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- EMDB-1615: Three-dimensional structure of YidC bound to the translating ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1615
タイトルThree-dimensional structure of YidC bound to the translating ribosome
マップデータThis map shows YidC bound to the tunnel exit region of an ribosome nascent chain complex
試料
  • 試料: YidC bound to a translating ribosome
  • 複合体: Ribosome nascent chain complex
  • タンパク質・ペプチド: YidC
キーワードmembrane protein insertion / ribosome / translation
機能・相同性: / protein insertion into membrane
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.4 Å
データ登録者Kohler R / Boehringer D / Greber B / Bingel-Erlenmeyer R / Collinson I / Schaffitzel C / Ban N
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2009
タイトル: YidC and Oxa1 form dimeric insertion pores on the translating ribosome.
著者: Rebecca Kohler / Daniel Boehringer / Basil Greber / Rouven Bingel-Erlenmeyer / Ian Collinson / Christiane Schaffitzel / Nenad Ban /
要旨: The YidC/Oxa1/Alb3 family of membrane proteins facilitates the insertion and assembly of membrane proteins in bacteria, mitochondria, and chloroplasts. Here we present the structures of both ...The YidC/Oxa1/Alb3 family of membrane proteins facilitates the insertion and assembly of membrane proteins in bacteria, mitochondria, and chloroplasts. Here we present the structures of both Escherichia coli YidC and Saccharomyces cerevisiae Oxa1 bound to E. coli ribosome nascent chain complexes determined by cryo-electron microscopy. Dimers of YidC and Oxa1 are localized above the exit of the ribosomal tunnel. Crosslinking experiments show that the ribosome specifically stabilizes the dimeric state. Functionally important and conserved transmembrane helices of YidC and Oxa1 were localized at the dimer interface by cysteine crosslinking. Both Oxa1 and YidC dimers contact the ribosome at ribosomal protein L23 and conserved rRNA helices 59 and 24, similarly to what was observed for the nonhomologous SecYEG translocon. We suggest that dimers of the YidC and Oxa1 proteins form insertion pores and share a common overall architecture with the SecY monomer.
履歴
登録2009年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年4月28日-
マップ公開2010年9月10日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 40
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 40
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1615_1615.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1615.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This map shows YidC bound to the tunnel exit region of an ribosome nascent chain complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.76 Å/pix.
x 108 pix.
= 406.08 Å		3.76 Å/pix.
x 108 pix.
= 406.08 Å		3.76 Å/pix.
x 108 pix.
= 406.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.76 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 40.0 / ムービー #1: 40
最小 - 最大-191.379999999999995 - 342.406999999999982
平均 (標準偏差)2.54968 (±27.297599999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ108108108
Spacing108108108
セルA=B=C: 406.08 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.763.763.76
M x/y/z108108108
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z406.080406.080406.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-17-17-200
NX/NY/NZ123123401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS108108108
D min/max/mean-191.380342.4072.550

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : YidC bound to a translating ribosome

全体名称: YidC bound to a translating ribosome
要素
  • 試料: YidC bound to a translating ribosome
  • 複合体: Ribosome nascent chain complex
  • タンパク質・ペプチド: YidC

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超分子 #1000: YidC bound to a translating ribosome

超分子名称: YidC bound to a translating ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量実験値: 2.6 MDa / 理論値: 2.6 MDa

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超分子 #1: Ribosome nascent chain complex

超分子名称: Ribosome nascent chain complex / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Translating ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 2.6 MDa / 理論値: 2.6 MDa

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分子 #1: YidC

分子名称: YidC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Membrane protein insertase / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 細胞中の位置: Membrane
分子量実験値: 62 KDa / 理論値: 62 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: peT24a
配列GO: protein insertion into membrane / InterPro: INTERPRO: IPR013308

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

グリッド詳細: 200 mesh copper
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Imagic-5 Spider / 使用した粒子像数: 24395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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