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- EMDB-20143: Cryo-EM structure of the C4-symmetric TRPV2/RTx complex in amphip... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20143
タイトルCryo-EM structure of the C4-symmetric TRPV2/RTx complex in amphipol resolved to 2.9 A
マップデータC4-symmetric TRPV2/RTx complex in amphipol resolved to 2.9 A
試料
  • 複合体: TRPV2
    • タンパク質・ペプチド: TRPV2
  • リガンド: resiniferatoxin
キーワードion channel / calcium channel / TRP channel / metal transport
機能・相同性
機能・相同性情報


growth cone membrane / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of axon extension / axonal growth cone / calcium channel activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / cell surface / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zubcevic L / Hsu AL
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R35NS097241 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIC ES103326 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Symmetry transitions during gating of the TRPV2 ion channel in lipid membranes.
著者: Lejla Zubcevic / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Seok-Yong Lee /
要旨: The Transient Receptor Potential Vanilloid 2 (TRPV2) channel is a member of the temperature-sensing thermoTRPV family. Recent advances in cryo-electronmicroscopy (cryo-EM) and X-ray crystallography ...The Transient Receptor Potential Vanilloid 2 (TRPV2) channel is a member of the temperature-sensing thermoTRPV family. Recent advances in cryo-electronmicroscopy (cryo-EM) and X-ray crystallography have provided many important insights into the gating mechanisms of thermoTRPV channels. Interestingly, crystallographic studies of ligand-dependent TRPV2 gating have shown that the TRPV2 channel adopts two-fold symmetric arrangements during the gating cycle. However, it was unclear if crystal packing forces played a role in stabilizing the two-fold symmetric arrangement of the channel. Here, we employ cryo-EM to elucidate the structure of full-length rabbit TRPV2 in complex with the agonist resiniferatoxin (RTx) in nanodiscs and amphipol. We show that RTx induces two-fold symmetric conformations of TRPV2 in both environments. However, the two-fold symmetry is more pronounced in the native-like lipid environment of the nanodiscs. Our data offers insights into a gating pathway in TRPV2 involving symmetry transitions.
履歴
登録2019年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月1日-
マップ公開2019年5月29日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6oo3
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20143.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20143.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C4-symmetric TRPV2/RTx complex in amphipol resolved to 2.9 A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.3009168 - 0.43747014
平均 (標準偏差)-0.000030957082 (±0.014828271)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z276.480276.480276.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.3010.437-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_20143_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_20143_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TRPV2

全体名称: TRPV2
要素
  • 複合体: TRPV2
    • タンパク質・ペプチド: TRPV2
  • リガンド: resiniferatoxin

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超分子 #1: TRPV2

超分子名称: TRPV2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: TRPV2 in complex with RTx reconstituted into amphipol A8-35
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: TRPV2

分子名称: TRPV2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 88.72268 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTSPSSPPAF RLETSDGGQD GAEVDKAQLG YGAGPPPMES RFQDEDRNFP PQIKVNLNYR KGAGASQPDL NRFDRDRLFN VVARGNPED LAGLLEYLRR TSKYLTDSEY TEGSTGKTCL MKAVLNLQDG VNACIQPLLE IDRDSGNPQP LVNAQCTDEY Y RGHSALHI ...文字列:
MTSPSSPPAF RLETSDGGQD GAEVDKAQLG YGAGPPPMES RFQDEDRNFP PQIKVNLNYR KGAGASQPDL NRFDRDRLFN VVARGNPED LAGLLEYLRR TSKYLTDSEY TEGSTGKTCL MKAVLNLQDG VNACIQPLLE IDRDSGNPQP LVNAQCTDEY Y RGHSALHI AIEKRSLQCV KLLVENGANV HAKACGHFFQ KNQDTCFYFG ELPLSLAACT KQWDVVNYLL ENPHQPASLQ AQ DSLGNTV LHALVMIADD SAENSALVVR MYDGLLQAGA RLCPNVQLEG IPNLEGLTPL KLAAKEGKIE IFKHILQREF SAP CQSLSR KFTEWCYGPV RVSLYDLASV DSWEENSVLE IIAFHSRSPH RHRMVVLEPL NKLLQAKWDR LIPRFCFNFL CYLV YMLIF TAVAYHQPAL EKQGFPPLKA TAGNSMLLLG HILILLGGVY LLLGQLWYFW RRRLFIWISF MDSYSEILFL LQALL TVLS QVLCFLAIEW YLPLLVSSLA MGWTNLLYYT RGFQHTGIYS VMIEKVILRD LLRFLLVYLV FLFGFAVALV SLSREA QNS RTPAGPNATE VGQPGAGQED EAPPYRSILD ASLELFKFTI GMGELAFQEQ LRFRGVVLLL LLAYVLLTYV LLLNMLI AL MSETVNSVAT DSWSIWKLQK AISVLEMENG YWWCRRKKQR AGVMLTVGTR PDGSPDERWC FRVGEMNWAT WEQTLPRT L CEEPSGAAAP GVMKNPTPAS QRGEDSASEE DHLPLQLLQS RSNLEVLFQG PHHHHHHDYK DDDDK

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2

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分子 #2: resiniferatoxin

分子名称: resiniferatoxin / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: 6EU
分子量理論値: 628.708 Da
Chemical component information

ChemComp-6EU:
resiniferatoxin / レシニフェラトキシン / toxin*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTris
2.0 uMresiniferatoxin
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 296 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blotted 3 seconds before plunging.
詳細TRPV2 in complex with RTx reconstituted into amphipol A8-35, monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 1293 / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An initial model was generated from the 2D particles using the Stochastic Gradient Descent (SGD) algorithm as implemented in RELION 3.0.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 101570
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
ソフトウェア - 詳細: Classification was performed in RELION 3.0.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5an8


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6oo3:
Cryo-EM structure of the C4-symmetric TRPV2/RTx complex in amphipol resolved to 2.9 A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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