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万見
- EMDB-2036: Three-dimensional structure of Tripeptidyl peptidase II from Homo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2036
タイトルThree-dimensional structure of Tripeptidyl peptidase II from Homo sapiens - a spindle-shaped homo-36mer
マップデータTripeptidyl peptidase II complex of Homo sapiens
試料
  • 試料: Tripeptidyl peptidase II of Homo Sapiens
  • タンパク質・ペプチド: Tripeptidyl peptidase II
機能・相同性Peptidase S8/S53 domain
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.9 Å
データ登録者Schoenegge AM / Villa E / Foerster F / Hegerl R / Peters J / Baumeister W / Rockel B
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The structure of human tripeptidyl peptidase II as determined by a hybrid approach.
著者: Anne-Marie Schönegge / Elizabeth Villa / Friedrich Förster / Reiner Hegerl / Jürgen Peters / Wolfgang Baumeister / Beate Rockel /
要旨: Tripeptidyl-peptidase II (TPPII) is a high molecular mass (∼5 MDa) serine protease, which is thought to act downstream of the 26S proteasome, cleaving peptides released by the latter. Here, the ...Tripeptidyl-peptidase II (TPPII) is a high molecular mass (∼5 MDa) serine protease, which is thought to act downstream of the 26S proteasome, cleaving peptides released by the latter. Here, the structure of human TPPII (HsTPPII) has been determined to subnanometer resolution by cryoelectron microscopy and single-particle analysis. The complex is built from two strands forming a quasihelical structure harboring a complex system of inner cavities. HsTPPII particles exhibit some polymorphism resulting in complexes consisting of nine or of eight dimers per strand. To obtain deeper insights into the architecture and function of HsTPPII, we have created a pseudoatomic structure of the HsTPPII spindle using a comparative model of HsTPPII dimers and molecular dynamics flexible fitting. Analyses of the resulting hybrid structure of the HsTPPII holocomplex provide new insights into the mechanism of maturation and activation.
履歴
登録2012年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年2月3日-
マップ公開2012年4月13日-
更新2012年4月13日-
現状2012年4月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD_2036.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2036.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 210.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tripeptidyl peptidase II complex of Homo sapiens
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.78 Å/pix.
x 384 pix.
= 683.52 Å		1.78 Å/pix.
x 384 pix.
= 683.52 Å		1.78 Å/pix.
x 384 pix.
= 683.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008 / ムービー #1: 0.008
最小 - 最大-0.03437903 - 0.0512307
平均 (標準偏差)0.00017267 (±0.00324)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 683.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.781.781.78
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z683.520683.520683.520
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0340.0510.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tripeptidyl peptidase II of Homo Sapiens

全体名称: Tripeptidyl peptidase II of Homo Sapiens
要素
  • 試料: Tripeptidyl peptidase II of Homo Sapiens
  • タンパク質・ペプチド: Tripeptidyl peptidase II

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超分子 #1000: Tripeptidyl peptidase II of Homo Sapiens

超分子名称: Tripeptidyl peptidase II of Homo Sapiens / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 36-mer / Number unique components: 1
分子量理論値: 5 MDa

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分子 #1: Tripeptidyl peptidase II

分子名称: Tripeptidyl peptidase II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Tripeptidyl peptidase II of Homo Sapiens / コピー数: 1 / 集合状態: 36-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 5 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET30b
配列InterPro: Peptidase S8/S53 domain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 80 mM KPO4, 1 mM DTT, 5% glycerol
グリッド詳細: glow-discharged C-flat 4/1 grids covered with a thin carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER
手法: Sample was applied on grid, blotted briefly and washed twice with buffer (40 mM ammonium sulfate, pH 7.5)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 84270 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm
試料ステージ試料ホルダー: side-entry cryoholder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected manually
CTF補正詳細: each image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP / 詳細: Final map was b-factor corrected. / 使用した粒子像数: 96116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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