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- EMDB-19525: Nipah virus (NiV) fusion protein in complex with neutralizing Fab92 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19525
タイトルNipah virus (NiV) fusion protein in complex with neutralizing Fab92
マップデータNipah virus (NiV) fusion protein in complex with neutralizing Fab92
試料
  • 複合体: Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with Fab92
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: Fab92 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab92 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードNipah / antibody / neutralization / fusion protein / glycoprotein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Henipavirus nipahense (ウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Avanzato VA / Stass R / Duyvesteyn HME / Bowden TA
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2024
タイトル: A monoclonal antibody targeting the Nipah virus fusion glycoprotein apex imparts protection from disease.
著者: Victoria A Avanzato / Trenton Bushmaker / Kasopefoluwa Y Oguntuyo / Claude Kwe Yinda / Helen M E Duyvesteyn / Robert Stass / Kimberly Meade-White / Rebecca Rosenke / Tina Thomas / Neeltje van ...著者: Victoria A Avanzato / Trenton Bushmaker / Kasopefoluwa Y Oguntuyo / Claude Kwe Yinda / Helen M E Duyvesteyn / Robert Stass / Kimberly Meade-White / Rebecca Rosenke / Tina Thomas / Neeltje van Doremalen / Greg Saturday / Katie J Doores / Benhur Lee / Thomas A Bowden / Vincent J Munster /
要旨: Nipah virus (NiV) is a highly pathogenic paramyxovirus capable of causing severe respiratory and neurologic disease in humans. Currently, there are no licensed vaccines or therapeutics against NiV, ...Nipah virus (NiV) is a highly pathogenic paramyxovirus capable of causing severe respiratory and neurologic disease in humans. Currently, there are no licensed vaccines or therapeutics against NiV, underscoring the urgent need for the development of countermeasures. The NiV surface-displayed glycoproteins, NiV-G and NiV-F, mediate host cell attachment and fusion, respectively, and are heavily targeted by host antibodies. Here, we describe a vaccination-derived neutralizing monoclonal antibody, mAb92, that targets NiV-F. Structural characterization of the Fab region bound to NiV-F (NiV-F-Fab92) by cryo-electron microscopy analysis reveals an epitope in the DIII domain at the membrane distal apex of NiV-F, an established site of vulnerability on the NiV surface. Further, prophylactic treatment of hamsters with mAb92 offered complete protection from NiV disease, demonstrating beneficial activity of mAb92 . This work provides support for targeting NiV-F in the development of vaccines and therapeutics against NiV.IMPORTANCENipah virus (NiV) is a highly lethal henipavirus (HNV) that causes severe respiratory and neurologic disease in humans. Currently, there are no licensed vaccines or therapeutics against NiV, highlighting a need to develop countermeasures. The NiV surface displays the receptor binding protein (NiV-G, or RBP) and the fusion protein (NiV-F), which allow the virus to attach and enter cells. These proteins can be targeted by vaccines and antibodies to prevent disease. This work describes a neutralizing antibody (mAb92) that targets NiV-F. Structural characterization by cryo-electron microscopy analysis reveals where the antibody binds to NiV-F to neutralize the virus. This study also shows that prophylactic treatment of hamsters with mAb92 completely protected against developing NiV disease. This work shows how targeting NiV-F can be useful to preventing NiV disease, supporting future studies in the development of vaccines and therapeutics.
履歴
登録2024年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19525.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19525.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Nipah virus (NiV) fusion protein in complex with neutralizing Fab92
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 288 pix.
= 312.48 Å		1.09 Å/pix.
x 288 pix.
= 312.48 Å		1.09 Å/pix.
x 288 pix.
= 312.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.085 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.29
最小 - 最大-4.1302977 - 6.113572
平均 (標準偏差)0.0043150284 (±0.114886515)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 312.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19525_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_19525_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_19525_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with Fab92

全体名称: Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with Fab92
要素
  • 複合体: Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with Fab92
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: Fab92 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab92 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with Fab92

超分子名称: Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with Fab92
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)
分子量理論値: 55.131039 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GILHYEKLSK IGLVKGVTRK YKIKSNPLTK DIVIKMIPNV SNMSQCTGSV MENYKTRLNG ILTPIKGALE IYKNNTHDLV GDVRLAGVI MAGVAIGIAT AAQITAGVAL YEAMKNADNI NKLKSSIEST NEAVVKLQET AEKTVYVLTA LQDYINTNLV P TIDKISCK ...文字列:
GILHYEKLSK IGLVKGVTRK YKIKSNPLTK DIVIKMIPNV SNMSQCTGSV MENYKTRLNG ILTPIKGALE IYKNNTHDLV GDVRLAGVI MAGVAIGIAT AAQITAGVAL YEAMKNADNI NKLKSSIEST NEAVVKLQET AEKTVYVLTA LQDYINTNLV P TIDKISCK QTELSLDLAL SKYLSDLLFV FGPNLQDPVS NSMTIQAISQ AFGGNYETLL RTLGYATEDF DDLLESDSIT GQ IIYVDLS SYYIIVRVYF PILTEIQQAY IQELLPVSFN NDNSEWISIV PNFILVRNTL ISNIEIGFCL ITKRSVICNQ DYA TPMTNN MRECLTGSTE KCPRELVVSS HVPRFALSNG VLFANCISVT CQCQTTGRAI SQSGEQTLLM IDNTTCPTAV LGNV IISLG KYLGSVNYNS EGIAIGPPVF TDKVDISSQI SSMNQSLQQS KDYIKEAQRL LDGTMKQIED KIEEILSKIY HIENE IARI KKLIGEGGSH HHHHH

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #2: Fab92 heavy chain

分子名称: Fab92 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 22.841697 KDa
配列文字列: QSLEESGGRL VTPGTPLTLT CTASGFSLSS YYMMWVRQAP GKGLEWIGII NTGGNAYYAS WTKGRFTISK TSTTVDLKIT SPTTEDTAT YFCARAVPSG AGYSAGGLWG PGTLVTVSSG QPKAPSVFPL APCCGDTPSS TVTLGCLVKG YLPEPVTVTW N SGTLTNGV ...文字列:
QSLEESGGRL VTPGTPLTLT CTASGFSLSS YYMMWVRQAP GKGLEWIGII NTGGNAYYAS WTKGRFTISK TSTTVDLKIT SPTTEDTAT YFCARAVPSG AGYSAGGLWG PGTLVTVSSG QPKAPSVFPL APCCGDTPSS TVTLGCLVKG YLPEPVTVTW N SGTLTNGV RTFPSVRQSS GLYSLSSVVS VTSSSQPVTC NVAHPATNTK VDKTVAPSTC NK

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分子 #3: Fab92 light chain

分子名称: Fab92 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 22.564949 KDa
配列文字列: DQVLTQTPAS VEAAVGGTVT IKCQASQSVG FYLSWYQQKP GQPPKLLIYR ASTLESGVPS RFKGSGSGTE FTLTISDLEC ADAATYYCQ TNDYLASSAF GGGTEVVVRG DPVAPTVLIF PPAADQVATG TVTIVCVANK YFPDVTVTWE VDGTTQTTGI E NSKTPQNS ...文字列:
DQVLTQTPAS VEAAVGGTVT IKCQASQSVG FYLSWYQQKP GQPPKLLIYR ASTLESGVPS RFKGSGSGTE FTLTISDLEC ADAATYYCQ TNDYLASSAF GGGTEVVVRG DPVAPTVLIF PPAADQVATG TVTIVCVANK YFPDVTVTWE VDGTTQTTGI E NSKTPQNS ADCTYNLSST LTLTSTQYNS HKEYTCKVTQ GTTSVVQSFS RKNC

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 44.37 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6t3f

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 178307
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6t3f


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8rvn:
Nipah virus (NiV) fusion protein in complex with neutralizing Fab92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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