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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18369 | |||||||||
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タイトル | Neck and tail of phage 812 after tail contraction (composite) | |||||||||
マップデータ | Neck and tail of phage 812 after tail contraction (composite) | |||||||||
試料 |
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キーワード | phage / neck / tail / connector / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Bacteriophage/Gene transfer agent portal protein / Phage portal protein / symbiont entry into host cell / Portal protein / Major tail sheath protein / Neck protein / Capsid protein / Baseplate hub assembly protein / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus phage 812 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Cienikova Z / Siborova M / Fuzik T / Plevka P | |||||||||
資金援助 | チェコ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Genome anchoring, retention, and release by neck proteins of Herelleviridae phage 812 著者: Cienikova Z / Novacek J / Siborova M / Popelarova B / Fuzik T / Benesik M / Bardy P / Plevka P | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18369.map.gz | 143.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18369-v30.xml emd-18369.xml | 25.8 KB 25.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_18369.png | 76.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18369.cif.gz | 8.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18369 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18369 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18369_validation.pdf.gz | 511.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18369_full_validation.pdf.gz | 511.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18369_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18369_validation.cif.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18369 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18369 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qekMC 8q01C 8q1iC 8q7dC 8qemC 8qgrC 8qjeC 8qkhC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18369.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 164.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Neck and tail of phage 812 after tail contraction (composite) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.057 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Staphylococcus phage 812
+超分子 #1: Staphylococcus phage 812
+分子 #1: Portal protein
+分子 #4: Capsid protein
+分子 #5: Baseplate hub assembly protein
+分子 #6: Capsid protein
+分子 #7: Putative neck protein
+分子 #8: Major tail sheath protein
+分子 #2: Anchor DNA forward strand (120-MER)
+分子 #3: Anchor DNA reverse strand (120-MER)
+分子 #9: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15371 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||
得られたモデル | PDB-8qek: |