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- EMDB-15944: CryoEM structure of GroEL-GroES-ADP.AlF3-Rubisco, class II. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15944
タイトルCryoEM structure of GroEL-GroES-ADP.AlF3-Rubisco, class II.
マップデータ
試料
  • 複合体: GroEL-GroES-ADP.AlF3-Rubisco
    • タンパク質・ペプチド: Chaperonin GroEL
    • タンパク質・ペプチド: Co-chaperonin GroES
    • タンパク質・ペプチド: Ribulose bisphosphate carboxylase
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: POTASSIUM ION
キーワードGroEL / GroES / Chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-bisphosphate carboxylase / GroEL-GroES complex / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / chaperonin ATPase / virion assembly / : / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone ...ribulose-bisphosphate carboxylase / GroEL-GroES complex / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / chaperonin ATPase / virion assembly / : / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / monooxygenase activity / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type II / Chaperonin GroES, conserved site / Chaperonins cpn10 signature. / Chaperonin 10 Kd subunit / GroES chaperonin family / GroES chaperonin superfamily / Chaperonin 10 Kd subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal ...Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type II / Chaperonin GroES, conserved site / Chaperonins cpn10 signature. / Chaperonin 10 Kd subunit / GroES chaperonin family / GroES chaperonin superfamily / Chaperonin 10 Kd subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / GroES-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperonin GroEL / Co-chaperonin GroES / Ribulose bisphosphate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Gardner S / Saibil HR
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M009513/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM snapshots of non-native Rubisco bound to GroEL, GroEL-ADP.BeF3, and GroEL-GroES.
著者: Gardner S / Lukyanova N / Darrow MC / Thalassinos K / Saibil HR
履歴
登録2022年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年2月12日-
現状2025年2月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15944.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15944.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 448 pix.
= 380.522 Å		0.85 Å/pix.
x 448 pix.
= 380.522 Å		0.85 Å/pix.
x 448 pix.
= 380.522 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84938 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.7378143 - 1.3690245
平均 (標準偏差)0.0025617073 (±0.035144843)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 380.52225 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15944_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15944_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15944_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GroEL-GroES-ADP.AlF3-Rubisco

全体名称: GroEL-GroES-ADP.AlF3-Rubisco
要素
  • 複合体: GroEL-GroES-ADP.AlF3-Rubisco
    • タンパク質・ペプチド: Chaperonin GroEL
    • タンパク質・ペプチド: Co-chaperonin GroES
    • タンパク質・ペプチド: Ribulose bisphosphate carboxylase
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: POTASSIUM ION

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超分子 #1: GroEL-GroES-ADP.AlF3-Rubisco

超分子名称: GroEL-GroES-ADP.AlF3-Rubisco / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 802 KDa

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分子 #1: Chaperonin GroEL

分子名称: Chaperonin GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: chaperonin ATPase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 57.260504 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: AAKDVKFGND ARVKMLRGVN VLADAVKVTL GPKGRNVVLD KSFGAPTITK DGVSVAREIE LEDKFENMGA QMVKEVASKA NDAAGDGTT TATVLAQAII TEGLKAVAAG MNPMDLKRGI DKAVTAAVEE LKALSVPCSD SKAIAQVGTI SANSDETVGK L IAEAMDKV ...文字列:
AAKDVKFGND ARVKMLRGVN VLADAVKVTL GPKGRNVVLD KSFGAPTITK DGVSVAREIE LEDKFENMGA QMVKEVASKA NDAAGDGTT TATVLAQAII TEGLKAVAAG MNPMDLKRGI DKAVTAAVEE LKALSVPCSD SKAIAQVGTI SANSDETVGK L IAEAMDKV GKEGVITVED GTGLQDELDV VEGMQFDRGY LSPYFINKPE TGAVELESPF ILLADKKISN IREMLPVLEA VA KAGKPLL IIAEDVEGEA LATLVVNTMR GIVKVAAVKA PGFGDRRKAM LQDIATLTGG TVISEEIGME LEKATLEDLG QAK RVVINK DTTTIIDGVG EEAAIQGRVA QIRQQIEEAT SDYDREKLQE RVAKLAGGVA VIKVGAATEV EMKEKKARVE DALH ATRAA VEEGVVAGGG VALIRVASKL ADLRGQNEDQ NVGIKVALRA MEAPLRQIVL NCGEEPSVVA NTVKGGDGNY GYNAA TEEY GNMIDMGILD PTKVTRSALQ YAASVAGLMI TTECMVTDLP KNDAADLGAA GGMGGMGGMG GMM

UniProtKB: Chaperonin GroEL

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分子 #2: Co-chaperonin GroES

分子名称: Co-chaperonin GroES / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 10.400938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MNIRPLHDRV IVKRKEVETK SAGGIVLTGS AAAKSTRGEV LAVGNGRILE NGEVKPLDVK VGDIVIFNDG YGVKSEKIDN EEVLIMSES DILAIVEA

UniProtKB: Co-chaperonin GroES

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分子 #3: Ribulose bisphosphate carboxylase

分子名称: Ribulose bisphosphate carboxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribulose-bisphosphate carboxylase
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1
分子量理論値: 50.538918 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDQSSRYVNL ALKEEDLIAG GEHVLCAYIM KPKAGYGYVA TAAHFAAESS TGTNVEVCTT DDFTRGVDAL VYEVDEAREL TKIAYPVAL FDRNITDGKA MIASFLTLTM GNNQGMGDVE YAKMHDFYVP EAYRALFDGP SVNISALWKV LGRPEVDGGL V VGTIIKPK ...文字列:
MDQSSRYVNL ALKEEDLIAG GEHVLCAYIM KPKAGYGYVA TAAHFAAESS TGTNVEVCTT DDFTRGVDAL VYEVDEAREL TKIAYPVAL FDRNITDGKA MIASFLTLTM GNNQGMGDVE YAKMHDFYVP EAYRALFDGP SVNISALWKV LGRPEVDGGL V VGTIIKPK LGLRPKPFAE ACHAFWLGGD FIKNDEPQGN QPFAPLRDTI ALVADAMRRA QDETGEAKLF SANITADDPF EI IARGEYV LETFGENASH VALLVDGYVA GAAAITTARR RFPDNFLHYH RAGHGAVTSP QSKRGYTAFV HCKMARLQGA SGI HTGTMG FGKMEGESSD RAIAYMLTQD EAQGPFYRQS WGGMKACTPI ISGGMNALRM PGFFENLGNA NVILTAGGGA FGHI DGPVA GARSLRQAWQ AWRDGVPVLD YAREHKELAR AFESFPGDAD QIYPGWRKAL GVEDTRSALP A

UniProtKB: Ribulose bisphosphate carboxylase

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分子 #4: ALUMINUM FLUORIDE

分子名称: ALUMINUM FLUORIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: AF3
分子量理論値: 83.977 Da
Chemical component information

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 14 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 14 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #7: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 7 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: SPOTITON
詳細: The grid was prepared using a chameleon (SPT Labtech)..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 40.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 7712622
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1ss8

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 8237
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 8 / 平均メンバー数/クラス: 25000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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