+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19128 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of human eIF3 core from closed 48S translation initiation complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | RIBOSOME / TRANSLATION / initiation / 48S / eIF / human / eukaryotic / factor / codon / scanning / open / reading | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / IRES-dependent viral translational initiation / multi-eIF complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex ...positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / IRES-dependent viral translational initiation / multi-eIF complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / cytoplasmic translational initiation / mRNA cap binding / eukaryotic 48S preinitiation complex / negative regulation of RNA splicing / metal-dependent deubiquitinase activity / regulation of translational initiation / rRNA modification in the nucleus and cytosol / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translation regulator activity / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cytosolic ribosome / Mitotic Prometaphase / laminin binding / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / negative regulation of translational initiation / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / translation initiation factor binding / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / translation initiation factor activity / 90S preribosome / erythrocyte differentiation / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of translation / translational initiation / RHO GTPases Activate Formins / PML body / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / fibrillar center / mRNA 5'-UTR binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / rRNA processing / Separation of Sister Chromatids / metallopeptidase activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / virus receptor activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / cytosolic small ribosomal subunit / ubiquitinyl hydrolase 1 / microtubule / cysteine-type deubiquitinase activity / cytoplasmic translation / postsynaptic density / cell differentiation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / cadherin binding / translation / focal adhesion / mRNA binding / synapse / chromatin / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Petrychenko V / Yi S-H / Liedtke D / Peng BZ / Rodnina MV / Fischer N | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: Structural basis for translational control by the human 48S initiation complex from codon scanning toward subunit joining 著者: Petrychenko V / Yi S-H / Liedtke D / Peng BZ / Rodnina MV / Fischer N | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19128.map.gz | 47.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-19128-v30.xml emd-19128.xml | 47.9 KB 47.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19128_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19128.png | 206.8 KB | ||
マスクデータ | emd_19128_msk_1.map | 52.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19128.cif.gz | 12.8 KB | ||
その他 | emd_19128_additional_1.map.gz emd_19128_additional_2.map.gz emd_19128_half_map_1.map.gz emd_19128_half_map_2.map.gz | 49.4 MB 40.6 MB 40.7 MB 40.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19128 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19128 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8rg0MC 17696 17697 17698 17699 17700 17701 8pj1C 8pj2C 8pj3C 8pj4C 8pj5C 8pj6C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19128_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Human 48S initiation complex 40S-eIF1-eIF1A-eIF2-eIF3-tRNA-Met-mRNA
+超分子 #1: Human 48S initiation complex 40S-eIF1-eIF1A-eIF2-eIF3-tRNA-Met-mRNA
+超分子 #2: Human 48S initiation complex 40S-eIF1-eIF1A-eIF2-eIF3-tRNA-Met
+超分子 #3: mRNA
+分子 #1: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
+分子 #2: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
+分子 #3: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
+分子 #4: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M
+分子 #6: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H
+分子 #8: 40S ribosomal protein S27
+分子 #9: 40S ribosomal protein S13
+分子 #10: 40S ribosomal protein S17
+分子 #11: 40S ribosomal protein SA
+分子 #12: 40S ribosomal protein S3a
+分子 #13: 40S ribosomal protein S14
+分子 #14: 40S ribosomal protein S26
+分子 #15: 40S ribosomal protein S28
+分子 #16: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
+分子 #17: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
+分子 #18: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D
+分子 #19: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
+分子 #5: mRNA
+分子 #7: 18S rRNA
+分子 #20: MAGNESIUM ION
+分子 #21: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Manual blotting & plunge-freezing. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | 球面収差補正装置: Electron-optical aberrations were corrected using a CETCOR Cs-corrector (CEOS, Heidelberg) aligned with the CETCORPLUS 4.6.9 software package (CEOS, Heidelberg). |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
---|---|
得られたモデル | PDB-8rg0: |