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万見
- EMDB-1693: Cryo-EM reconstruction of Phage Gifsy-2 expanded procapsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1693
タイトルCryo-EM reconstruction of Phage Gifsy-2 expanded procapsid
マップデータGifsy-2 expanded procapsid
試料
  • 試料: Bacteriophage Gifsy-2 capsid purified from Salmonella Typhimurium
  • ウイルス: Phage Gifsy-2 (ファージ)
キーワードBacteriophage / Gifsy-2 / capsid
生物種Phage Gifsy-2 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.3 Å
データ登録者Effantin G / Figueroa-Bossi N / Schoehn G / Bossi L / Conway JF
引用ジャーナル: Virology / 年: 2010
タイトル: The tripartite capsid gene of Salmonella phage Gifsy-2 yields a capsid assembly pathway engaging features from HK97 and lambda.
著者: Grégory Effantin / Nara Figueroa-Bossi / Guy Schoehn / Lionello Bossi / James F Conway /
要旨: Phage Gifsy-2, a lambdoid phage infecting Salmonella, has an unusually large composite gene coding for its major capsid protein (mcp) at the C-terminal end, a ClpP-like protease at the N-terminus, ...Phage Gifsy-2, a lambdoid phage infecting Salmonella, has an unusually large composite gene coding for its major capsid protein (mcp) at the C-terminal end, a ClpP-like protease at the N-terminus, and a approximately 200 residue central domain of unknown function but which may have a scaffolding role. This combination of functions on a single coding region is more extensive than those observed in other phages such as HK97 (scaffold-capsid fusion) and lambda (protease-scaffold fusion). To study the structural phenotype of the unique Gifsy-2 capsid gene, we have purified Gifsy-2 particles and visualized capsids and procapsids by cryoelectron microscopy, determining structures to resolutions up to 12A. The capsids have lambdoid T=7 geometry and are well modeled with the atomic structures of HK97 mcp and phage lambda gpD decoration protein. Thus, the unique Gifsy-2 capsid protein gene yields a capsid maturation pathway engaging features from both phages HK97 and lambda.
履歴
登録2010年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年4月9日-
マップ公開2011年1月28日-
更新2012年10月10日-
現状2012年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 110
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 110
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-1693.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1693.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Gifsy-2 expanded procapsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.84 Å/pix.
x 411 pix.
= 410.766 Å		1.84 Å/pix.
x 411 pix.
= 410.766 Å		1.84 Å/pix.
x 411 pix.
= 410.766 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.842 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 110.0 / ムービー #1: 110
最小 - 最大-231.0 - 447.0
平均 (標準偏差)2.25031 (±62.774500000000003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ411411411
Spacing411411411
セルA=B=C: 410.766 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z1.8421.8421.842
M x/y/z223223223
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z410.766410.766410.766
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ121121121
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS411411411
D min/max/mean-231.000447.0002.250

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage Gifsy-2 capsid purified from Salmonella Typhimurium

全体名称: Bacteriophage Gifsy-2 capsid purified from Salmonella Typhimurium
要素
  • 試料: Bacteriophage Gifsy-2 capsid purified from Salmonella Typhimurium
  • ウイルス: Phage Gifsy-2 (ファージ)

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超分子 #1000: Bacteriophage Gifsy-2 capsid purified from Salmonella Typhimurium

超分子名称: Bacteriophage Gifsy-2 capsid purified from Salmonella Typhimurium
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 1 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Phage Gifsy-2

超分子名称: Phage Gifsy-2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Gifsy-2 / NCBI-ID: 129862 / 生物種: Phage Gifsy-2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: Gifsy-2
宿主生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 630 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris-HCl.pH7.5, 10 mM MgSO4
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Ammo
グリッド詳細: 300 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Home made manual plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200T
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.84 µm / 実像数: 51
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: pft - em3dr / 使用した粒子像数: 3281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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