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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||
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タイトル | Human mitochondrial ribosome in complex with LRPPRC-SLIRP, A-site, P-site, E-site tRNAs and mRNA (focussed on SSU body) | ||||||||||||||||||
![]() | Local resolution filtered map masked refined on SSU body, fitted | ||||||||||||||||||
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![]() | mitochondrial translation / mRNA delivery / RIBOSOME | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Singh V / Itoh Y / Amunts A | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of LRPPRC-SLIRP-dependent translation by the mitoribosome 著者: Singh V / Conor J / Itoh Y / Soto T / Fontanesi F / Couvillian M / Huynen M / Churchman S / Barrientos A / Amunts A | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 559 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 69.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 907.5 MB 816.3 MB 816.9 MB 816.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Local resolution filtered map masked refined on SSU body, fitted | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map masked refined on SSU body, fitted
ファイル | emd_16408_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map masked refined on SSU body, fitted | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Raw unsharpened map masked refined on SSU body
ファイル | emd_16408_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Raw unsharpened map masked refined on SSU body | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Raw half map masked refined on SSU body
ファイル | emd_16408_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Raw half map masked refined on SSU body | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Raw half map masked refined on SSU body
ファイル | emd_16408_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Raw half map masked refined on SSU body | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human mitochondrial ribosome bound to LRPPRC-SLIRP, mRNA and tRNA...
全体 | 名称: Human mitochondrial ribosome bound to LRPPRC-SLIRP, mRNA and tRNAs in the A-site, P-site and E-site |
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要素 |
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-超分子 #1: Human mitochondrial ribosome bound to LRPPRC-SLIRP, mRNA and tRNA...
超分子 | 名称: Human mitochondrial ribosome bound to LRPPRC-SLIRP, mRNA and tRNAs in the A-site, P-site and E-site タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 41815 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |