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- EMDB-17134: 2.9Angstrom 50S ribosome focused-refined map in chloramphenicol-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17134
タイトル2.9Angstrom 50S ribosome focused-refined map in chloramphenicol-treated Mycoplasma pneumoniae cells
マップデータRELION postprocess, masked map
試料
  • 細胞: Mycoplasma pneumoniae M129 cells treated with chloramphenicol
キーワードIn situ / cryo-electron tomography / bacterial ibosome / Chloramphenicol / antibiotic / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / protein transport / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit ...peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / protein transport / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / response to antibiotic / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. ...Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / : / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / : / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / L28p-like / : / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Trigger factor / Large ribosomal subunit protein bL27 ...Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Trigger factor / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Xue L / Spahn C / Schacherl M / Mahamid J
資金援助 米国, ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
Chan Zuckerberg InitiativeVisual Proteomics Imaging 米国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into context-dependent inhibitory mechanisms of chloramphenicol in cells.
著者: Liang Xue / Christian M T Spahn / Magdalena Schacherl / Julia Mahamid /
要旨: Ribosome-targeting antibiotics represent an important class of antimicrobial drugs. Chloramphenicol (Cm) is a well-studied ribosomal peptidyl transferase center (PTC) binder and growing evidence ...Ribosome-targeting antibiotics represent an important class of antimicrobial drugs. Chloramphenicol (Cm) is a well-studied ribosomal peptidyl transferase center (PTC) binder and growing evidence suggests that its inhibitory action depends on the sequence of the nascent peptide. How such selective inhibition on the molecular scale manifests on the cellular level remains unclear. Here, we use cryo-electron tomography to analyze the impact of Cm inside the bacterium Mycoplasma pneumoniae. By resolving the Cm-bound ribosomes to 3.0 Å, we elucidate Cm's coordination with natural nascent peptides and transfer RNAs in the PTC. We find that Cm leads to the accumulation of a number of translation elongation states, indicating ongoing futile accommodation cycles, and to extensive ribosome collisions. We, thus, suggest that, beyond its direct inhibition of protein synthesis, the action of Cm may involve the activation of cellular stress responses. This work exemplifies how in-cell structural biology can expand the understanding of mechanisms of action for extensively studied antibiotics.
履歴
登録2023年4月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2025年2月26日-
現状2025年2月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17134.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17134.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 255.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RELION postprocess, masked map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 406 pix.
= 539.574 Å		1.33 Å/pix.
x 406 pix.
= 539.574 Å		1.33 Å/pix.
x 406 pix.
= 539.574 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.329 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.002
最小 - 最大-0.0112624215 - 0.020823242
平均 (標準偏差)0.000011470096 (±0.0003568084)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ406406406
Spacing406406406
セルA=B=C: 539.574 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17134_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: postprocess map from M

ファイルemd_17134_additional_1.map
注釈postprocess map from M
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: RELION postprocess, unmasked map

ファイルemd_17134_additional_2.map
注釈RELION postprocess, unmasked map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: RELION postprocess, using positive B factor 120 to...

ファイルemd_17134_additional_3.map
注釈RELION postprocess, using positive B factor 120 to blur the map for modelling of flexible parts such as the nascent peptide
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half maps from M

ファイルemd_17134_half_map_1.map
注釈half maps from M
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half maps from M

ファイルemd_17134_half_map_2.map
注釈half maps from M
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycoplasma pneumoniae M129 cells treated with chloramphenicol

全体名称: Mycoplasma pneumoniae M129 cells treated with chloramphenicol
要素
  • 細胞: Mycoplasma pneumoniae M129 cells treated with chloramphenicol

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超分子 #1: Mycoplasma pneumoniae M129 cells treated with chloramphenicol

超分子名称: Mycoplasma pneumoniae M129 cells treated with chloramphenicol
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: The modified Hayflick medium: 14.7g/L Difco PPLO(Becton Dickinson), 20% (v/v) Gibco horse serum(New Zealand origin), 100 mM HEPES-Na; pH 7.4, 1% (w/w) glucose, 0.002% (w/w) phenol red, 1000 U/mL penicillin G.
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Back-side blotting for 2-3 seconds before plunging using a manual plunger without an environmental control chamber..
詳細Mycoplasma pneumoniae M129 cells were grown on gold Quantifoil grids at 37 Celsius in the modified Hayflick medium. Treatment with chloramphenicol at the final concentration of 0.2 mg/ml was performed for about 15 minutes before plunge freezing.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 1 / 平均電子線量: 3.34 e/Å2
詳細: Gatan K3 camera in non-CDS counting mode, targeted dose rate on camera ~20 e/pixel/second, 10 frames per tilt image, constant exposure time for each tilt, pixel size 1.329A
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) / ソフトウェア - 詳細: Warp/M / 詳細: half maps from Warp/M / 使用したサブトモグラム数: 30774
抽出トモグラム数: 139 / 使用した粒子像数: 30774
ソフトウェア: (名称: PyTom (ver. 0.9.7.1), Warp (ver. 1.0.9))
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
ソフトウェア - 詳細: Class3D to remove bad particles
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア:
名称詳細
RELION (ver. 3.0.8)Refine3D
Warp (ver. 1.0.9)Warp/M uses RELION alignments as inputs and do multi-particle refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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