EMDB-18021: global refinement of C respirasome, murine liver

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-18021

タイトル

global refinement of C respirasome, murine liver

マップデータ

global refinement of C respirasome

試料

複合体: C respirasome from murine liver

キーワード

Respiratory chain super complex / mammalian mitochondria / MEMBRANE PROTEIN

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Vercellino I / Sazanov LA

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: SCAF1 drives the compositional diversity of mammalian respirasomes.
著者: Vercellino I / Sazanov LA

履歴

登録	2023年7月25日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年4月17日	-
マップ公開	2024年4月17日	-
更新	2024年7月31日	-
現状	2024年7月31日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_18021.map.gz	769.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-18021-v30.xml emd-18021.xml	24.8 KB 24.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_18021_fsc.xml	21.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_18021.png	152.3 KB
Filedesc metadata	emd-18021.cif.gz	4.6 KB
その他	emd_18021_half_map_1.map.gz emd_18021_half_map_2.map.gz	672.2 MB 672.2 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18021	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_18021_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_18021_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	emd_18021_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_18021_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18021	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	17989C 17990C 17991C 18011C 18012C 18013C 18014C 18015C 18017C 18018C 18019C 18020C 18022C 18023C 18024C 18025C 18026C 18027C 19085C 19086C 19087C 19088C 19089C 19090C 19091C 19092C 19093C 19105C 19106C 19107C 19145C 19146C 19147C 19148C 8pw5C 8pw6C 8pw7C 8rgpC 8rgqC 8rgrC 8rgtC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_18021.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

global refinement of C respirasome

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.06 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.025
最小 - 最大	-0.07426976 - 0.1893525
平均 (標準偏差)	0.0000069935877 (±0.005434721)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : C respirasome from murine liver

全体	名称: C respirasome from murine liver
要素	複合体: C respirasome from murine liver

-
超分子 #1: C respirasome from murine liver

超分子	名称: C respirasome from murine liver / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#67
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: CD1 / 器官: liver / Organelle: mitochondria
分子量	理論値: 1.7 MDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

0.3 mg/mL

緩衝液

pH: 7.7
構成要素:

濃度	式	名称
50.0 mM	NaCl	sodium chloride
20.0 mM	C₈H₁₈N₂O₄S	HEPES
2.0 mM	C₁₀H₁₆N₂O₈	EDTA

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9453 / 平均露光時間: 4.4 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 1758187
初期モデル	モデルのタイプ: OTHER 詳細: map obtained from previous processing of test dataset
最終再構成	使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 103207
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類	クラス数: 4

-
原子モデル構築 1

初期モデル

PDB ID	Chain	詳細
6g2j	source_name: PDB, initial_model_type: experimental model	CI
7o3c	source_name: PDB, initial_model_type: experimental model	CIII and CIV

詳細

initial fitting done in chimera

精密化

プロトコル: RIGID BODY FIT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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