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- PDB-8rvn: Nipah virus (NiV) fusion protein in complex with neutralizing Fab92 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rvn
タイトルNipah virus (NiV) fusion protein in complex with neutralizing Fab92
要素
  • Fab92 heavy chain
  • Fab92 light chain
  • Fusion glycoprotein F0
キーワードVIRAL PROTEIN / Nipah / antibody / neutralization / fusion protein / glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Henipavirus nipahense (ウイルス)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Avanzato, V.A. / Stass, R. / Duyvesteyn, H.M.E. / Bowden, T.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2024
タイトル: A monoclonal antibody targeting the Nipah virus fusion glycoprotein apex imparts protection from disease.
著者: Victoria A Avanzato / Trenton Bushmaker / Kasopefoluwa Y Oguntuyo / Claude Kwe Yinda / Helen M E Duyvesteyn / Robert Stass / Kimberly Meade-White / Rebecca Rosenke / Tina Thomas / Neeltje van ...著者: Victoria A Avanzato / Trenton Bushmaker / Kasopefoluwa Y Oguntuyo / Claude Kwe Yinda / Helen M E Duyvesteyn / Robert Stass / Kimberly Meade-White / Rebecca Rosenke / Tina Thomas / Neeltje van Doremalen / Greg Saturday / Katie J Doores / Benhur Lee / Thomas A Bowden / Vincent J Munster /
要旨: Nipah virus (NiV) is a highly pathogenic paramyxovirus capable of causing severe respiratory and neurologic disease in humans. Currently, there are no licensed vaccines or therapeutics against NiV, ...Nipah virus (NiV) is a highly pathogenic paramyxovirus capable of causing severe respiratory and neurologic disease in humans. Currently, there are no licensed vaccines or therapeutics against NiV, underscoring the urgent need for the development of countermeasures. The NiV surface-displayed glycoproteins, NiV-G and NiV-F, mediate host cell attachment and fusion, respectively, and are heavily targeted by host antibodies. Here, we describe a vaccination-derived neutralizing monoclonal antibody, mAb92, that targets NiV-F. Structural characterization of the Fab region bound to NiV-F (NiV-F-Fab92) by cryo-electron microscopy analysis reveals an epitope in the DIII domain at the membrane distal apex of NiV-F, an established site of vulnerability on the NiV surface. Further, prophylactic treatment of hamsters with mAb92 offered complete protection from NiV disease, demonstrating beneficial activity of mAb92 . This work provides support for targeting NiV-F in the development of vaccines and therapeutics against NiV.IMPORTANCENipah virus (NiV) is a highly lethal henipavirus (HNV) that causes severe respiratory and neurologic disease in humans. Currently, there are no licensed vaccines or therapeutics against NiV, highlighting a need to develop countermeasures. The NiV surface displays the receptor binding protein (NiV-G, or RBP) and the fusion protein (NiV-F), which allow the virus to attach and enter cells. These proteins can be targeted by vaccines and antibodies to prevent disease. This work describes a neutralizing antibody (mAb92) that targets NiV-F. Structural characterization by cryo-electron microscopy analysis reveals where the antibody binds to NiV-F to neutralize the virus. This study also shows that prophylactic treatment of hamsters with mAb92 completely protected against developing NiV disease. This work shows how targeting NiV-F can be useful to preventing NiV disease, supporting future studies in the development of vaccines and therapeutics.
履歴
登録2024年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0
H: Fab92 heavy chain
L: Fab92 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,45417
ポリマ－210,8005
非ポリマー2,65412
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0 / Protein F


分子量: 55131.039 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Henipavirus nipahense (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9IH63
#2: タンパク質 Fab92 heavy chain


分子量: 22841.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#3: 抗体 Fab92 light chain


分子量: 22564.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with Fab92
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 44.37 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178307 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
原子モデル構築PDB-ID: 6T3F

6t3f


Accession code: 6T3F / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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