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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1803 | |||||||||
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タイトル | Conformational flexibility of RNA polymerase III during transcriptional elongation | |||||||||
マップデータ | RNA Polymerase III elongation complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transcription / RNA polymerase III / elongation complex / transcription initiation / transcription elongation / transcription termination | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Fernandez-Tornero C / Bottcher B / Rashid UJ / Steuerwald U / Florchinger B / Devos DP / Lindner D / Muller CW | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2010 タイトル: Conformational flexibility of RNA polymerase III during transcriptional elongation. 著者: Carlos Fernández-Tornero / Bettina Böttcher / Umar Jan Rashid / Ulrich Steuerwald / Beate Flörchinger / Damien P Devos / Doris Lindner / Christoph W Müller / 要旨: RNA polymerase (Pol) III is responsible for the transcription of genes encoding small RNAs, including tRNA, 5S rRNA and U6 RNA. Here, we report the electron cryomicroscopy structures of yeast Pol III ...RNA polymerase (Pol) III is responsible for the transcription of genes encoding small RNAs, including tRNA, 5S rRNA and U6 RNA. Here, we report the electron cryomicroscopy structures of yeast Pol III at 9.9 Å resolution and its elongation complex at 16.5 Å resolution. Particle sub-classification reveals prominent EM densities for the two Pol III-specific subcomplexes, C31/C82/C34 and C37/C53, that can be interpreted using homology models. While the winged-helix-containing C31/C82/C34 subcomplex initiates transcription from one side of the DNA-binding cleft, the C37/C53 subcomplex accesses the transcription bubble from the opposite side of this cleft. The transcribing Pol III enzyme structure not only shows the complete incoming DNA duplex, but also reveals the exit path of newly synthesized RNA. During transcriptional elongation, the Pol III-specific subcomplexes tightly enclose the incoming DNA duplex, which likely increases processivity and provides structural insights into the conformational switch between Pol III-mediated initiation and elongation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1803.map.gz | 2.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1803-v30.xml emd-1803.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1803.png | 117.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1803 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1803 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1803_validation.pdf.gz | 203.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1803_full_validation.pdf.gz | 203 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1803_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1803 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1803 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1803.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | RNA Polymerase III elongation complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : RNA Polymerase III elongation complex
全体 | 名称: RNA Polymerase III elongation complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: RNA Polymerase III elongation complex
超分子 | 名称: RNA Polymerase III elongation complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample was monodisperse / 集合状態: Transcription bubble, RNA Pol III complex / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa / 手法: Native mass spectrometry |
-分子 #1: Transcription bubble
分子 | 名称: Transcription bubble / タイプ: other / ID: 1 詳細: An artificial transcription bubble was prepared as described (Kettenberger et al., 2004) and was added in five molar excess to purified Pol III. Unbound transcription bubble was subsequently ...詳細: An artificial transcription bubble was prepared as described (Kettenberger et al., 2004) and was added in five molar excess to purified Pol III. Unbound transcription bubble was subsequently removed using size exclusion chromatography 分類: DNA/RNA / Structure: OTHER / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 30 KDa |
-分子 #2: RNA Polymerase III
分子 | 名称: RNA Polymerase III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Pol III / 集合状態: One complex of 17 different polypeptides / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Nuclear |
分子量 | 実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 10 mM Tris pH 7.5, 100 mM ammonium sulphate, 10 mM DTT. |
グリッド | 詳細: Lacey carbon film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: Controlled environment, self-built 手法: Blot for 15 s in controlled environment chamber before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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温度 | 平均: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Astigmatism was corrected at 200,000 times magnification |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 39 / ビット/ピクセル: 8 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | ca. 23892 particles were sorted into four groups according to the compositional differences. The reconstruction shows the most complete species and represents ca. 49% of the particle population. |
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CTF補正 | 詳細: Each particle, phase flipped |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 詳細: Maps were calculated from defocus groups,and added. / 使用した粒子像数: 11700 |