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- EMDB-1742: Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-Coa,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1742
タイトルPyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-Coa, AMP-PNP, KHCO3 and oxaloacetate (based on a subset obtained after maximum likelihood based classification)
マップデータPyruvate carboxylase from S. aureus after addition of actyl-CoA, AMP-PNP, KHCO3 and oxaloacetate (based on a subset obtained after maximum likelihood based classification)
試料
  • 試料: Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-Coa, AMP-PNP, KHCO3 and oxaloacetate (based on a subset obtained after maximum likelihood based classification)
  • タンパク質・ペプチド: Pyruvate carboxylase
キーワードPyruvate carboxylase / Biotin-dependent / Acetyl-CoA / Multifunctional / Pyruvate / Oxaloacetate / AMP-PNP / EC 6.4.1.1 / Ligase / Maximum likelihood based classification
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.1 Å
データ登録者Lasso G / Yu LPC / Gil D / Xiang S / Tong L / Valle M
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Cryo-EM analysis reveals new insights into the mechanism of action of pyruvate carboxylase.
著者: Gorka Lasso / Linda P C Yu / David Gil / Song Xiang / Liang Tong / Mikel Valle /
要旨: Pyruvate carboxylase (PC) is a conserved multifunctional enzyme linked to important metabolic diseases. PC homotetramer is arranged in two layers with two opposing monomers per layer. Cryo-EM ...Pyruvate carboxylase (PC) is a conserved multifunctional enzyme linked to important metabolic diseases. PC homotetramer is arranged in two layers with two opposing monomers per layer. Cryo-EM explores the conformational variability of PC in the presence of different substrates. The results demonstrate that the biotin-carboxyl carrier protein (BCCP) domain localizes near the biotin carboxylase (BC) domain of its own monomer and travels to the carboxyltransferase (CT) domain of the opposite monomer. All density maps show noticeable conformational differences between layers, mainly for the BCCP and BC domains. This asymmetry may be indicative of a coordination mechanism where monomers from different layers catalyze the BC and CT reactions consecutively. A conformational change of the PC tetramerization (PT) domain suggests a new functional role in communication. A long-range communication pathway between subunits in different layers, via interacting PT-PT and BC-BC domains, may be responsible for the cooperativity of PC from Staphylococcus aureus.
履歴
登録2010年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年6月11日-
マップ公開2011年5月20日-
更新2011年5月20日-
現状2011年5月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.48
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.48
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD1742.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1742.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 25.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of actyl-CoA, AMP-PNP, KHCO3 and oxaloacetate (based on a subset obtained after maximum likelihood based classification)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.75 Å/pix.
x 190 pix.
= 332.5 Å		1.75 Å/pix.
x 190 pix.
= 332.5 Å		1.75 Å/pix.
x 190 pix.
= 332.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.48 / ムービー #1: 2.48
最小 - 最大-4.71651 - 9.741210000000001
平均 (標準偏差)0.00000000390794 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ190190190
Spacing190190190
セルA=B=C: 332.5 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.751.751.75
M x/y/z190190190
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.500332.500332.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-100-100-100
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS190190190
D min/max/mean-4.7179.7410.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-Coa,...

全体名称: Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-Coa, AMP-PNP, KHCO3 and oxaloacetate (based on a subset obtained after maximum likelihood based classification)
要素
  • 試料: Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-Coa, AMP-PNP, KHCO3 and oxaloacetate (based on a subset obtained after maximum likelihood based classification)
  • タンパク質・ペプチド: Pyruvate carboxylase

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超分子 #1000: Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-Coa,...

超分子名称: Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-Coa, AMP-PNP, KHCO3 and oxaloacetate (based on a subset obtained after maximum likelihood based classification)
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Homotetramer / Number unique components: 1

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分子 #1: Pyruvate carboxylase

分子名称: Pyruvate carboxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: PC / 集合状態: Homotetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 520 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 Star / 組換プラスミド: pET28a

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris HCl, 2mM NaCl, 2mM DTT, 2mM acetyl-CoA, 2mM AMP-PNP, 50mM KHCO3, 10 mM oxaloacetate
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-EM
グリッド詳細: Quantifoil R2/2, 100 holey carbon films, Cu 200 mesh
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot (FEI) / Timed resolved state: 45 sec / 手法: Blot for 1.5 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度平均: 99 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.75 µm / 平均電子線量: 11 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: Single tilt cryoholder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: By defocus groups (Wiener filter)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider xmipp
詳細: The map was obtained from a subset of particles obtained after maximum likelihood classification
使用した粒子像数: 20695
最終 角度割当詳細: Spider

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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