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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2029
タイトルRepair complexes of FEN1, DNA and Rad9-Hus1-Rad1 are distinguished from their PCNA counterparts by functionally important stability
マップデータimage of a surface rendered top-view of human FEN1-911 complex
試料
  • 試料: Human FEN1/911/DNA ternary complex
  • タンパク質・ペプチド: human checkpoint clamp
  • タンパク質・ペプチド: flap endonuclease 1
  • DNA: DNA
キーワードflap endonuclease 1 / processivity clamp / DNA replication and repair / checkpoint clamp / electron microscopy
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Querol-Audi J / Yan C / Xu X / Tsutakawa SE / Tsai M / Tainer JA / Cooper PK / Nogales E / Ivanov I
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Repair complexes of FEN1 endonuclease, DNA, and Rad9-Hus1-Rad1 are distinguished from their PCNA counterparts by functionally important stability.
著者: Jordi Querol-Audí / Chunli Yan / Xiaojun Xu / Susan E Tsutakawa / Miaw-Sheue Tsai / John A Tainer / Priscilla K Cooper / Eva Nogales / Ivaylo Ivanov /
要旨: Processivity clamps such as proliferating cell nuclear antigen (PCNA) and the checkpoint sliding clamp Rad9/Rad1/Hus1 (9-1-1) act as versatile scaffolds in the coordinated recruitment of proteins ...Processivity clamps such as proliferating cell nuclear antigen (PCNA) and the checkpoint sliding clamp Rad9/Rad1/Hus1 (9-1-1) act as versatile scaffolds in the coordinated recruitment of proteins involved in DNA replication, cell-cycle control, and DNA repair. Association and handoff of DNA-editing enzymes, such as flap endonuclease 1 (FEN1), with sliding clamps are key processes in biology, which are incompletely understood from a mechanistic point of view. We have used an integrative computational and experimental approach to define the assemblies of FEN1 with double-flap DNA substrates and either proliferating cell nuclear antigen or the checkpoint sliding clamp 9-1-1. Fully atomistic models of these two ternary complexes were developed and refined through extensive molecular dynamics simulations to expose their conformational dynamics. Clustering analysis revealed the most dominant conformations accessible to the complexes. The cluster centroids were subsequently used in conjunction with single-particle electron microscopy data to obtain a 3D EM reconstruction of the human 9-1-1/FEN1/DNA assembly at 18-Å resolution. Comparing the structures of the complexes revealed key differences in the orientation and interactions of FEN1 and double-flap DNA with the two clamps that are consistent with their respective functions in providing inherent flexibility for lagging strand DNA replication or inherent stability for DNA repair.
履歴
登録2012年1月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年1月27日-
マップ公開2012年9月26日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 4.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-2029.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2029.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈image of a surface rendered top-view of human FEN1-911 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.6 / ムービー #1: 4.6
最小 - 最大-6.37851381 - 18.357995989999999
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999952)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 268.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z268.800268.800268.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-6.37918.3580.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human FEN1/911/DNA ternary complex

全体名称: Human FEN1/911/DNA ternary complex
要素
  • 試料: Human FEN1/911/DNA ternary complex
  • タンパク質・ペプチド: human checkpoint clamp
  • タンパク質・ペプチド: flap endonuclease 1
  • DNA: DNA

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超分子 #1000: Human FEN1/911/DNA ternary complex

超分子名称: Human FEN1/911/DNA ternary complex / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One FEN1 binds to one 911 and one DNA substrate
Number unique components: 3
分子量実験値: 140 KDa / 理論値: 140 KDa

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分子 #1: human checkpoint clamp

分子名称: human checkpoint clamp / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: h9-1-1 / コピー数: 1 / 集合状態: heterotrimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 100 KDa / 理論値: 100 KDa
組換発現生物種: Insect cells

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分子 #3: flap endonuclease 1

分子名称: flap endonuclease 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: FEN1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 42 KDa / 理論値: 42 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 2 / Name.synonym: double flap DNA / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 20mM Hepes, 80mM KCl, 1mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: sample adsorbed on continuous carbon and stained with 2% w/v uranyl acetate
グリッド詳細: 200 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 297 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 80000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program
CTF補正詳細: whole image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 12000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3q8l

ソフトウェア名称: MDFF method
詳細Protocol: flexible fitting. complex was refined by flexible fitting into the EM map using the MDFF method. DNA was not included.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1ul1

ソフトウェア名称: MDFF method
詳細Protocol: flexible fitting. complex was refined by flexible fitting into the EM map using the MDFF method. DNA was not included.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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