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- EMDB-20101: B41 SOSIP.664 trimer in complex with two Fab fragments of the sil... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20101
タイトルB41 SOSIP.664 trimer in complex with two Fab fragments of the silent-face targeting bNAb SF12, and one Fab fragment of the V3-targeting bNAb 10-1074
マップデータFinal sharpened map for class 2
試料
  • 複合体: Complex of B41 SOSIP.664 trimer with three SF12 Fabs and one 10-1074 Fab.
    • 複合体: B41 SOSIP.664 trimer
    • 複合体: 10-1074 Fab
    • 複合体: SF12 Fab
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.36 Å
データ登録者Barnes CO / Bjorkman PJ
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesP01 AI100148 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesP50 GM082545-06 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2019
タイトル: Broad and Potent Neutralizing Antibodies Recognize the Silent Face of the HIV Envelope.
著者: Till Schoofs / Christopher O Barnes / Nina Suh-Toma / Jovana Golijanin / Philipp Schommers / Henning Gruell / Anthony P West / Franziska Bach / Yu Erica Lee / Lilian Nogueira / Ivelin S ...著者: Till Schoofs / Christopher O Barnes / Nina Suh-Toma / Jovana Golijanin / Philipp Schommers / Henning Gruell / Anthony P West / Franziska Bach / Yu Erica Lee / Lilian Nogueira / Ivelin S Georgiev / Robert T Bailer / Julie Czartoski / John R Mascola / Michael S Seaman / M Juliana McElrath / Nicole A Doria-Rose / Florian Klein / Michel C Nussenzweig / Pamela J Bjorkman /
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 envelope (Env) inform vaccine design and are potential therapeutic agents. We identified SF12 and related bNAbs with up to 62% neutralization ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 envelope (Env) inform vaccine design and are potential therapeutic agents. We identified SF12 and related bNAbs with up to 62% neutralization breadth from an HIV-infected donor. SF12 recognized a glycan-dominated epitope on Env's silent face and was potent against clade AE viruses, which are poorly covered by V3-glycan bNAbs. A 3.3Å cryo-EM structure of a SF12-Env trimer complex showed additional contacts to Env protein residues by SF12 compared with VRC-PG05, the only other known donor-derived silentface antibody, explaining SF12's increased neutralization breadth, potency, and resistance to Env mutation routes. Asymmetric binding of SF12 was associated with distinct N-glycan conformations across Env protomers, demonstrating intra-Env glycan heterogeneity. Administrating SF12 to HIV-1-infected humanized mice suppressed viremia and selected for viruses lacking the N448 glycan. Effective bNAbs can therefore be raised against HIV-1 Env's silent face, suggesting their potential for HIV-1 prevention, therapy, and vaccine development.
履歴
登録2019年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月8日-
マップ公開2019年6月5日-
更新2019年7月3日-
現状2019年7月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20101.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20101.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final sharpened map for class 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.04 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.04 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016 / ムービー #1: 0.016
最小 - 最大-0.03687159 - 0.067034245
平均 (標準偏差)0.00036268955 (±0.0027245393)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 279.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z279.040279.040279.040
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0370.0670.000

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened refined map

ファイルemd_20101_additional.map
注釈Unsharpened refined map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_20101_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_20101_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of B41 SOSIP.664 trimer with three SF12 Fabs and one 10-1...

全体名称: Complex of B41 SOSIP.664 trimer with three SF12 Fabs and one 10-1074 Fab.
要素
  • 複合体: Complex of B41 SOSIP.664 trimer with three SF12 Fabs and one 10-1074 Fab.
    • 複合体: B41 SOSIP.664 trimer
    • 複合体: 10-1074 Fab
    • 複合体: SF12 Fab

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超分子 #1: Complex of B41 SOSIP.664 trimer with three SF12 Fabs and one 10-1...

超分子名称: Complex of B41 SOSIP.664 trimer with three SF12 Fabs and one 10-1074 Fab.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Fab fragment generated by recombinant expression and complexed with the B41 SOSIP.664 trimer
分子量理論値: 540 KDa

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超分子 #2: B41 SOSIP.664 trimer

超分子名称: B41 SOSIP.664 trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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超分子 #3: 10-1074 Fab

超分子名称: 10-1074 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: Expi293 / 組換プラスミド: p3BNC

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超分子 #4: SF12 Fab

超分子名称: SF12 Fab / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: Expi293 / 組換プラスミド: p3BNC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HCl
120.0 mMsodium chlorideNaCl
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 0 blot force, 3 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2732 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 676161
詳細: manual picking followed by template-based autopicking
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 55136
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6ch9

chain_id: G

6ch9

chain_id: B
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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