+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Tomogram of GBP1 coatomers assembled on brain polar lipid-derived small unilamellar vesicles. | |||||||||
![]() | Electron cryotomogram of GBP1 coatomers on BPLE SUVs. | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | GBP1 / cryo-ET / liposome / coatomer / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
![]() | Kuhm TI / Jakobi AJ | |||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of membrane targeting and coatomer formation by GBP1. 著者: Kuhm TI / de Agrela Pinto C / Huber S / Taisne C / Giannopoulou EA / Pardon E / Steyaert J / Jakobi AJ | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.2 GB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 278.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() ![]() | 1.4 GB 1.4 GB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4.5 KB | ||
その他 | ![]() | 9.9 GB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 429.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Electron cryotomogram of GBP1 coatomers on BPLE SUVs. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.15 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unbinned electron cryotomogram of GBP1 coatomers on BPLE SUVs.
ファイル | emd_16813_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unbinned electron cryotomogram of GBP1 coatomers on BPLE SUVs. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Membrane-assembled coatomer formed by GDP-AlF3-stabilised GBP1 di...
全体 | 名称: Membrane-assembled coatomer formed by GDP-AlF3-stabilised GBP1 dimers on brain polar lipid-derived SUVs. |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Membrane-assembled coatomer formed by GDP-AlF3-stabilised GBP1 di...
超分子 | 名称: Membrane-assembled coatomer formed by GDP-AlF3-stabilised GBP1 dimers on brain polar lipid-derived SUVs. タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blotted for 4 seconds from the carbon side.. |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: CMC Utrecht / 直径: 10 nm |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-10 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 61 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 1.54 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 12000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
-
画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: ![]() |
---|