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- EMDB-1978: 3D structure of the Yersinia entomophaga toxin complex and implic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1978
タイトル3D structure of the Yersinia entomophaga toxin complex and implications for insecticidal activity
マップデータSPA map of Y.entomophaga MH96(deletion construct 9) insecticidal Tc (Yen-Tc K9).
試料
  • 試料: Insecticidal Tc from Yersinia entomophaga strain MH96 (deletion construct 9)(aka Yen-Tc K9)
  • タンパク質・ペプチド: Yen-Tc A1 subunit
  • タンパク質・ペプチド: Yen-Tc A2 subunit
  • タンパク質・ペプチド: Chi1
  • タンパク質・ペプチド: Chi2
キーワードtoxin complex / bacterial toxin / bioinsecticide
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Yersinia entomophaga (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Landsberg MJ / Jones SA / Rothnagel R / Busby JN / Marshall SDG / Simpson RM / Lott JS / Hankamer B / Hurst MRH
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2012
タイトル: Structural analysis of Chi1 Chitinase from Yen-Tc: the multisubunit insecticidal ABC toxin complex of Yersinia entomophaga.
著者: Jason N Busby / Michael J Landsberg / Robert M Simpson / Sandra A Jones / Ben Hankamer / Mark R H Hurst / J Shaun Lott /
要旨: Yersinia entomophaga MH96 is a native New Zealand soil bacterium that secretes a large ABC-type protein toxin complex, Yen-Tc, similar to those produced by nematode-associated bacteria such as ...Yersinia entomophaga MH96 is a native New Zealand soil bacterium that secretes a large ABC-type protein toxin complex, Yen-Tc, similar to those produced by nematode-associated bacteria such as Photorhabdus luminescens. Y. entomophaga displays an exceptionally virulent pathogenic phenotype in sensitive insect species, causing death within 72 h of infection. Because of this phenotype, there is intrinsic interest in the mechanism of action of Yen-Tc, and it also has the potential to function as a novel class of biopesticide. We have identified genes that encode chitinases as part of the toxin complex loci in Y. entomophaga MH96, P. luminescens, Photorhabdus asymbiotica and Xenorhabdus nematophila. Furthermore, we have shown that the secreted toxin complex from Y. entomophaga MH96 includes two chitinases as an integral part of the complex, a feature not described previously in other ABC toxins and possibly related to the severe disease caused by this bacterium. We present here the structure of the Y. entomophaga MH96 Chi1 chitinase, determined by X-ray crystallography to 1.74 Å resolution, and show that a ring of five symmetrically arranged lobes on the surface of the Yen-Tc toxin complex structure, as determined by single-particle electron microscopy, provides a good fit to the Chi1 monomer. We also confirm that the isolated chitinases display endochitinase activity, as does the complete toxin complex.
履歴
登録2011年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年11月18日-
マップ公開2012年1月20日-
更新2012年2月23日-
現状2012年2月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4a5q
  • 表面レベル: 6.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4a5q
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1978.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1978.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SPA map of Y.entomophaga MH96(deletion construct 9) insecticidal Tc (Yen-Tc K9).
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.9 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.13 / ムービー #1: 6.13
最小 - 最大-11.993600000000001 - 13.0684
平均 (標準偏差)0.00000000175681 (±0.871901)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-108-108-108
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 702 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.93.93.9
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z702.000702.000702.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-108-108-108
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-11.99413.0680.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Insecticidal Tc from Yersinia entomophaga strain MH96 (deletion c...

全体名称: Insecticidal Tc from Yersinia entomophaga strain MH96 (deletion construct 9)(aka Yen-Tc K9)
要素
  • 試料: Insecticidal Tc from Yersinia entomophaga strain MH96 (deletion construct 9)(aka Yen-Tc K9)
  • タンパク質・ペプチド: Yen-Tc A1 subunit
  • タンパク質・ペプチド: Yen-Tc A2 subunit
  • タンパク質・ペプチド: Chi1
  • タンパク質・ペプチド: Chi2

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超分子 #1000: Insecticidal Tc from Yersinia entomophaga strain MH96 (deletion c...

超分子名称: Insecticidal Tc from Yersinia entomophaga strain MH96 (deletion construct 9)(aka Yen-Tc K9)
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample was monodisperse
集合状態: 20mer comprising 5 A1, 5 A2, 5 Chi1 and 5 Chi2 subunits respectively.
Number unique components: 4
分子量実験値: 2.1 MDa / 理論値: 2.1 MDa / 手法: Dynamic light scattering

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分子 #1: Yen-Tc A1 subunit

分子名称: Yen-Tc A1 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Yen-Tc A1 subunit / コピー数: 5 / 集合状態: Pentamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア) / 株: MH96::9 / Organelle: Secreted
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #2: Yen-Tc A2 subunit

分子名称: Yen-Tc A2 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Yen-Tc A2 subunit / コピー数: 5 / 集合状態: Pentamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア) / 株: MH96::9 / Organelle: Secreted
分子量理論値: 156 KDa

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分子 #3: Chi1

分子名称: Chi1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Chi1 / コピー数: 5 / 集合状態: Pentamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア) / 株: MH96::9 / Organelle: Secreted
分子量理論値: 60 KDa

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分子 #4: Chi2

分子名称: Chi2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Chi2 / コピー数: 5 / 集合状態: Pentamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア) / 株: MH96::9 / Organelle: Secreted
分子量理論値: 70 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM Tris, 130 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Protein pre-absorbed onto carbon-coated grids and stained with 0.75% uranyl formate.
グリッド詳細: 400 mesh Cu grids
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度平均: 295 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 93,000 times magnification
日付2009年6月2日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 300 / 平均電子線量: 80 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.95 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: FEI single tilt / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected using semi-automated particle selection (SwarmPS,e2boxer.py)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp, EMAN / 使用した粒子像数: 10604
最終 2次元分類クラス数: 403

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3oa5


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: SITUS
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid Body. Colores was used to perform an exhaustive 6d search. A Laplacian filter was used to emphasise correct contour fitting.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 22.09
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-4a5q:
Crystal structure of the chitinase Chi1 fitted into the 3D structure of the Yersinia entomophaga toxin complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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