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万見
- EMDB-1666: Alpha-helical nascent polypeptide chains visualized within distin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1666
タイトルAlpha-helical nascent polypeptide chains visualized within distinct regions of the ribosomal exit tunnel
マップデータ80S.DPAP-RNC
試料
  • 試料: This map represents a wheat germ 80S ribosomal nascent chain complex with different nascent chains
  • 複合体: Ribosome
キーワードRibosome / Protein exit tunnel / co-translational protein folding
生物種Triticum sp. (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Bhushan S / Gartmann M / Halic M / Armache JP / Jarasch A / Mielke T / Berninghausen O / Wilson DN / Beckmann R
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2010
タイトル: alpha-Helical nascent polypeptide chains visualized within distinct regions of the ribosomal exit tunnel.
著者: Shashi Bhushan / Marco Gartmann / Mario Halic / Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Daniel N Wilson / Roland Beckmann /
要旨: As translation proceeds, the nascent polypeptide chain passes through a tunnel in the large ribosomal subunit. Although this ribosomal exit tunnel was once thought only to be a passive conduit for ...As translation proceeds, the nascent polypeptide chain passes through a tunnel in the large ribosomal subunit. Although this ribosomal exit tunnel was once thought only to be a passive conduit for the growing nascent chain, accumulating evidence suggests that it may in fact play a more active role in regulating translation and initial protein folding events. Here we have determined single-particle cryo-electron microscopy reconstructions of eukaryotic 80S ribosomes containing nascent chains with high alpha-helical propensity located within the exit tunnel. The maps enable direct visualization of density for helices as well as allowing the sites of interaction with the tunnel wall components to be elucidated. In particular regions of the tunnel, the nascent chain adopts distinct conformations and establishes specific contacts with tunnel components, both ribosomal RNA and proteins, that have been previously implicated in nascent chain-ribosome interaction.
履歴
登録2009年11月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年1月6日-
マップ公開2010年2月5日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 90
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 90
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1666.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1666.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈80S.DPAP-RNC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 456.32 Å		1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 456.32 Å		1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 456.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 47.0 / ムービー #1: 90
最小 - 最大-245.240000000000009 - 623.317999999999984
平均 (標準偏差)3.53117 (±34.907699999999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-184-184-183
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 456.32 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z456.320456.320456.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-184-184-183
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-245.240623.3183.531

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : This map represents a wheat germ 80S ribosomal nascent chain comp...

全体名称: This map represents a wheat germ 80S ribosomal nascent chain complex with different nascent chains
要素
  • 試料: This map represents a wheat germ 80S ribosomal nascent chain complex with different nascent chains
  • 複合体: Ribosome

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超分子 #1000: This map represents a wheat germ 80S ribosomal nascent chain comp...

超分子名称: This map represents a wheat germ 80S ribosomal nascent chain complex with different nascent chains
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 4.1 MDa / 理論値: 4.1 MDa / 手法: Known for 80S ribosomes

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超分子 #1: Ribosome

超分子名称: Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Triticum sp. (植物) / 別称: Bread wheat
分子量実験値: 4.1 MDa / 理論値: 4.1 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Hepes/KOH ph 7.5, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(oAc)2, 1.5 mM DTT, 0.1% (w/v) Nikol
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-EM
グリッド詳細: Quantifoil grids (3/3) with 2nm carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Virobot / 手法: Blot for 10 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度平均: 84 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.76 µm / 実像数: 140 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: Scanned at 5334 dpi / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 38000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: FEI Polara cartridge system / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Signature for particle selection and web for visual inspection
CTF補正詳細: Defocus group volumes
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 150000
最終 角度割当詳細: SPIDER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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