the tail module, a primary transcription factor target. Changes in tail structure markedly increase Pol II and kinase module interactions. We propose that Mediator's structural pliability enables it to integrate and transmit regulatory signals and act as a functional, rather than an architectural bridge, between promoters and enhancers. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20392.map.gz | 168.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20392-v30.xml emd-20392.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20392_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20392.png | 109.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20392 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20392 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20392_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20392_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20392_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20392 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20392 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20392.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | em-volume_P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.83731 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 30 proteins complex
全体 | 名称: 30 proteins complex |
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要素 |
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-超分子 #1: 30 proteins complex
超分子 | 名称: 30 proteins complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組換細胞: CH12 B cells |
分子量 | 理論値: 1.0 MDa |
-分子 #1: a large complex protein
分子 | 名称: a large complex protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: MAPVQLDNHQ LIPPGGGGGS SGGGGSSSGS ASAPAPPPPA AAVAAAAAAA ASPGYRLSTL IEFLLHRAY SELMVLTDLL PRKSDVERKI EIVQFASRTR QLFVRLLALV KWANDAGKVE K CAMISSFL DQQAILFVDT ADRLASLARD ALVHARLPSF AIPYAIDVLT ...文字列: MAPVQLDNHQ LIPPGGGGGS SGGGGSSSGS ASAPAPPPPA AAVAAAAAAA ASPGYRLSTL IEFLLHRAY SELMVLTDLL PRKSDVERKI EIVQFASRTR QLFVRLLALV KWANDAGKVE K CAMISSFL DQQAILFVDT ADRLASLARD ALVHARLPSF AIPYAIDVLT TGSYPRLPTC IR DKIIPPD PITKIEKQAT LHQLNQILRH RLVTTDLPPQ LANLTVANGR VKFRVEGEFE ATL TVMGDD PEVPWRLLKL EILVEDKETG DGRALVHSMQ IDFIHQLVQS RLFADEKPLQ DMYN CLHCF CLSLQLEVLH SQTLMLIRER WGDLVQVERY HAGKSLSLSV WNQQVLGRKT GTASV HKVT IKIDENDVSK PLQIFHDPPL PASDSKLVER AMKIDHLSIE KLLIDSVHAR AHQRLQ ELK AILRSFNANE SSSIETALPA LIVPILEPCG NSECLHIFVD LHSGMFQLML YGLDPAT LE DMEKSLNDDM KRIIPWIQQL KFWLGQQRCK QSIKHLPTIT TETLQLANYS THPIGSLS K NKLFIKLTRL PQYYIVVEML EVPNKPTQLS YNYYFMSVST ADREDSPVMA LLLQQFKDN IQDLMSYTKT GKQTRTGTKH KLSDDPCPID SKKAKRSGEM CAFNKVLAHF VAMCDTNMPF VGLRLELSN LEIPHQGVQV EGDGFNHAIR LLKIPPCKGI SEETQKALDR SLLDCTFRLQ G RNNRTWVA ELVFANCPLN GTSTREQGPS RHVYLTYENL LSEPVGGRKV VEMFLNDWSS IA RLYECVL EFARSLPEIP AHLNIFSEVR VYNYRKLILC YGTTKGSSIS IQWNSIHQKF HIA LGTVGP NSGCSNCHNT ILHQLQEMFN KTPNVVQLLQ VLFDTQAPLN AINKLPTVPM LGLT QRTNT AYQCFSILPQ SSTHIRLAFR NMYCIDIYCR SRGVVAIRDG AYSLFDNSKL VEGFY PAPG LKTFLNMFVD SNQDARRRSV NEDDNPPSPI GGDMMDSLIS QLQPPQQQPF PKQPGT SGA YPLTSPPTSY HSTVNQSPSM MHTQSPGNLH AASSPSGALR APSPASFVPT PPPSSHG IS IGPGASFASP HGTLDPSSPY TMVSPSGRAG NWPGSPQVSG PSPATRLPGM SPANPSLH S PVPDVSHSPR AGTSSQTMPT NMPPPRKLPQ RSWAASIPTI LTHSALNILL LPSPTPGLV PGLAGSYLCS PLERFLGSVI MRRHLQRIIQ QETLQLINSN EPGVIMFKTD ALKCRVALSP KTNQTLQLK VTPENAGQWK PDELQVLEKF FETRVAGPPF KANTLIAFTK LLGAPTHILR D CVHIMKLE LFPDQATQLK WNVQFCLTIP PSAPPIAPPG TPAVVLKSKM LFFLQLTQKT SV PPQEPVS IIVPIIYDMA SGTTQQADIP RQQNSSVAAP MMVSNILKRF AEMNPPRQGE CTI FAAVRD LMANLTLPPG GRP |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: C8H18N2O4S / 構成要素 - 名称: HEPES |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 273 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 32-40 / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 13652 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 倍率(補正後): 22000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 22000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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