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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1806 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron tomography derived density map of a conserved retroviral RNA packaging element from Moloney Murine Leukemia Virus. | |||||||||
マップデータ | The final average of 38 subvolumes of two sets of two stem loop structures (CD2) of MoMuLV. | |||||||||
試料 |
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キーワード | cryo-ET / tomography / retroviral RNA / MoMuLV / Moloney Murine Leukemia Virus / double hairpin | |||||||||
生物種 | Moloney murine leukemia virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Miyazaki Y / Irobalieva RN / Tolbert B / Smalls-Mantey A / Iyalla K / Loeliger K / DSouza V / Khant H / Schmid MF / Garcia E ...Miyazaki Y / Irobalieva RN / Tolbert B / Smalls-Mantey A / Iyalla K / Loeliger K / DSouza V / Khant H / Schmid MF / Garcia E / Telesnitsky A / Chiu W / Summers MF | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2010 タイトル: Structure of a conserved retroviral RNA packaging element by NMR spectroscopy and cryo-electron tomography. 著者: Yasuyuki Miyazaki / Rossitza N Irobalieva / Blanton S Tolbert / Adjoa Smalls-Mantey / Kilali Iyalla / Kelsey Loeliger / Victoria D'Souza / Htet Khant / Michael F Schmid / Eric L Garcia / ...著者: Yasuyuki Miyazaki / Rossitza N Irobalieva / Blanton S Tolbert / Adjoa Smalls-Mantey / Kilali Iyalla / Kelsey Loeliger / Victoria D'Souza / Htet Khant / Michael F Schmid / Eric L Garcia / Alice Telesnitsky / Wah Chiu / Michael F Summers / 要旨: The 5'-untranslated regions of all gammaretroviruses contain a conserved "double-hairpin motif" (Ψ(CD)) that is required for genome packaging. Both hairpins (SL-C and SL-D) contain GACG tetraloops ...The 5'-untranslated regions of all gammaretroviruses contain a conserved "double-hairpin motif" (Ψ(CD)) that is required for genome packaging. Both hairpins (SL-C and SL-D) contain GACG tetraloops that, in isolated RNAs, are capable of forming "kissing" interactions stabilized by two intermolecular G-C base pairs. We have determined the three-dimensional structure of the double hairpin from the Moloney murine leukemia virus ([Ψ(CD)](2), 132 nt, 42.8 kDa) using a (2)H-edited NMR-spectroscopy-based approach. This approach enabled the detection of (1)H-(1)H dipolar interactions that were not observed in previous studies of isolated SL-C and SL-D hairpin RNAs using traditional (1)H-(1)H correlated and (1)H-(13)C-edited NMR methods. The hairpins participate in intermolecular cross-kissing interactions (SL-C to SL-D' and SLC' to SL-D) and stack in an end-to-end manner (SL-C to SL-D and SL-C' to SL-D') that gives rise to an elongated overall shape (ca 95 Å×45 Å×25 Å). The global structure was confirmed by cryo-electron tomography (cryo-ET), making [Ψ(CD)](2) simultaneously the smallest RNA to be structurally characterized to date by cryo-ET and among the largest to be determined by NMR. Our findings suggest that, in addition to promoting dimerization, [Ψ(CD)](2) functions as a scaffold that helps initiate virus assembly by exposing a cluster of conserved UCUG elements for binding to the cognate nucleocapsid domains of assembling viral Gag proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1806.map.gz | 939.6 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1806-v30.xml emd-1806.xml | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1806.png | 47.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1806 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1806 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1806_validation.pdf.gz | 202.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1806_full_validation.pdf.gz | 201.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1806_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1806 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1806 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1806.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The final average of 38 subvolumes of two sets of two stem loop structures (CD2) of MoMuLV. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.487 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : MLV Tandem Hairpin RNA
全体 | 名称: MLV Tandem Hairpin RNA |
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要素 |
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-超分子 #1000: MLV Tandem Hairpin RNA
超分子 | 名称: MLV Tandem Hairpin RNA / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: RNA synthesized by in vitro transcription and purified by polyacrylamide gel electrophoresis. Sequence of the RNA confirmed by NMR. 集合状態: Homodimer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 42.8 KDa / 手法: Not determined but identity confirmed by NMR |
-分子 #1: MLV Tandem Hairpin RNA
分子 | 名称: MLV Tandem Hairpin RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: MLV Tandem Hairpin RNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Moloney murine leukemia virus (ウイルス) / 別称: Moloney Murine Leukemia Virus |
分子量 | 理論値: 42.8 KDa |
配列 | 文字列: GGCGGACCCG UGGUGGAACA GACGUGUUCG GAACACCCGG CCGCAACCCU GGGAGACGUC CCAGGG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
-試料調製
濃度 | 1.03 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 詳細: Tris buffer, pH 7.0, containing 140 mM KCl and 2 mM MgCl2 |
グリッド | 詳細: 200 mesh gold grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot Mark III / 手法: 1 blot, 1 second |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FSC |
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温度 | 最低: 98 K / 最高: 98 K / 平均: 98 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In column Omega-type filter |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k) 平均電子線量: 85 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 23123 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 倍率(公称値): 20000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 70 degree holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
-画像解析
詳細 | Tomogram was reconstructed using IMOD. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 60. Average tomographic tilt angle increment: 2. |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD / 詳細: Final map was an average of 38 subvolumes. |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, X-plor |
詳細 | Protocol: Distance geometry refinement with the Cyana software package using NMR-derived restraints. The cryo-ET data were not employed as refinement restraints. The determined NMR structure (2LIF) was fitted into the cryo-ET density map using Chimera and X-plor. |
精密化 | 空間: REAL 当てはまり具合の基準: Lowest target functions, equals sum of the square of the distance and angle restraint violations |