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- EMDB-1800: Single particle cryo-electron microscopy analysis of CD4 bound HI... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1800
タイトルSingle particle cryo-electron microscopy analysis of CD4 bound HIV-1 Env
マップデータThis is an image of a surface rendered CD4 bound HIV-1 Env
試料
  • 試料: CD4 bound HIV-1 Env
  • タンパク質・ペプチド: gp160deltaCTSOS
  • タンパク質・ペプチド: soluble CD4 (2 domain)
キーワードHIV-1 spike / Membrane Fusion / Structural Transition / Cryo-EM / Single Particle
機能・相同性: / T-cell surface antigen CD4 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / viral envelope
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Wu SR / Loving R / Lindqvist B / Hebert H / Koeck P / Sjoberg M / Garoff H
引用ジャーナル: AIDS Res Hum Retroviruses / 年: 1990
タイトル: Escherichia coli expression, purification, and biological activity of a truncated soluble CD4.
著者: R L Garlick / R J Kirschner / F M Eckenrode / W G Tarpley / C S Tomich /
要旨: A truncated molecule containing the N-terminal 183 amino acid residues of CD4 (sCD4-183) has been produced in Escherichia coli at high levels, using the trp promoter and an AT-rich ribosome binding ...A truncated molecule containing the N-terminal 183 amino acid residues of CD4 (sCD4-183) has been produced in Escherichia coli at high levels, using the trp promoter and an AT-rich ribosome binding site to direct expression in a pBR322-derived vector. A culture has been selected which allows large-scale fermentation and production of this material as an insoluble inclusion body protein. Procedures which solubilize, refold, and purify sCD4-183 have been developed. The purified sCD4-183 binds gp120 in solution and blocks human immunodeficiency virus (HIV) infection of human peripheral blood lymphocytes in vitro.
履歴
登録2010年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年10月13日-
マップ公開2010年10月29日-
更新2012年5月24日-
現状2012年5月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD_1800.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1800.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an image of a surface rendered CD4 bound HIV-1 Env
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.5 Å/pix.
x 72 pix.
= 252. Å		3.5 Å/pix.
x 72 pix.
= 252. Å		3.5 Å/pix.
x 72 pix.
= 252. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.3 / ムービー #1: 2.6
最小 - 最大-3.59058 - 5.97472
平均 (標準偏差)0.0786333 (±1.02616)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 252 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z252.000252.000252.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-150-149
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-3.5915.9750.079

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CD4 bound HIV-1 Env

全体名称: CD4 bound HIV-1 Env
要素
  • 試料: CD4 bound HIV-1 Env
  • タンパク質・ペプチド: gp160deltaCTSOS
  • タンパク質・ペプチド: soluble CD4 (2 domain)

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超分子 #1000: CD4 bound HIV-1 Env

超分子名称: CD4 bound HIV-1 Env / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: Trimer / Number unique components: 2
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 500 KDa / 手法: Blue Native PAGE

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分子 #1: gp160deltaCTSOS

分子名称: gp160deltaCTSOS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: HIV-1 Env / コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: JR-FL / 別称: HIV-1
分子量理論値: 420 KDa
組換発現生物種: 293T / 組換プラスミド: pCAGGS JRFL 160deltaCTSOS
配列GO: viral envelope
InterPro: Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120

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分子 #2: soluble CD4 (2 domain)

分子名称: soluble CD4 (2 domain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: sCD4-2d
詳細: sCD4-183 was obtained through the AIDS Research and Reference Reagent Program, Division of AIDS, NIAID, NIH
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 26 KDa
配列GO: GO: 0006948 / InterPro: T-cell surface antigen CD4

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1.8 mM CaCl2
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: No stain was applied
グリッド詳細: 200 mesh Cu Holey carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 3 seconds once before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
温度最低: 93 K / 最高: 96 K / 平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using online FFT
Legacy - Electron beam tilt params: No Tilt
日付2009年10月23日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 3.5 µm / 実像数: 336 / 平均電子線量: 9 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 43300
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The 3D structures reconstructed by processing particle images using standard single particle procedure in EMAN version 1.9.
CTF補正詳細: Each Digitized Image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 9870
最終 2次元分類クラス数: 131

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3jwd


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: O
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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