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万見
- EMDB-1575: C-terminal domain of adenovirus serotype 5 protein IX assemble in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1575
タイトルC-terminal domain of adenovirus serotype 5 protein IX assemble into an anti-parallel structure
マップデータAdenovirus sy12 with anti-sy12 fab
試料
  • 試料: SY12 modified adenovirus 5 plus rabbit anti SY12 Fab
  • ウイルス: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
キーワードadenovirus / proteinIX / Fab
生物種Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Fabry CMS / Rosa-Calatrava M / Moriscot C / Ruigrok RWH / Boulanger P / Schoehn G
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2009
タイトル: The C-terminal domains of adenovirus serotype 5 protein IX assemble into an antiparallel structure on the facets of the capsid.
著者: Céline M S Fabry / Manuel Rosa-Calatrava / Christine Moriscot / Rob W H Ruigrok / Pierre Boulanger / Guy Schoehn /
要旨: Adenovirus serotype 5 protein IX (pIX) has two domains connected by a flexible linker. Three N-terminal domains form triskelions on the capsid facets that cement hexons together, and the C-terminal ...Adenovirus serotype 5 protein IX (pIX) has two domains connected by a flexible linker. Three N-terminal domains form triskelions on the capsid facets that cement hexons together, and the C-terminal domains of four monomers form complexes toward the facet periphery. Here we present a cryoelectron microscopy structure of recombinant adenovirus with a peptide tag added to the C terminus of pIX. The structure, made up by several C termini of pIX, is longer at both ends than the wild-type protein, and Fabs directed against the tag bind to both ends of the oligomer, demonstrating that the pIX C termini associate in an antiparallel manner.
履歴
登録2008年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年10月23日-
マップ公開2010年11月12日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: -90
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: -90
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1575.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Adenovirus sy12 with anti-sy12 fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.54 Å/pix.
x 447 pix.
= 1135.38 Å		2.54 Å/pix.
x 447 pix.
= 1135.38 Å		2.54 Å/pix.
x 447 pix.
= 1135.38 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 80.0 / ムービー #1: -90
最小 - 最大-758.0 - 702.0
平均 (標準偏差)-2.12962 (±91.939800000000005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-202-202-2
サイズ447447447
Spacing447447447
セルA=B=C: 1135.38 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z447447447
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1135.3801135.3801135.380
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-202-202-2
NC/NR/NS447447447
D min/max/mean-758.000702.000-2.130

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SY12 modified adenovirus 5 plus rabbit anti SY12 Fab

全体名称: SY12 modified adenovirus 5 plus rabbit anti SY12 Fab
要素
  • 試料: SY12 modified adenovirus 5 plus rabbit anti SY12 Fab
  • ウイルス: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)

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超分子 #1000: SY12 modified adenovirus 5 plus rabbit anti SY12 Fab

超分子名称: SY12 modified adenovirus 5 plus rabbit anti SY12 Fab
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: dodecapeptide TAYSSYMKGGKF (abbreviated SY12 ) fused to the C-terminus of pIX and a recombinant Ad5LacZ-pIX-SY12 vector has been constructed anti SY12 IgG have been clived into FAb using ...詳細: dodecapeptide TAYSSYMKGGKF (abbreviated SY12 ) fused to the C-terminus of pIX and a recombinant Ad5LacZ-pIX-SY12 vector has been constructed anti SY12 IgG have been clived into FAb using papain and then purified. The complex have been generated using an excess of Fab
Number unique components: 1

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超分子 #1: Human adenovirus 5

超分子名称: Human adenovirus 5 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: adenovirus 5
詳細: anti SY12 Fab attached to the C-terminal part of adenovirus 5 protein IX
NCBI-ID: 28285 / 生物種: Human adenovirus 5 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: adenovirus 5
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 150 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1000 Å / T番号(三角分割数): 25

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1. mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM NaCl, 10mM Tris-HCL
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo EM
グリッド詳細: Quantifoil r2/2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Zeiss / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 11 / 平均電子線量: 9 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.4 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細Fab-adenovirus complex
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: pft2 em3dr2 / 使用した粒子像数: 949

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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