+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1814 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural Comparison of HIV-1 Envelope Spikes with and without the V1V2 Loop | |||||||||
マップデータ | This is a map for HIV-1 Envelope spike with the v1v2 loop deleted | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Structural classification | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 33.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Hu G / Liu J / Taylor KA / Roux KH | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2011 タイトル: Structural comparison of HIV-1 envelope spikes with and without the V1/V2 loop. 著者: Guiqing Hu / Jun Liu / Kenneth A Taylor / Kenneth H Roux / 要旨: We have used cryoelectron tomography of vitreous-ice-embedded HIV-1 virions to compare the envelope (Env) spikes of a wild-type strain with those of a mutant strain in which the V1/V2 loop has been ...We have used cryoelectron tomography of vitreous-ice-embedded HIV-1 virions to compare the envelope (Env) spikes of a wild-type strain with those of a mutant strain in which the V1/V2 loop has been deleted. Deletion of V1/V2 results in a spike with far more structural heterogeneity than is observed in the wild type, likely reflecting greatly enhanced gp120 protomer flexibility. A major difference between the two forms is a pronounced loss of mass from the "peak" of the native Env spike. The apparent loss of contact among three gp120 protomers likely accounts for the more open structure, heterogeneity in configuration, and previous observations that broadly neutralizing epitopes and reactive sites on other structural elements are more exposed in such constructs. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1814.map.gz | 214.5 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1814-v30.xml emd-1814.xml | 7.3 KB 7.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_1814.png | 90 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1814 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1814 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1814_validation.pdf.gz | 187.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1814_full_validation.pdf.gz | 186.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1814_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1814 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1814 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 230.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | This is a map for HIV-1 Envelope spike with the v1v2 loop deleted | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 R3A deleteV1V2 virus
全体 | 名称: HIV-1 R3A deleteV1V2 virus |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: HIV-1 R3A deleteV1V2 virus
超分子 | 名称: HIV-1 R3A deleteV1V2 virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample is ice-embeded / Number unique components: 1 |
---|
-超分子 #1: Envelope glycoprotein
超分子 | 名称: Envelope glycoprotein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: HIV-1 virus / 組換発現: Yes / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: R3A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
---|
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 平均電子線量: 100 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダー: Multi-specimen holer / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Protomo and I3 |
---|
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
---|---|
精密化 | 空間: REAL |