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万見
- EMDB-1714: Asymmetric structure of the empty Prochlorococcus Cyanophage P-SSP7 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1714
タイトルAsymmetric structure of the empty Prochlorococcus Cyanophage P-SSP7
マップデータAsymmetric structure of the empty Prochlorococcus Cyanophage P-SSP7
試料
  • 試料: Empty cyanophage P-SSP7
  • ウイルス: Prochlorococcus phage P-SSP7 (ファージ)
キーワードMarine Podovirus / T7-like virus / Prochlorococcus MED4
生物種Prochlorococcus phage P-SSP7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Liu X / Zhang Q / Murata K / Baker ML / Sullivan MB / Fu C / Dougherty M / Schmid MF / Osburne MS / Chisholm SW / Chiu W
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2010
タイトル: Structural changes in a marine podovirus associated with release of its genome into Prochlorococcus.
著者: Xiangan Liu / Qinfen Zhang / Kazuyoshi Murata / Matthew L Baker / Matthew B Sullivan / Caroline Fu / Matthew T Dougherty / Michael F Schmid / Marcia S Osburne / Sallie W Chisholm / Wah Chiu /
要旨: Podovirus P-SSP7 infects Prochlorococcus marinus, the most abundant oceanic photosynthetic microorganism. Single-particle cryo-electron microscopy yields icosahedral and asymmetrical structures of ...Podovirus P-SSP7 infects Prochlorococcus marinus, the most abundant oceanic photosynthetic microorganism. Single-particle cryo-electron microscopy yields icosahedral and asymmetrical structures of infectious P-SSP7 with 4.6-A and 9-A resolution, respectively. The asymmetric reconstruction reveals how symmetry mismatches are accommodated among five of the gene products at the portal vertex. Reconstructions of infectious and empty particles show a conformational change of the 'valve' density in the nozzle, an orientation difference in the tail fibers, a disordering of the C terminus of the portal protein and the disappearance of the core proteins. In addition, cryo-electron tomography of P-SSP7 infecting Prochlorococcus showed the same tail-fiber conformation as that in empty particles. Our observations suggest a mechanism whereby, upon binding to the host cell, the tail fibers induce a cascade of structural alterations of the portal vertex complex that triggers DNA release.
履歴
登録2010年4月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年6月11日-
マップ公開2010年6月11日-
更新2013年3月13日-
現状2013年3月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

pssp7-empty-...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1714.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 412 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Asymmetric structure of the empty Prochlorococcus Cyanophage P-SSP7
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.34 Å/pix.
x 480 pix.
= 1123.2 Å		2.34 Å/pix.
x 480 pix.
= 1123.2 Å		2.34 Å/pix.
x 480 pix.
= 1123.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-1.25109 - 3.12401
平均 (標準偏差)0.0285824 (±0.182937)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-240-240-240
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 1123.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.342.342.34
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1123.2001123.2001123.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-240-240-240
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-1.2513.1240.029

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Empty cyanophage P-SSP7

全体名称: Empty cyanophage P-SSP7
要素
  • 試料: Empty cyanophage P-SSP7
  • ウイルス: Prochlorococcus phage P-SSP7 (ファージ)

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超分子 #1000: Empty cyanophage P-SSP7

超分子名称: Empty cyanophage P-SSP7 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Prochlorococcus phage P-SSP7

超分子名称: Prochlorococcus phage P-SSP7 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Cyanophage
詳細: Viral particle containing portal (gp8), capsid (gp10), adaptor (gp11), nozzle (gp12), tail fibers (gp17) proteins.
NCBI-ID: 268748 / 生物種: Prochlorococcus phage P-SSP7 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: Cyanophage
宿主生物種: Prochlorococcus (バクテリア) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 655 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 100 mM MgSO4, 30 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: No stain
グリッド詳細: 200 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / チャンバー内温度: 101 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot / 手法: Blot for 2 seconds 2 times before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
温度最低: 4.5 K / 最高: 102 K / 平均: 101 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 400,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 15.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細MDS
日付2007年8月31日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 1059 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MPSA
詳細: The map was directly reconstructed from raw particle images without imposing any symmetry.
使用した粒子像数: 1200
最終 角度割当詳細: EMAN: Z axis along 5-fold and Y axis along 2-fold asymmetry axis.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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