[日本語] English
万見
- EMDB-17146: 70S ribosome with additional S4-LSU in native untreated Mycoplasm... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17146
タイトル70S ribosome with additional S4-LSU in native untreated Mycoplasma pneumoniae cells
マップデータ
試料
  • 細胞: Native untreated Mycoplasma pneumoniae M129 cells
キーワードIn situ / Ribosome heterogeneity / S4 / cryo-ET / RIBOSOME
生物種Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Xue L / Mahamid J
資金援助European Union, ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)760067European Union
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell.
著者: Liang Xue / Swantje Lenz / Maria Zimmermann-Kogadeeva / Dimitry Tegunov / Patrick Cramer / Peer Bork / Juri Rappsilber / Julia Mahamid /
要旨: Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to ...Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to visualize the structural dynamics of translation inside the bacterium Mycoplasma pneumoniae. To interpret the functional states in detail, we first obtain a high-resolution in-cell average map of all translating ribosomes and build an atomic model for the M. pneumoniae ribosome that reveals distinct extensions of ribosomal proteins. Classification then resolves 13 ribosome states that differ in their conformation and composition. These recapitulate major states that were previously resolved in vitro, and reflect intermediates during active translation. On the basis of these states, we animate translation elongation inside native cells and show how antibiotics reshape the cellular translation landscapes. During translation elongation, ribosomes often assemble in defined three-dimensional arrangements to form polysomes. By mapping the intracellular organization of translating ribosomes, we show that their association into polysomes involves a local coordination mechanism that is mediated by the ribosomal protein L9. We propose that an extended conformation of L9 within polysomes mitigates collisions to facilitate translation fidelity. Our work thus demonstrates the feasibility of visualizing molecular processes at atomic detail inside cells.
履歴
登録2023年4月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2025年2月26日-
現状2025年2月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_17146.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.7 Å/pix.
x 256 pix.
= 435.328 Å		1.7 Å/pix.
x 256 pix.
= 435.328 Å		1.7 Å/pix.
x 256 pix.
= 435.328 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7005 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-1.4591585 - 3.0777094
平均 (標準偏差)0.02417646 (±0.1421145)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 435.328 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_17146_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half maps from RELION

ファイルemd_17146_half_map_1.map
注釈half maps from RELION
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half maps from RELION

ファイルemd_17146_half_map_2.map
注釈half maps from RELION
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Native untreated Mycoplasma pneumoniae M129 cells

全体名称: Native untreated Mycoplasma pneumoniae M129 cells
要素
  • 細胞: Native untreated Mycoplasma pneumoniae M129 cells

-
超分子 #1: Native untreated Mycoplasma pneumoniae M129 cells

超分子名称: Native untreated Mycoplasma pneumoniae M129 cells / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: cryo-electron tomograms of untreated Mycoplasma pneumoniae cells growing in the fast-growing phase
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: The modified Hayflick medium: 14.7g/L Difco PPLO(Becton Dickinson), 20% (v/v) Gibco horse serum(New Zealand origin), 100 mM HEPES-Na; pH 7.4, 1% (w/w) glucose, 0.002% (w/w) phenol red, 1000 U/mL penicillin G.
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細: Back-side blotting for 2-3 second before plunging using a manual plunger without an environmental chamber..
詳細Mycoplasma pneumoniae M129 cells grown on gold Quantifoil grids at 37 degrees Celsius before plunge freezing.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / 使用したサブトモグラム数: 21831
抽出トモグラム数: 356 / 使用した粒子像数: 77539
ソフトウェア: (名称: PyTom (ver. 0.9.7.1), Warp (ver. 1.0.7))
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
詳細: 3D classification in RELION using a spherical mask focusing on the extra S4 on the large ribosomal subunit. Multiple jobs were performed.
最終 角度割当タイプ: OTHER
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.0.7), Warp (ver. 1.0.7))
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る