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- EMDB-1968: The cryo-EM structure of HBV Cp183 capsid-SRPK complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1968
タイトルThe cryo-EM structure of HBV Cp183 capsid-SRPK complex
マップデータThis is a map of HBV Cp183 Capsid-SRPK1 complex
試料
  • 試料: HBV Cp183 capsid-SRPK complex
  • ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Serine Arginine protein kinase
キーワードHBV / Cp183 / SRPK
生物種Homo sapiens (ヒト) / Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.2 Å
データ登録者Chen C / Wang JC-Y / Zlotnick A
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2011
タイトル: A kinase chaperones hepatitis B virus capsid assembly and captures capsid dynamics in vitro.
著者: Chao Chen / Joseph Che-Yen Wang / Adam Zlotnick /
要旨: The C-terminal domain (CTD) of Hepatitis B virus (HBV) core protein is involved in regulating multiple stages of the HBV lifecycle. CTD phosphorylation correlates with pregenomic-RNA encapsidation ...The C-terminal domain (CTD) of Hepatitis B virus (HBV) core protein is involved in regulating multiple stages of the HBV lifecycle. CTD phosphorylation correlates with pregenomic-RNA encapsidation during capsid assembly, reverse transcription, and viral transport, although the mechanisms remain unknown. In vitro, purified HBV core protein (Cp183) binds any RNA and assembles aggressively, independent of phosphorylation, to form empty and RNA-filled capsids. We hypothesize that there must be a chaperone that binds the CTD to prevent self-assembly and nonspecific RNA packaging. Here, we show that HBV capsid assembly is stalled by the Serine Arginine protein kinase (SRPK) binding to the CTD, and reactivated by subsequent phosphorylation. Using the SRPK to probe capsids, solution and structural studies showed that SRPK bound to capsid, though the CTD is sequestered on the capsid interior. This result indicates transient CTD externalization and suggests that capsid dynamics could be crucial for directing HBV intracellular trafficking. Our studies illustrate the stochastic nature of virus capsids and demonstrate the appropriation of a host protein by a virus for a non-canonical function.
履歴
登録2011年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年10月5日-
マップ公開2012年1月13日-
更新2012年10月10日-
現状2012年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 20
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 20
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1968-SRP...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1968.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map of HBV Cp183 Capsid-SRPK1 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.94 Å/pix.
x 201 pix.
= 590.94 Å		2.94 Å/pix.
x 201 pix.
= 590.94 Å		2.94 Å/pix.
x 201 pix.
= 590.94 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 20.0 / ムービー #1: 20
最小 - 最大-74.735500000000002 - 151.298000000000002
平均 (標準偏差)0.0072825 (±19.171299999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ201201201
Spacing201201201
セルA=B=C: 590.94 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.942.942.94
M x/y/z201201201
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z590.940590.940590.940
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS201201201
D min/max/mean-74.735151.2980.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HBV Cp183 capsid-SRPK complex

全体名称: HBV Cp183 capsid-SRPK complex
要素
  • 試料: HBV Cp183 capsid-SRPK complex
  • ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Serine Arginine protein kinase

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超分子 #1000: HBV Cp183 capsid-SRPK complex

超分子名称: HBV Cp183 capsid-SRPK complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Hepatitis B virus

超分子名称: Hepatitis B virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HBV Cp183 / 詳細: HBV Cp183 and SRPK were both purified from E. coli / NCBI-ID: 10407 / 生物種: Hepatitis B virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: HBV Cp183
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Cp183 / 直径: 415 Å / T番号(三角分割数): 4

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分子 #1: Serine Arginine protein kinase

分子名称: Serine Arginine protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: SRPK / 詳細: HBV Cp183 and SRPK were both purified from E. coli / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.24 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 0.53 M NaCl, 10 mM DTT, 20 mM Tris-HCl
グリッド詳細: Quantifoil R 2/2 holey carbon 200 mesh copper grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FS
温度平均: 97 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega filter
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 107 / 平均電子線量: 14 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.67 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle phase-flipping
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3dem / 使用した粒子像数: 4399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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