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- EMDB-20301: EBOV GPdMuc (Makona) in complex with rEBOV-520 and rEBOV-548 Fabs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20301
タイトルEBOV GPdMuc (Makona) in complex with rEBOV-520 and rEBOV-548 Fabs
マップデータEBOVGPdMuc (Makona) in complex with rEBOV-520 and rEBOV-548 Fabs
試料
  • 複合体: EBOV GPdMuc (Makona) in complex with rEBOV-520 and rEBOV-548 Fabs
    • 複合体: Ebola Virus (Makona) GP
      • タンパク質・ペプチド: Virion spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Virion spike glycoprotein,Virion spike glycoprotein,Ebola Virus (Makona) GP2
    • 複合体: rEBOV-548 Fab
      • タンパク質・ペプチド: rEBOV-548 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: rEBOV-548 Fab light chain
    • 複合体: rEBOV-520 Fab
      • タンパク質・ペプチド: rEBOV-520 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: rEBOV-520 Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードEbola / filovirus / antibody / synergy / IMMUNE SYSTEM / viral protein
機能・相同性Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / extracellular region / membrane / GP / Virion spike glycoprotein / Virion spike glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト) / Ebola virus (エボラウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.12 Å
データ登録者Ward AB / Murin CD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI109762 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2020
タイトル: Analysis of a Therapeutic Antibody Cocktail Reveals Determinants for Cooperative and Broad Ebolavirus Neutralization.
著者: Pavlo Gilchuk / Charles D Murin / Jacob C Milligan / Robert W Cross / Chad E Mire / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Pilar X Altman / Sean Hui / Bronwyn M Gunn / Aubrey L ...著者: Pavlo Gilchuk / Charles D Murin / Jacob C Milligan / Robert W Cross / Chad E Mire / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Pilar X Altman / Sean Hui / Bronwyn M Gunn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Hannah L Turner / Tanwee Alkutkar / Robin Flinko / Chiara Orlandi / Robert Carnahan / Rachel Nargi / Robin G Bombardi / Megan E Vodzak / Sheng Li / Adaora Okoli / Morris Ibeawuchi / Benjamin Ohiaeri / George K Lewis / Galit Alter / Alexander Bukreyev / Erica Ollmann Saphire / Thomas W Geisbert / Andrew B Ward / James E Crowe /
要旨: Structural principles underlying the composition of protective antiviral monoclonal antibody (mAb) cocktails are poorly defined. Here, we exploited antibody cooperativity to develop a therapeutic mAb ...Structural principles underlying the composition of protective antiviral monoclonal antibody (mAb) cocktails are poorly defined. Here, we exploited antibody cooperativity to develop a therapeutic mAb cocktail against Ebola virus. We systematically analyzed the antibody repertoire in human survivors and identified a pair of potently neutralizing mAbs that cooperatively bound to the ebolavirus glycoprotein (GP). High-resolution structures revealed that in a two-antibody cocktail, molecular mimicry was a major feature of mAb-GP interactions. Broadly neutralizing mAb rEBOV-520 targeted a conserved epitope on the GP base region. mAb rEBOV-548 bound to a glycan cap epitope, possessed neutralizing and Fc-mediated effector function activities, and potentiated neutralization by rEBOV-520. Remodeling of the glycan cap structures by the cocktail enabled enhanced GP binding and virus neutralization. The cocktail demonstrated resistance to virus escape and protected non-human primates (NHPs) against Ebola virus disease. These data illuminate structural principles of antibody cooperativity with implications for development of antiviral immunotherapeutics.
履歴
登録2019年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月26日-
マップ公開2020年3月11日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0276
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0276
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6pci
  • 表面レベル: 0.0276
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20301.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20301.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EBOVGPdMuc (Makona) in complex with rEBOV-520 and rEBOV-548 Fabs
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 288 pix.
= 296.64 Å		1.03 Å/pix.
x 288 pix.
= 296.64 Å		1.03 Å/pix.
x 288 pix.
= 296.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0276 / ムービー #1: 0.0276
最小 - 最大-0.05528564 - 0.099964745
平均 (標準偏差)0.00022900618 (±0.002622409)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 296.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z296.640296.640296.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ401401401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0550.1000.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EBOV GPdMuc (Makona) in complex with rEBOV-520 and rEBOV-548 Fabs

全体名称: EBOV GPdMuc (Makona) in complex with rEBOV-520 and rEBOV-548 Fabs
要素
  • 複合体: EBOV GPdMuc (Makona) in complex with rEBOV-520 and rEBOV-548 Fabs
    • 複合体: Ebola Virus (Makona) GP
      • タンパク質・ペプチド: Virion spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Virion spike glycoprotein,Virion spike glycoprotein,Ebola Virus (Makona) GP2
    • 複合体: rEBOV-548 Fab
      • タンパク質・ペプチド: rEBOV-548 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: rEBOV-548 Fab light chain
    • 複合体: rEBOV-520 Fab
      • タンパク質・ペプチド: rEBOV-520 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: rEBOV-520 Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: EBOV GPdMuc (Makona) in complex with rEBOV-520 and rEBOV-548 Fabs

超分子名称: EBOV GPdMuc (Makona) in complex with rEBOV-520 and rEBOV-548 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 450 KDa

+
超分子 #2: Ebola Virus (Makona) GP

超分子名称: Ebola Virus (Makona) GP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4

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超分子 #3: rEBOV-548 Fab

超分子名称: rEBOV-548 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3

+
超分子 #4: rEBOV-520 Fab

超分子名称: rEBOV-520 Fab / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6

+
分子 #1: Virion spike glycoprotein

分子名称: Virion spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus (エボラウイルス)
分子量理論値: 31.096926 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SIPLGVIHNS TLQVSDVDKL VCRDKLSSTN QLRSVGLNLE GNGVATDVPS VTKRWGFRSG VPPKVVNYEA GEWAENCYNL EIKKPDGSE CLPAAPDGIR GFPRCRYVHK VSGTGPCAGD FAFHKEGAFF LYDRLASTVI YRGTTFAEGV VAFLILPQAK K DFFSSHPL ...文字列:
SIPLGVIHNS TLQVSDVDKL VCRDKLSSTN QLRSVGLNLE GNGVATDVPS VTKRWGFRSG VPPKVVNYEA GEWAENCYNL EIKKPDGSE CLPAAPDGIR GFPRCRYVHK VSGTGPCAGD FAFHKEGAFF LYDRLASTVI YRGTTFAEGV VAFLILPQAK K DFFSSHPL REPVNATEDP SSGYYSTTIR YQATGFGTNE TEYLFEVDNL TYVQLESRFT PQFLLQLNET IYASGKRSNT TG KLIWKVN PEIDTTIGEW AFWETKKNLT RKIRSEELSF T

UniProtKB: Virion spike glycoprotein

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分子 #2: rEBOV-548 Fab heavy chain

分子名称: rEBOV-548 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.223359 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQVEESGGG VVQPGGSLRL SCAASGFMFS NYGMHWVRQA PGKGLEWMAF IRYDDSKKFY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTALYYCAKE LLQVYTSAWG EGHSYYYALD VWGLGTAVTV SSASFKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列:
QVQVEESGGG VVQPGGSLRL SCAASGFMFS NYGMHWVRQA PGKGLEWMAF IRYDDSKKFY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTALYYCAKE LLQVYTSAWG EGHSYYYALD VWGLGTAVTV SSASFKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSC

+
分子 #3: rEBOV-548 Fab light chain

分子名称: rEBOV-548 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.324775 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS VSASVGDRVT ITCRASQDIS NWLAWYQQKP GKAPELLIYT ASILQSGVSS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDSATYYCQ QGKSFPYTFG QGTKLEIKRT AAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS VSASVGDRVT ITCRASQDIS NWLAWYQQKP GKAPELLIYT ASILQSGVSS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDSATYYCQ QGKSFPYTFG QGTKLEIKRT AAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #4: Virion spike glycoprotein,Virion spike glycoprotein,Ebola Virus (...

分子名称: Virion spike glycoprotein,Virion spike glycoprotein,Ebola Virus (Makona) GP2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus (エボラウイルス)
分子量理論値: 22.142592 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NNNTHHQDTG EESASSGKLG LITNTIAGVA GLITGGRRTR REVIVNAQPK CNPNLHFWTT QDEGAAIGLA WIPYFGPAAE GIYTEGLMH NQDGLICGLR QLANETTQAL QLFLRATTEL RTFSILNRKA IDFLLQRWGG TCHILGPDCC IEPHDWTKNI T DKIDQIIH ...文字列:
NNNTHHQDTG EESASSGKLG LITNTIAGVA GLITGGRRTR REVIVNAQPK CNPNLHFWTT QDEGAAIGLA WIPYFGPAAE GIYTEGLMH NQDGLICGLR QLANETTQAL QLFLRATTEL RTFSILNRKA IDFLLQRWGG TCHILGPDCC IEPHDWTKNI T DKIDQIIH DDDDKAGWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEK

UniProtKB: Virion spike glycoprotein

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分子 #5: rEBOV-520 Fab light chain

分子名称: rEBOV-520 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.434941 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYFAWYQQK PGQAPRLLIS GTSTRAPGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYFC QQYGNSLYTF GQGTKLEIKR TAAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYFAWYQQK PGQAPRLLIS GTSTRAPGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYFC QQYGNSLYTF GQGTKLEIKR TAAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #6: rEBOV-520 Fab heavy chain

分子名称: rEBOV-520 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.073971 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQESGPG LGKPSETLSL SCTVSGASIR GYFWNWIRQP PGKGLEWIGY IHSTGSTNYN PSLKSRVTIS VDTSKNQVSL NVNSVTAAD TAVYFCARGA WNVATVYYYY GMDVWGQGTL VTVSSASFKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列:
QVQLQESGPG LGKPSETLSL SCTVSGASIR GYFWNWIRQP PGKGLEWIGY IHSTGSTNYN PSLKSRVTIS VDTSKNQVSL NVNSVTAAD TAVYFCARGA WNVATVYYYY GMDVWGQGTL VTVSSASFKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSC

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chlrodie
20.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
0.01 % (w/v)F-OMOctyl Maltoside, Fluorinated

詳細: Buffers were made fresh from 10X stocks. Detergent was made fresh in TBS as a 6X stock and added immediately prior to vitificaiton.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Sample was blotted on both sides of the grid. Sample equilibrated in the chamber for 10s before blotting for 5s..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2832 / 平均露光時間: 9.5 sec. / 平均電子線量: 51.85 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Generated by ab initio reconstruction in CryoSPARC2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 13114
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5jq3


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6pci:
EBOV GPdMuc (Makona) in complex with rEBOV-520 and rEBOV-548 Fabs

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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