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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18425 | |||||||||
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タイトル | C14 Vipp1 stacked rings in the presence of EPL | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | membrane tubulation / membrane remodeling / LIPID BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | PspA/IM30 / PspA/IM30 family / plasma membrane / Membrane-associated protein Vipp1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Junglas B / Sachse B | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis for Vipp1 membrane binding: From rings and rods to carpets 著者: Junglas B / Karrte D / Ritter I / Schneider D / Sachse C | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18425.map.gz | 26.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18425-v30.xml emd-18425.xml | 12.4 KB 12.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18425_fsc.xml | 13.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18425.png | 57.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18425.cif.gz | 4.6 KB | ||
その他 | emd_18425_half_map_1.map.gz emd_18425_half_map_2.map.gz | 226 MB 226 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18425 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18425 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18425_validation.pdf.gz | 1007.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18425_full_validation.pdf.gz | 1006.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18425_validation.xml.gz | 21.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18425_validation.cif.gz | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18425 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18425 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qfvC 8qhvC 8qhwC 8qhxC 8qhyC 8qhzC 8qi0C 8qi1C 8qi2C 8qi3C 8qi4C 8qi5C 8qi6C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18425.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Vipp1
全体 | 名称: Vipp1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Vipp1
超分子 | 名称: Vipp1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) |
-分子 #1: Vipp1
分子 | 名称: Vipp1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Vipp1 with EPL lipid / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGLFDRLGRV VRANLNDLVS KAEDPEKVLE QAVIDMQEDL VQLRQAVART IAEEKRTEQR LNQDTQEAKK WEDRAKLALT NGEENLAREA LARKKSLTDT AAAYQTQLAQ QRTMSENLRR NLAALEAKIS EAKTKKNMLQ ARAKAAKANA ELQQTLGGLG TSSATSAFER ...文字列: MGLFDRLGRV VRANLNDLVS KAEDPEKVLE QAVIDMQEDL VQLRQAVART IAEEKRTEQR LNQDTQEAKK WEDRAKLALT NGEENLAREA LARKKSLTDT AAAYQTQLAQ QRTMSENLRR NLAALEAKIS EAKTKKNMLQ ARAKAAKANA ELQQTLGGLG TSSATSAFER MENKVLDMEA TSQAAGELAG FGIENQFAQL EASSGVEDEL AALKASMAGG ALPGTSAATP QLEAAPVDSS VPANNASQDD AVIDQELDDL RRRLNNLAAL EVLFQGP UniProtKB: Membrane-associated protein Vipp1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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糖包埋 | 材質: vitreous ice |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |